La Cour administrative d’appel de Lyon, par un arrêt du 15 janvier 2026, précise les conditions d’exercice du droit à déduction de la taxe sur la valeur ajoutée. Une société exerçant une activité de conseil dans la construction a fait l’objet d’une vérification de comptabilité portant sur la période de 2013 à 2015. Le service a relevé des discordances entre la taxe déductible issue de la comptabilité et les montants mentionnés sur les déclarations de chiffre d’affaires du redevable. Le Tribunal administratif de Grenoble a rejeté les demandes de décharge des rappels de taxe et des pénalités par un jugement rendu le 15 mai 2024. Devant le juge d’appel, la requérante soutient que l’administration ne peut légalement se fonder sur une erreur de formalisation du droit à déduction sur les déclarations. Elle invoque le respect du principe fondamental du système commun de taxe sur la valeur ajoutée garanti par la jurisprudence de l’Union européenne. Le litige porte sur la validité d’un rappel fondé sur l’incohérence entre la comptabilité et les déclarations, indépendamment du respect des pures conditions de forme. La Cour rejette la requête en estimant que le service établit le bien-fondé des rappels par la mise en évidence de ces discordances matérielles injustifiées.
I. La primauté de la réalité comptable sur les formalités déclaratives
A. La constatation de discordances entre comptabilité et déclarations
L’administration fiscale fonde ses rectifications sur une reconstitution précise des montants de taxe déductible à partir des paiements effectifs aux fournisseurs de la société vérifiée. Le vérificateur a relevé que la taxe mentionnée sur les déclarations avait été « indûment majorée par rapport à la taxe sur la valeur ajoutée à déduire ressortant de la société ». Cette méthode de reconstitution s’appuie sur l’examen des comptes fournisseurs et du solde des comptes de taxe déductible à la fin de chaque exercice clos. La Cour valide ce raisonnement en soulignant que ces écarts diminuent « à due-concurrence la taxe sur la valeur ajoutée à payer » par l’entreprise au Trésor public.
La requérante ne conteste pas le quantum de taxe retenu par l’administration fiscale au titre de chaque période mais invoque des arguments de pure procédure. Elle reconnaît que son expert-comptable ne procédait à la déclaration de taxe déductible que lorsqu’il avait la certitude de l’exigibilité chez le prestataire de services. Cependant, cette pratique n’a pas empêché la constatation d’une majoration indue de la taxe déduite par rapport aux éléments probants issus de sa propre comptabilité. La solution retenue confirme ainsi que la déduction doit correspondre strictement aux droits nés conformément aux dispositions de l’article 271 du code général des impôts.
B. L’inefficacité des moyens relatifs à la formalisation du droit à déduction
La société appelante prétend que le service ne pouvait pas se fonder sur l’absence de formalisation du droit à déduction sur une ligne spécifique des déclarations. Le juge administratif écarte cet argument en précisant qu’un tel moyen est « sans rapport avec le chef de rectification en cause » dans l’espèce soumise. Le litige ne portait pas sur un simple oubli formel mais sur l’inscription de sommes supérieures à celles dont le contribuable pouvait légalement se prévaloir. La Cour administrative d’appel de Lyon distingue ainsi l’erreur de forme, souvent régularisable, de l’absence de base matérielle pour le droit à déduction invoqué.
Les juges considèrent que l’incohérence entre les écritures comptables et les montants déclarés suffit à justifier le rappel de taxe opéré par l’administration fiscale. Le redevable ne saurait se prévaloir d’une jurisprudence protectrice des erreurs formelles lorsque la rectification repose sur une discordance globale entre les comptes et les déclarations. Cette approche rigoureuse rappelle que le droit à déduction, bien que fondamental, doit être exercé dans la limite des droits réellement acquis par le redevable. La décision souligne la nécessité pour les entreprises de maintenir une parfaite concordance entre leurs documents internes et les déclarations fiscales souscrites mensuellement.
II. L’encadrement strict de la preuve du droit à déduction
A. La démonstration probante de l’incohérence par l’administration
Le service vérificateur démontre l’existence d’une majoration injustifiée de la taxe déductible en comparant systématiquement les journaux comptables de l’entreprise avec ses déclarations de chiffre d’affaires. L’administration établit ainsi le bien-fondé des rappels « dès lors qu’elle a mis en évidence l’incohérence entre les montants effectivement déductibles et les sommes déclarées ». La charge de la preuve est ici remplie par le fisc qui s’appuie sur les propres documents de la société pour rectifier les erreurs. Cette démonstration comptable l’emporte sur les explications générales fournies par la requérante concernant ses méthodes de suivi de la taxe sur la valeur ajoutée.
Le droit à déduction prend naissance lorsque la taxe devient exigible chez le fournisseur, conformément au 2 de l’article 269 du code général des impôts. En l’absence de toute contestation sérieuse sur le montant des rappels, le juge confirme la validité de la méthode de reconstitution employée par le vérificateur. La solution souligne que la réalité de la taxe déductible ne peut résulter que d’une inscription régulière et justifiée par des pièces comptables probantes. L’administration n’a donc pas méconnu les règles de preuve en se fondant sur les discordances constatées lors des opérations de contrôle sur place.
B. La portée limitée du principe de neutralité fiscale face à une majoration indue
L’appelante invoque le principe fondamental du système commun de taxe sur la valeur ajoutée pour contester les rappels de droits mis à sa charge. Toutefois, la Cour juge que le principe de neutralité ne saurait couvrir des déductions opérées pour des montants supérieurs à ceux figurant dans la comptabilité. Le respect de la jurisprudence européenne n’interdit pas à l’administration de rectifier des erreurs matérielles aboutissant à une réduction injustifiée de la dette fiscale globale. Le juge administratif rappelle que la neutralité fiscale suppose l’existence réelle d’un droit à déduction dont le montant est précisément déterminé et justifié par l’assujetti.
Le rejet de la requête confirme qu’une entreprise ne peut légalement porter en déduction que la taxe dont elle a effectivement supporté le coût financier. La décision de la Cour de Lyon s’inscrit dans une ligne jurisprudentielle constante qui privilégie la vérité comptable sur les interprétations extensives du droit européen. Cette solution garantit le bon fonctionnement du mécanisme de la taxe sur la valeur ajoutée en évitant les déductions fantaisistes ou mal justifiées. Les conclusions de la requérante tendant à l’application de l’article L. 761-1 du code de justice administrative sont également rejetées par voie de conséquence.
