Par une décision rendue le 23 décembre 2025, le Conseil d’État précise les conditions de régularité d’une substitution de base légale demandée par l’administration devant le juge. Un contribuable exerçant une activité d’agent commercial avait bénéficié d’une exonération d’impôt sur les bénéfices prévue en faveur des entreprises implantées en zone franche urbaine. À la suite d’une vérification de comptabilité de sa société, l’administration fiscale a remis en cause ce régime et rehaussé les bénéfices dans la catégorie des bénéfices industriels et commerciaux.
Le tribunal administratif de Lyon a rejeté la demande de décharge du contribuable par un jugement du 12 avril 2022. Saisie en appel, la cour administrative d’appel de Lyon a prononcé la décharge des impositions par un arrêt du 21 décembre 2023. Les juges d’appel ont relevé d’office une erreur de catégorie d’imposition et refusé la substitution de base légale vers la catégorie des bénéfices non commerciaux sollicitée par l’administration. La cour a estimé que la consultation de la commission des impôts directs dans sa composition « bénéfices industriels et commerciaux » privait l’intéressé d’une garantie procédurale. Le ministre de l’économie a formé un pourvoi en cassation contre cet arrêt afin d’obtenir l’annulation de la décharge ainsi prononcée.
Le litige porte sur le point de savoir si le changement de composition d’une commission consultative suffit à faire obstacle à une substitution de base légale en cours d’instance. La haute juridiction administrative doit déterminer l’étendue du contrôle du juge face à une modification de la qualification juridique des revenus initialement retenue par l’administration. La solution dépend de l’existence d’un préjudice effectif pour le contribuable au regard des questions soumises à l’avis de l’organisme paritaire. L’étude de la préservation des garanties procédurales précède l’analyse de l’office du juge de l’impôt dans l’appréciation concrète des questions nouvelles soulevées par le changement de catégorie.
I. L’encadrement de la substitution de base légale par le respect des garanties procédurales
L’administration fiscale dispose de la faculté de modifier le fondement juridique d’une imposition à tout moment de la procédure contentieuse pour justifier un redressement. Cette prérogative demeure toutefois strictement encadrée pour éviter que le redevable ne soit injustement privé des droits protecteurs attachés à la nouvelle base légale.
A. La préservation nécessaire des facultés de saisine de la commission départementale
Le Conseil d’État rappelle le principe selon lequel une substitution de base légale « ne saurait avoir pour effet de priver le contribuable des garanties de procédure prévues par la loi ». Parmi ces protections figure la faculté de demander la saisine de la commission des impôts directs et des taxes sur le chiffre d’affaires. Cet organisme paritaire intervient pour éclairer l’administration et le juge sur des questions de fait relatives au montant du résultat imposable déterminé selon un mode réel. Le respect de cette garantie est fondamental puisque la loi organise une procédure contradictoire permettant au contribuable de discuter les éléments de son imposition devant ses pairs.
L’application de règles différentes de détermination du bénéfice taxable impose de vérifier si le différend subsistant entre les parties entre toujours dans le champ de compétence de la commission. La substitution ne peut être admise que si le contribuable conserve l’opportunité de soumettre ses arguments techniques à un organe collégial présentant des garanties d’impartialité et de compétence. Le juge de l’impôt doit donc veiller à ce que le changement de fondement juridique ne vide pas de sa substance le droit au recours administratif préalable. La protection du redevable l’emporte sur l’objectif de célérité de la procédure fiscale afin de garantir l’équité du traitement des litiges relatifs à l’assiette.
B. L’erreur de droit issue d’un formalisme excessif sur la composition organique
La cour administrative d’appel de Lyon avait jugé que la seule différence de composition de la commission suffisait à entacher la procédure d’irrégularité. Pour les juges du fond, le fait que l’organisme ait siégé dans sa formation dédiée aux bénéfices industriels et commerciaux au lieu de celle des bénéfices non commerciaux était rédhibitoire. Le Conseil d’État censure ce raisonnement en estimant que cette circonstance n’est pas « par elle-même, de nature à priver le contribuable de la garantie tenant à la possibilité de saisir la commission ». Une approche purement organique et formelle de la régularité de la procédure est ainsi écartée au profit d’une vision plus fonctionnelle de la protection.
La haute assemblée souligne que l’article 1651 du code général des impôts organise des compositions variées selon la nature des revenus mais cela n’interdit pas systématiquement la substitution. L’irrégularité ne peut être prononcée que si le changement de base légale modifie substantiellement les questions de fait sur lesquelles la commission devait se prononcer. Une simple variation dans la désignation des représentants des contribuables ne constitue pas un vice de procédure automatique si l’objet du litige reste identique. Cette solution évite une décharge d’imposition fondée sur un motif purement procédural alors que le bien-fondé de la dette fiscale n’a pas été pleinement examiné.
II. L’étendue de l’office du juge de l’impôt face au changement de catégorie d’imposition
La cassation de l’arrêt d’appel impose au juge de mener une recherche approfondie sur les conséquences matérielles de la substitution de base légale demandée par le ministre. L’annulation des articles favorables au contribuable replace le magistrat devant l’obligation d’analyser la nature réelle des questions soustraites à l’avis de la commission compétente.
A. L’obligation de recherche de questions nouvelles relevant de la commission
Le Conseil d’État précise qu’il appartient au juge de rechercher si la substitution sollicitée soulève « des questions nouvelles, entrant dans le champ de compétence de la commission, que le contribuable n’avait pas été en mesure de lui soumettre ». Cette mission impose un examen concret des pièces du dossier et des arguments échangés lors de la phase de rectification administrative. Le juge ne peut se contenter de constater un changement de catégorie de revenus mais doit vérifier si les modalités de calcul du bénéfice taxable sont impactées. Si les questions de fait débattues devant la formation initiale restent les mêmes pour la nouvelle catégorie, la garantie est considérée comme respectée.
Cette analyse concrète permet de distinguer les modifications purement juridiques des changements touchant aux éléments factuels de la base d’imposition. La commission est compétente pour le montant du résultat, ce qui nécessite souvent d’apprécier la réalité ou le caractère déductible de certaines charges professionnelles. Si la substitution de base légale de la catégorie des bénéfices industriels aux bénéfices non commerciaux n’introduit aucun débat nouveau sur ces faits, le contribuable n’est pas lésé. Le magistrat doit donc identifier précisément si le passage d’une comptabilité d’engagement à une comptabilité de caisse génère des interrogations inédites pour l’expert-comptable siégeant à la commission.
B. La portée de la solution sur l’efficacité des rectifications administratives
En renvoyant l’affaire devant la cour administrative d’appel de Lyon, le Conseil d’État favorise le maintien des impositions lorsque l’erreur de qualification n’a pas nui à la défense. Cette jurisprudence s’inscrit dans un mouvement global de limitation des décharges pour vice de procédure lorsque l’irrégularité commise n’a pas privé le contribuable d’une garantie effective. L’administration peut ainsi corriger une erreur de droit initiale sans perdre le bénéfice de son contrôle si les droits de la défense ont été préservés. Cette souplesse profite à l’efficacité du recouvrement de l’impôt tout en maintenant un niveau de protection adéquat pour les administrés diligents.
La solution rendue renforce la stabilité des redressements fiscaux face aux aléas de la qualification juridique des activités complexes, comme celle d’agent commercial. Elle oblige les juges du fond à une motivation plus rigoureuse lorsqu’ils décident d’écarter une substitution de base légale pour un motif de procédure. La preuve d’une privation réelle de garantie devient une condition sine qua non de l’annulation des rectifications par le juge de l’impôt. Le contentieux fiscal gagne ainsi en cohérence en privilégiant l’examen de la matière imposable sur les subtilités liées à la composition des organismes consultatifs.
