L’autorité préfectorale a pris, le 11 mars 2022, un arrêté fixant les périodes d’ouverture de la pêche en eau douce pour les espèces migratrices. Une association de protection de l’environnement a sollicité l’annulation de cet acte devant le tribunal administratif compétent. Par un jugement rendu le 18 septembre 2023, la juridiction de premier ressort a partiellement annulé la décision pour certaines espèces spécifiques. L’association a alors interjeté appel afin d’obtenir l’annulation totale de l’arrêté concernant le saumon, l’alose feinte et la lamproie fluviatile. Elle invoque principalement le défaut d’évaluation des incidences Natura 2000 pour contester la légalité de la procédure suivie par l’administration. La question posée à la juridiction porte sur l’obligation de réaliser une telle évaluation pour une activité non inscrite sur les listes nationales. Il s’agit de savoir si le risque d’atteinte aux objectifs de conservation d’un site protégé impose systématiquement cette étude préalable. Par un arrêt rendu le 7 mai 2025, la Cour administrative d’appel de Bordeaux fait droit aux conclusions de l’association requérante. Elle considère que l’état de conservation défavorable des espèces concernées rendait obligatoire une évaluation des incidences sur le milieu naturel. L’analyse du raisonnement exige d’examiner l’exigence impérative d’une évaluation environnementale (I), avant d’apprécier l’affermissement du contrôle sur la gestion halieutique (II).
I. L’exigence impérative d’une évaluation des incidences environnementales
A. La primauté des critères objectifs sur les nomenclatures administratives
La Cour administrative d’appel de Bordeaux précise les conditions d’application de l’article L. 414-4 du code de l’environnement relatif aux sites protégés. Elle rappelle que tout projet doit faire l’objet d’une évaluation « lorsqu’il ne peut être exclu, sur la base d’éléments objectifs, que le projet est susceptible d’affecter ledit site ». Cette obligation de vigilance s’impose dès lors qu’un doute raisonnable subsiste quant à l’innocuité de l’activité humaine sur les espèces protégées. Les juges soulignent que l’absence d’inscription de la pêche sur les listes de l’article L. 414-4 III ne dispense pas l’autorité de ses devoirs. L’administration doit procéder à cette étude si l’exercice de l’activité est susceptible d’affecter de manière significative les espèces dédiées à la protection. Cette interprétation garantit une protection effective des sites Natura 2000 en privilégiant la réalité des risques biologiques sur les classifications réglementaires. Le juge administratif impose ainsi une lecture rigoureuse des dispositions nationales à la lumière des objectifs fixés par la directive Habitats. La caractérisation du risque d’atteinte aux espèces constitue alors l’élément déterminant pour apprécier la régularité de la procédure suivie par l’administration.
B. La caractérisation souveraine d’un risque d’atteinte aux espèces protégées
La décision s’appuie sur des données scientifiques précises pour démontrer la vulnérabilité extrême des espèces migratrices présentes dans le bassin versant concerné. La Cour relève que la lamproie marine est classée comme espèce « en danger d’extinction » sur la liste rouge de l’organisme international de référence. Elle constate également que le saumon atlantique demeure dans un état de conservation « défavorable-mauvais » au regard des critères de la directive européenne. Les magistrats considèrent que l’autorisation de capture pour ces poissons migrateurs protégés est susceptible d’affecter de manière significative l’équilibre du site. Ils rejettent l’argumentation de l’administration qui tentait de minimiser l’impact de la pêche professionnelle et amateur sur la survie de ces populations. L’arrêt souligne que la pression anthropique, même encadrée par des quotas, aggrave le déclin sévère de la biodiversité constaté ces dernières années. En validant ces conclusions, la Cour administrative d’appel de Bordeaux sanctionne l’omission d’une étape procédurale devenue indispensable pour la sauvegarde du patrimoine naturel. Cette exigence de rigueur scientifique conduit nécessairement à l’annulation de l’acte réglementaire pour vice de procédure majeur.
II. L’affermissement du contrôle juridique sur la gestion des ressources halieutiques
A. La sanction nécessaire d’une procédure administrative irrégulière
L’annulation de l’arrêté préfectoral repose sur le constat d’une procédure irrégulière ayant privé le public d’une garantie environnementale essentielle. La Cour juge que l’arrêté « devait, conformément aux dispositions précitées des I et IV bis de l’article L. 414-4 du code de l’environnement, faire l’objet d’une évaluation ». Le défaut de cette étude préalable constitue un vice substantiel qui entache la légalité de l’autorisation de pêche pour l’ensemble des migrateurs. Les juges réforment le jugement de première instance en étendant l’annulation aux espèces qui avaient été initialement écartées par le tribunal administratif. Cette position renforce la cohérence du contrôle juridictionnel en refusant de dissocier le sort des différentes espèces vivant dans un même écosystème. La décision protège ainsi l’intégrité de la procédure Natura 2000 contre les tentatives de simplification administrative opérées au détriment de la faune. La juridiction administrative assure la pleine effectivité du principe de prévention en censurant une autorisation délivrée sans analyse sérieuse des impacts cumulés. L’annulation prononcée restaure la hiérarchie des normes en plaçant la conservation des habitats naturels au-dessus des usages économiques de la ressource.
B. L’influence prospective sur l’élaboration des règlements de pêche
L’arrêt de la Cour administrative d’appel de Bordeaux impose désormais aux autorités administratives une méthodologie de travail plus rigoureuse pour les années futures. Les services de l’État devront systématiquement intégrer l’évaluation des incidences dans le processus d’adoption des règlements annuels de pêche en eau douce. Cette solution jurisprudentielle limite la marge de manœuvre du pouvoir réglementaire local en le soumettant à une expertise scientifique préalable et publique. Elle incite également les acteurs de la filière halieutique à prendre conscience de la dégradation irréversible de certaines populations de poissons migrateurs. La portée de cette décision dépasse le cadre strict du bassin de l’Adour pour s’appliquer à l’ensemble des zones classées sous le régime Natura 2000. Le juge administratif se positionne comme le garant de la pérennité des espèces vulnérables face aux pressions exercées par l’exploitation humaine directe. Cette exigence de transparence et d’évaluation garantit que les décisions publiques reposent sur une connaissance approfondie des enjeux écologiques contemporains. L’autorité de la chose jugée contraint ainsi l’administration à renouveler ses pratiques pour assurer une gestion durable et respectueuse de la biodiversité aquatique.
