La Cour de justice de l’Union européenne a rendu, le 6 octobre 2025, un arrêt relatif à l’articulation entre le droit à déduction fiscale et la sécurité alimentaire. Un assujetti s’est vu refuser la déduction de la taxe sur la valeur ajoutée suite à des manquements constatés dans l’identification de ses fournisseurs. La juridiction nationale a alors interrogé la Cour sur l’incidence de la méconnaissance des règlements européens concernant l’hygiène et la traçabilité des denrées. La question posée visait à déterminer si le non-respect d’obligations de sécurité alimentaire autorisait l’administration fiscale à écarter le droit à déduction. La Cour juge que le défaut de traçabilité alimentaire ne permet pas de refuser ce droit au seul motif de cette irrégularité administrative. L’examen portera d’abord sur l’autonomie du droit à déduction avant d’analyser les critères caractérisant la connaissance d’une fraude.
I. L’autonomie du droit à déduction face aux manquements extra-fiscaux
A. Le caractère fondamental du droit à déduction de la taxe
L’article 168 de la directive 2006/112 consacre un principe essentiel du système commun de taxe sur la valeur ajoutée garantissant la neutralité fiscale de l’assujetti. Ce droit s’exerce dès lors que les conditions de fond sont remplies, indépendamment des infractions commises dans d’autres domaines du droit européen. La solution retenue confirme que le juge doit protéger l’exercice de cette prérogative contre des exigences administratives étrangères à la matière purement fiscale. L’intégrité de la chaîne alimentaire et la fiscalité constituent des sphères juridiques distinctes ne pouvant se confondre sans une base légale explicite. Le juge européen maintient ainsi une séparation stricte entre les objectifs de santé publique et les mécanismes de collecte de la taxe.
B. L’insuffisance du manquement aux règles de traçabilité alimentaire
Le non-respect de l’obligation de traçabilité prévue par le règlement 178/2002 ne saurait suffire à fonder une décision de rejet de la déduction. La Cour précise que la directive « s’oppose à ce que le droit à déduction de la taxe sur la valeur ajoutée acquittée en amont soit refusé ». Ce refus ne peut intervenir « au seul motif » que l’assujetti n’a pas respecté les prescriptions relatives à l’identification de ses partenaires commerciaux. Une telle sanction serait disproportionnée si la réalité de l’opération économique et la qualité d’assujetti du fournisseur sont par ailleurs parfaitement établies. La vigilance requise en matière de sécurité sanitaire ne se substitue pas aux mécanismes de contrôle propres à la fraude fiscale.
II. L’appréciation de la connaissance d’une fraude à la taxe sur la valeur ajoutée
A. Le défaut de traçabilité comme indice potentiel d’une participation frauduleuse
Si le manquement administratif est insuffisant pour écarter la déduction, il peut néanmoins constituer un élément de preuve dans un faisceau d’indices plus large. L’absence de traçabilité peut indiquer que l’assujetti « savait ou aurait dû savoir qu’il participait à une opération impliquée dans une fraude ». Les autorités nationales disposent de la faculté d’utiliser ces irrégularités pour démontrer la mauvaise foi du contribuable lors de ses acquisitions. L’omission volontaire d’identifier ses fournisseurs fragilise la présomption d’innocence fiscale lorsque d’autres circonstances concordantes suggèrent une volonté de dissimulation. Cette interprétation permet de concilier la protection du droit à déduction avec la lutte nécessaire contre les montages frauduleux.
B. L’absence de pertinence du contrôle de l’enregistrement des fournisseurs
La Cour exclut catégoriquement que l’absence de vérification de l’enregistrement sanitaire des fournisseurs puisse servir de preuve à une implication dans une fraude fiscale. Cette formalité administrative issue du règlement 852/2004 « n’est pas pertinente aux fins de déterminer » si l’opérateur avait connaissance d’une manœuvre frauduleuse. L’assujetti n’est pas tenu d’exercer des contrôles approfondis sur la régularité sanitaire de ses cocontractants au-delà des obligations fiscales usuelles. Imposer une telle vérification reviendrait à transférer sur le secteur privé des missions de police administrative qui incombent normalement aux seules autorités publiques. La sécurité juridique des transactions commerciales exige que les indices de fraude restent limités à des éléments directement liés à la taxe.
