Le mi-temps thérapeutique n’est plus seulement une question de reprise progressive. En 2026, il devient aussi un sujet de salaire, d’attestation employeur, de retard CPAM et parfois de refus écrit à contester. L’Assurance Maladie a d’ailleurs renforcé ses rappels aux employeurs, car les erreurs d’attestation de salaire en temps partiel thérapeutique provoquent encore des rejets et des retards d’indemnisation.
L’actualité juridique rend le sujet plus sensible. Dans un arrêt du 19 mars 2026, la Cour de cassation a censuré une décision qui avait laissé à la CPAM une marge trop large pour couper les indemnités journalières d’un assuré en temps partiel thérapeutique. Le message est pratique : lorsque les conditions médicales et administratives sont remplies, le salarié ne doit pas rester sans recours si la caisse suspend ou refuse les IJSS.
Pour un salarié, la vraie question n’est donc pas abstraite. Elle est souvent la suivante : “je reprends à 50 %, mon employeur ne fait pas l’attestation, la CPAM bloque les IJSS, mon salaire baisse, que puis-je faire ?” Pour l’employeur, le risque est symétrique : une mauvaise formalisation peut créer un litige de paie, un manquement à l’obligation de sécurité ou une contestation devant le conseil de prud’hommes.
Cet article fait le point sur le salaire en mi-temps thérapeutique, les démarches CPAM, le refus de l’employeur, les recours possibles et les pièces à conserver.
Mi-temps thérapeutique et salaire : qui paie quoi ?
Le terme “mi-temps thérapeutique” est trompeur. Le dispositif peut organiser une reprise à 40 %, 50 %, 60 %, 80 % ou selon une autre répartition compatible avec l’état de santé du salarié. Le nom juridique le plus exact est le temps partiel pour motif thérapeutique.
Pendant cette période, le salarié reçoit en principe deux flux :
- le salaire versé par l’employeur pour les heures réellement travaillées ;
- des indemnités journalières de sécurité sociale, destinées à compenser tout ou partie de la perte de salaire liée à la réduction d’activité.
L’article L. 323-3 du Code de la sécurité sociale prévoit que l’indemnité journalière peut être servie lorsque le maintien ou la reprise du travail à temps partiel favorise l’amélioration de l’état de santé, ou lorsque le salarié doit suivre une rééducation ou une réadaptation professionnelle.
L’article R. 323-3 du Code de la sécurité sociale encadre ensuite le calcul : l’IJSS ne peut pas dépasser la perte de gain liée à la réduction d’activité. Autrement dit, le mécanisme vise à compenser la perte, pas à créer une rémunération supérieure au salaire normal.
En pratique, si un salarié travaillait à temps plein avec 2 400 euros bruts mensuels et reprend à 50 %, l’employeur paie le salaire correspondant au travail réellement accompli. La CPAM calcule ensuite les IJSS à partir des informations transmises, notamment le salaire réellement perçu et le salaire perdu.
Le point critique est là : sans attestation correcte de l’employeur, la CPAM peut ne pas calculer ou ne pas verser les IJSS attendues.
Pourquoi les IJSS peuvent être bloquées ?
L’Assurance Maladie explique, dans sa page employeur du 6 mars 2026 sur la reprise à temps partiel thérapeutique, que l’indemnisation se fait via une attestation de salaire spécifique sur net-entreprises.fr. Cette attestation doit notamment indiquer la période de travail à temps partiel, le salaire brut réellement perçu, le motif de l’absence et le salaire brut perdu par rapport à un temps plein.
Elle rappelle aussi que l’attestation doit être établie à chaque mois échu. Cela signifie que le salarié peut connaître un décalage de trésorerie : le salaire partiel est payé selon la paie habituelle, mais le complément CPAM dépend de l’attestation transmise après la période concernée.
Les blocages les plus fréquents sont les suivants :
- l’employeur n’a pas transmis l’attestation de salaire ;
- l’employeur a choisi la mauvaise attestation sur net-entreprises ;
- le dernier jour travaillé est mal renseigné ;
- le salaire perdu n’est pas correctement déclaré ;
- un nouvel arrêt maladie interrompt le temps partiel thérapeutique ;
- la CPAM considère que les conditions médicales ou administratives ne sont pas remplies ;
- la subrogation est mal paramétrée et les IJSS sont versées à l’employeur au lieu d’être reversées correctement au salarié.
Dans son actualité du 21 octobre 2025, l’Assurance Maladie avait déjà identifié trois points d’erreur récurrents : choisir la bonne attestation, renseigner correctement le dernier jour travaillé et déclarer les salaires soumis à cotisations. Ces rappels sont utiles au salarié : ils permettent de demander à l’employeur une correction précise, et non une simple relance générale.
L’arrêt du 19 mars 2026 : la CPAM ne peut pas traiter le dossier comme une faveur discrétionnaire
Dans l’arrêt Cass. 2e civ., 19 mars 2026, n° 23-18.682, un assuré contestait la suppression de ses indemnités journalières au titre d’une reprise du travail à temps partiel thérapeutique.
La Cour de cassation rappelle que l’article L. 323-3 du Code de la sécurité sociale ouvre le bénéfice des indemnités journalières lorsque les conditions sont réunies, dans la limite fixée par les textes réglementaires. Elle casse donc la décision qui avait rejeté le recours en considérant, en substance, que la caisse conservait seule la maîtrise de la durée et des modalités d’indemnisation.
Pour le salarié, l’intérêt pratique est important. Si la CPAM refuse ou supprime les IJSS, il faut identifier la nature exacte du refus :
- refus médical, lié à l’appréciation du médecin-conseil ;
- refus administratif, lié aux conditions d’ouverture du droit ou aux pièces manquantes ;
- suspension de fait, liée à une attestation employeur absente ou erronée.
La stratégie n’est pas la même. Une erreur de paie ou d’attestation peut appeler une mise en demeure de l’employeur. Un refus administratif peut relever de la commission de recours amiable. Un refus médical peut relever de la commission médicale de recours amiable. Si le blocage persiste, le dossier peut aller devant le pôle social du tribunal judiciaire.
L’employeur peut-il refuser un mi-temps thérapeutique ?
L’employeur ne doit pas traiter une prescription de temps partiel thérapeutique comme une simple préférence personnelle du salarié. Il doit examiner la situation, tenir compte des indications médicales et organiser concrètement le travail compatible avec l’état de santé.
L’article L. 4624-6 du Code du travail impose à l’employeur de prendre en considération les avis, indications ou propositions du médecin du travail. En cas de refus, il doit faire connaître par écrit au salarié et au médecin du travail les motifs qui s’opposent à leur mise en oeuvre.
Cela ne signifie pas que l’employeur ne peut jamais refuser. Il peut exister des contraintes objectives : impossibilité d’organiser le poste à temps réduit, incompatibilité avec la sécurité, absence de tâche réellement disponible sur les plages prescrites, désorganisation excessive d’un service très restreint.
Mais le refus doit être motivé, traçable et proportionné. Une phrase du type “ce n’est pas possible dans l’entreprise” est rarement suffisante si elle ne s’appuie sur aucune analyse concrète du poste, des horaires, des tâches, du télétravail possible ou d’un aménagement temporaire.
Le salarié peut donc demander :
- la communication écrite des motifs du refus ;
- un échange avec le médecin du travail ;
- une visite de reprise ou de préreprise si elle est pertinente ;
- une proposition alternative d’horaires ou de poste aménagé ;
- la preuve que l’employeur a réellement étudié les préconisations médicales.
Si le refus aggrave l’état de santé du salarié, empêche sa reprise ou conduit à une rupture, le litige peut se déplacer vers l’obligation de sécurité, la discrimination liée à l’état de santé ou la contestation d’un licenciement pour inaptitude.
Que faire si l’employeur tarde à envoyer l’attestation ?
Le premier réflexe est de demander une régularisation écrite et ciblée. Le salarié doit éviter les relances vagues. Il faut indiquer le mois concerné, le type d’attestation, le salaire réellement perçu, le salaire perdu et le fait que la CPAM ne peut pas liquider les IJSS sans cette information.
Une relance utile peut demander :
- la copie de l’attestation transmise sur net-entreprises ;
- la date d’envoi ;
- le type d’attestation choisi, avec ou sans arrêt initial ;
- la base de salaire déclarée ;
- l’existence ou non d’une subrogation ;
- la correction de toute erreur signalée par la CPAM.
Si l’employeur ne répond pas, une mise en demeure peut être envoyée. Elle doit rappeler que le défaut d’attestation prive le salarié d’une partie de sa rémunération globale et peut engager la responsabilité de l’employeur si le retard lui cause un préjudice financier.
En cas d’urgence financière, le référé prud’homal peut être envisagé lorsque le manquement est suffisamment évident : absence d’attestation, salaire partiel non payé, refus écrit non motivé, non-respect d’un avis du médecin du travail. Le référé ne règle pas toujours tout le litige, mais il peut permettre d’obtenir rapidement la remise d’un document ou le paiement d’une somme non sérieusement contestable.
Que faire si la CPAM refuse ou coupe les indemnités ?
Il faut d’abord obtenir la notification ou l’explication écrite. Le salarié doit comprendre si la difficulté vient d’une condition médicale, d’une pièce manquante, d’une attestation erronée ou d’une interprétation de la durée d’indemnisation.
Ensuite, le recours dépend du motif :
- si le refus est administratif, la commission de recours amiable de la CPAM est généralement la première étape ;
- si le refus est médical, le dossier relève de la procédure médicale de contestation ;
- si la CPAM reste silencieuse, il faut surveiller les délais et conserver la preuve des demandes ;
- si le refus persiste, le pôle social du tribunal judiciaire peut être saisi.
L’arrêt du 19 mars 2026 doit inciter à ne pas abandonner trop vite lorsque les conditions sont objectivement réunies. Il faut démontrer que le temps partiel thérapeutique était prescrit, que l’employeur avait donné ou devait formaliser son accord sur les modalités, que les attestations existaient ou devaient être corrigées, et que la perte de salaire est chiffrable.
Les pièces à conserver avant tout recours
Un dossier de mi-temps thérapeutique se gagne rarement avec une seule pièce. Il faut reconstituer la chronologie et le circuit de paiement.
Les pièces prioritaires sont :
- les arrêts de travail initiaux, s’il y en a eu ;
- la prescription médicale du temps partiel thérapeutique ;
- les avis du médecin du travail ou les échanges avec le service de prévention et de santé au travail ;
- l’accord écrit de principe de l’employeur ou ses propositions d’horaires ;
- l’avenant temporaire au contrat de travail, s’il a été signé ;
- les bulletins de paie avant et pendant le temps partiel thérapeutique ;
- les relevés IJSS Ameli ;
- les échanges avec la CPAM ;
- les attestations de salaire transmises par l’employeur ;
- les preuves de relance adressées à l’employeur ;
- la notification de refus ou de suspension de la CPAM ;
- les justificatifs de difficultés financières si le retard a créé un préjudice concret.
Il est utile de construire un tableau simple : mois concerné, salaire habituel, salaire versé par l’employeur, salaire perdu, IJSS attendues, IJSS reçues, retard ou anomalie constatée.
Paris et Île-de-France : quel tribunal saisir ?
Pour un litige contre l’employeur, le salarié saisit en principe le conseil de prud’hommes compétent selon le lieu de travail, l’établissement dont il dépend ou le domicile lorsque le travail est effectué hors établissement. À Paris, les litiges de salariés travaillant dans la capitale relèvent souvent du conseil de prud’hommes de Paris.
Pour un litige contre la CPAM, le contentieux relève du pôle social du tribunal judiciaire compétent après les recours internes obligatoires ou utiles selon la nature de la contestation.
En Île-de-France, la difficulté pratique tient souvent à la coexistence de deux dossiers : un dossier prud’homal contre l’employeur pour l’attestation, le refus d’aménagement ou la paie ; et un dossier social contre la CPAM pour les IJSS. Il faut éviter de mélanger les demandes. Le bon réflexe est de qualifier chaque blocage : employeur, CPAM, médecin-conseil, médecin du travail ou simple erreur de déclaration.
Les erreurs qui fragilisent le salarié
Le salarié doit éviter trois erreurs fréquentes.
La première consiste à reprendre sans écrit. Même si la reprise est urgente, les horaires, le pourcentage d’activité, la durée prévisible et la rémunération doivent être cadrés. À défaut, les bulletins de paie et les attestations CPAM deviennent difficiles à contrôler.
La deuxième consiste à ne parler qu’au téléphone. Les appels peuvent aider, mais ils ne prouvent presque rien. Toute difficulté de salaire, d’attestation, de refus ou de subrogation doit être confirmée par écrit.
La troisième consiste à attendre plusieurs mois. Plus le retard s’accumule, plus le dossier devient confus. Dès le premier mois de blocage, il faut demander l’attestation, vérifier le compte Ameli, relancer la paie et conserver les preuves.
Ce que l’employeur doit sécuriser
L’employeur doit éviter de traiter le temps partiel thérapeutique comme un temps partiel ordinaire. Il s’agit d’une mesure de santé au travail, articulée avec la CPAM, le médecin traitant, le médecin-conseil et parfois le médecin du travail.
Il doit notamment :
- formaliser les horaires et la rémunération ;
- adapter réellement la charge de travail ;
- établir les attestations de salaire chaque mois ;
- déclarer correctement la perte de salaire ;
- motiver par écrit tout refus d’une préconisation du médecin du travail ;
- conserver la preuve des échanges ;
- éviter toute sanction liée à l’état de santé ou à l’exercice du dispositif.
Un salarié censé travailler à 50 % mais chargé comme à temps plein peut invoquer un manquement à l’obligation de sécurité. Un salarié privé d’IJSS parce que l’attestation est absente peut demander réparation. Un refus non motivé peut devenir une pièce centrale dans un futur contentieux.
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Sources utiles
- Cour de cassation, 2e chambre civile, 19 mars 2026, n° 23-18.682
- Article L. 323-3 du Code de la sécurité sociale
- Article R. 323-3 du Code de la sécurité sociale
- Article L. 4624-6 du Code du travail
- Assurance Maladie, formalités employeur en cas de reprise à temps partiel thérapeutique
- Assurance Maladie, points clés pour éviter les erreurs de temps partiel thérapeutique
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