Crédit d’impôt recherche et PME : le Conseil d’État consacre la dualité des voies de restitution de la créance fiscale

Le 2 juin 2026, le Conseil d’État a rendu une décision majeure pour les petites et moyennes entreprises bénéficiaires du crédit d’impôt recherche (CIR). Par l’arrêt n° 506731, la Haute juridiction administrative consacre la faculté, pour une PME éligible au remboursement immédiat, de renoncer à cette voie pour emprunter celle du droit commun. Cette décision, qui rejette le pourvoi du ministre de l’économie, sécurise la gestion de trésorerie des entreprises innovantes en leur offrant une véritable alternative stratégique. L’arrêt s’inscrit dans une construction jurisprudentielle plus large, associant la chambre commerciale de la Cour de cassation et la doctrine administrative du Bulletin officiel des finances publiques, qui dessine les contours d’une architecture juridique protectrice pour les PME françaises.

I. Le mécanisme du remboursement immédiat : une faculté, non une obligation

A. L’articulation entre le régime de droit commun et le dispositif dérogatoire des PME

Le crédit d’impôt recherche, institué par l’article 244 quater B du code général des impôts (CGI), permet aux entreprises industrielles, commerciales ou agricoles imposées d’après leur bénéfice réel de bénéficier d’un crédit d’impôt au titre des dépenses de recherche exposées au cours de l’année. Le taux est de 30 % pour la fraction des dépenses inférieure ou égale à 100 millions d’euros et de 5 % au-delà. Ce dispositif constitue un levier majeur de financement de l’innovation en France.

L’article 199 ter B du CGI régit les modalités d’utilisation de ce crédit d’impôt. Le I de cet article pose un principe d’imputation : le crédit d’impôt est imputé sur l’impôt sur les sociétés dû au titre de l’exercice correspondant à l’année d’engagement des dépenses. L’excédent non imputé constitue une créance sur l’État, utilisable pour le paiement de l’impôt dû au titre des trois exercices suivants. À l’issue de ce cycle triennal, la fraction non utilisée est remboursée à l’entreprise.

Le II du même article instaure, au profit de certaines catégories d’entreprises, un droit au remboursement immédiat de la créance, sans attendre l’écoulement du délai triennal d’imputation. Parmi ces bénéficiaires figurent, au 4° du II, les entreprises qui satisfont à la définition des micro, petites et moyennes entreprises donnée à l’annexe I au règlement (UE) n° 651/2014 de la Commission du 17 juin 2014 modifié. Selon le BOFiP BOI-BIC-RICI-10-10-50, cette qualification repose sur le respect cumulatif de deux seuils : un effectif salarié inférieur à 250 personnes et un chiffre d’affaires annuel n’excédant pas 50 millions d’euros ou un total de bilan n’excédant pas 43 millions d’euros.

La doctrine administrative précise que « les entreprises qui répondent à la définition de la PME peuvent obtenir le remboursement immédiat de l’excédent de CIR constaté et non imputé sur l’impôt dû » (BOI-BIC-RICI-10-10-50, § 160). Le BOFiP BOI-BIC-RICI-10-10-60 ajoute que les entreprises créées depuis moins de deux ans qui sollicitent ce remboursement immédiat doivent présenter des pièces justificatives attestant de la réalité des dépenses de recherche.

L’enjeu du litige porté devant le Conseil d’État résidait précisément dans la nature juridique de ce droit au remboursement immédiat : s’agissait-il d’une simple faculté offerte aux PME ou d’un régime exclusif les privant de la voie de droit commun ?

B. La consécration du caractère optionnel par l’arrêt CE du 2 juin 2026

Dans l’affaire jugée le 2 juin 2026, l’union de sociétés coopératives agricoles Institut coopératif du vin (ICV), membre d’un groupement d’intérêt économique, avait exposé en 2016 des dépenses ouvrant droit au CIR et au crédit d’impôt innovation pour un montant total de 58 483 euros. Bien que remplissant les critères de la PME au sens du droit de l’Union européenne, l’ICV n’avait pas demandé le remboursement immédiat de sa créance sur le fondement du 4° du II de l’article 199 ter B du CGI. Elle avait préféré conserver la voie du I du même article, en procédant à l’imputation de sa créance sur l’impôt sur les sociétés dû au titre des exercices clos les 31 juillet 2018, 31 juillet 2019 et 31 juillet 2020. Ce n’est que le 10 novembre 2020, après avoir constaté l’impossibilité d’imputer totalement sa créance, qu’elle avait sollicité la restitution du solde.

L’administration fiscale avait rejeté cette réclamation comme tardive, au motif que la PME, bénéficiaire du droit au remboursement immédiat, ne pouvait se prévaloir du délai de réclamation plus favorable attaché au régime de droit commun. Le tribunal administratif de Montpellier avait suivi cette analyse par un jugement du 3 juillet 2023. La cour administrative d’appel de Toulouse, par un arrêt du 5 juin 2025 (n° 23TL02231), avait au contraire infirmé cette position et ordonné le remboursement des créances à hauteur de 56 356 euros.

Le Conseil d’État, dans sa décision n° 506731 du 2 juin 2026, confirme l’arrêt de la cour de Toulouse et rejette le pourvoi du ministre. La Haute juridiction énonce un attendu de principe dont la portée dépasse largement le cas d’espèce :

« Si les entreprises mentionnées au 4° du II de l’article 199 ter B du code général des impôts bénéficient, en vertu de ces dernières dispositions, d’un droit à la restitution immédiate de cette créance, celles-ci n’ont toutefois ni pour objet ni pour effet de priver ces entreprises de la possibilité d’utiliser alternativement cette créance dans les conditions de droit commun prévues au I du même article, c’est-à-dire de ne pas demander son remboursement immédiat mais de l’imputer sur l’impôt dû au titre de chacun des trois exercices suivant celui au titre duquel la créance a été constatée avant, le cas échéant, de demander la restitution de la fraction de cette créance qui n’aura pu être imputée. »

Cette motivation constitue un revirement de la position soutenue par l’administration fiscale, qui considérait le dispositif du II comme un régime exclusif. L’arrêt du Conseil d’État rétablit la liberté de choix de la PME. Il s’inscrit dans la continuité de la jurisprudence antérieure qui avait déjà reconnu, s’agissant des entreprises en procédure collective, que le bénéfice du remboursement immédiat ne constituait qu’une simple possibilité — le BOFiP BOI-BIC-RICI-10-10-50 précisant d’ailleurs expressément, à son paragraphe 220, que les entreprises ayant fait l’objet d’une procédure collective « conservent la faculté de continuer d’imputer leurs créances sur l’IR ou sur l’IS dû ultérieurement ».

II. Les conséquences procédurales de la dualité des voies

A. Le point de départ du délai de réclamation : une distinction déterminante

L’arrêt du 2 juin 2026 apporte une clarification essentielle sur le régime des délais de réclamation applicables selon la voie choisie par la PME. Cette distinction est d’autant plus importante qu’elle conditionne la recevabilité même des demandes de restitution.

Aux termes de l’article R*. 196-1 du livre des procédures fiscales, les réclamations doivent être présentées au plus tard le 31 décembre de la deuxième année suivant celle de la réalisation de l’événement qui motive la réclamation. L’arrêt du Conseil d’État distingue deux hypothèses :

Lorsque la PME opte pour le remboursement immédiat (voie du II), la demande de restitution, qui constitue une réclamation au sens de l’article L. 190 du livre des procédures fiscales, doit être présentée au plus tard le 31 décembre de la deuxième année suivant la naissance du droit à restitution immédiate. Cette naissance coïncide avec la date à laquelle la créance devient immédiatement restituable, soit en principe l’année suivant celle de l’engagement des dépenses.

Lorsque la PME choisit la voie du droit commun (voie du I), le point de départ du délai de réclamation est décalé. Comme le précise le Conseil d’État, l’entreprise peut « demander par voie de réclamation, dans un délai courant alors jusqu’au 31 décembre de la deuxième année suivant la date limite prévue par l’article 360 bis de l’annexe III au code général des impôts pour le dépôt du relevé de solde de l’impôt sur les sociétés du dernier de ces exercices, le remboursement de la créance résiduelle qu’elle n’aura pu imputer ».

Concrètement, pour une PME clôturant son exercice le 31 juillet, comme c’était le cas de l’ICV, la date limite de dépôt du relevé de solde du dernier exercice d’imputation se situe au 15 novembre de la quatrième année suivant l’engagement des dépenses. Le délai de réclamation court alors jusqu’au 31 décembre de la deuxième année suivant cette date, ce qui offre un horizon temporel considérablement plus étendu que la voie du remboursement immédiat.

Dans le cas de l’ICV, les dépenses ayant été engagées en 2016, le dernier exercice d’imputation clos le 31 juillet 2020 avait pour date limite de dépôt du relevé de solde le 15 novembre 2020. La réclamation du 10 novembre 2020, antérieure à cette date, était donc recevable, et le délai biennal de l’article R*. 196-1 du LPF courait jusqu’au 31 décembre 2022.

Cette construction rejoint la position exprimée par la cour administrative d’appel de Versailles dans un arrêt remarqué (CAA Versailles, 10 février 2022, n°20VE00581, SA Beneteau) dans lequel la cour a expressément jugé que « le fait de conditionner le remboursement d’une créance de crédit d’impôt pour dépenses de recherche non imputée à la présentation d’une demande en ce sens n’a ni pour objet, ni pour effet de porter atteinte au droit au respect des biens » garanti par l’article 1er du premier protocole additionnel à la Convention européenne de sauvegarde des droits de l’homme. Le mécanisme du remboursement immédiat ne saurait donc être interprété comme emportant une quelconque déchéance automatique du droit à restitution au-delà du délai biennal applicable à cette voie spécifique.

En toute hypothèse, il importe de souligner que le droit au remboursement de la créance de CIR ne s’éteint pas par le seul écoulement du délai de réclamation applicable à la voie du remboursement immédiat. Comme le rappelle le BOFiP BOI-BIC-RICI-10-10-50 (§ 500), la créance de CIR non imputée constitue au profit de l’entreprise une créance sur l’État d’égal montant, incessible sauf dans les conditions des articles L. 214-169 à L. 214-190 et L. 313-23 à L. 313-35 du code monétaire et financier. Cette cessibilité confère à la créance une réelle valeur patrimoniale, indépendamment de la voie procédurale choisie pour son recouvrement.

Cette solution s’inscrit dans la droite ligne de la jurisprudence de la Cour de cassation qui, dans un arrêt récent (Cass. com., 28 mai 2026, n° 25-15.132, publié au Bulletin), a admis que l’irrecevabilité d’une réclamation formée avant l’envoi d’un avis de mise en recouvrement peut être régularisée si les impositions litigieuses sont mises en recouvrement avant que le juge de l’impôt ne statue. La chambre commerciale témoigne ainsi d’une volonté constante de ne pas formaliser à l’excès l’accès au prétoire fiscal.

B. La sécurisation des stratégies de trésorerie des PME innovantes

Au-delà de la question procédurale, l’arrêt CE du 2 juin 2026 emporte des conséquences pratiques considérables pour la gestion financière des PME.

La première est d’ordre stratégique. Une PME peut désormais, en toute sécurité juridique, arbitrer entre deux options : obtenir immédiatement la trésorerie correspondant à sa créance de CIR, ce qui améliore son besoin en fonds de roulement à court terme, ou conserver cette créance comme un instrument de lissage fiscal sur trois exercices, ce qui permet d’optimiser sa charge d’impôt dans la durée. Cette seconde stratégie peut s’avérer pertinente pour les PME dont les résultats sont cycliques ou qui anticipent une amélioration de leur rentabilité.

La deuxième implication concerne la sécurité des choix passés. De nombreuses PME ont, dans les faits, omis de cocher la case du remboursement immédiat sur leur relevé de solde, par méconnaissance de ce dispositif ou par inadvertance. L’administration fiscale a parfois tenté de tirer argument de cette omission pour opposer la forclusion aux demandes de restitution formées au-delà du délai biennal applicable au remboursement immédiat. L’arrêt du Conseil d’État neutralise définitivement cette argumentation.

La troisième leçon de l’arrêt réside dans l’articulation entre les formalités déclaratives et le droit substantiel. Ainsi que le rappelle le BOFiP BOI-BIC-RICI-10-10-50 (§ 160), le remboursement immédiat suppose que la PME mentionne sa créance restituable sur l’imprimé de relevé de solde n° 2572-SD. Cette formalité déclarative constitue l’acte matériel par lequel la PME manifeste son choix pour la voie du II. À défaut, le silence de l’entreprise vaut présemption de choix pour la voie du I, avec les conséquences favorables que l’arrêt du Conseil d’État attache à cette qualification.

La quatrième conséquence concrète concerne les groupes de sociétés intégrés fiscalement. L’article 223 A du CGI permet en effet à la société mère de se constituer seule redevable de l’impôt sur les sociétés dû sur l’ensemble des résultats du groupe. Dans ce cadre, la décision du Conseil d’État offre une souplesse accrue à la société mère d’un groupe intégré qui, bien que qualifiée de PME, peut choisir de ne pas actionner le remboursement immédiat pour lisser l’imputation du CIR d’ensemble sur les résultats des trois exercices suivants. Le BOFiP BOI-BIC-RICI-10-10-50 (§ 300) confirme que le CIR d’ensemble du groupe peut être remboursé à la société mère dans les conditions de droit commun, le dispositif de remboursement immédiat étant applicable dès lors que la société mère titulaire de la créance fait l’objet d’une procédure collective.

Enfin, sur le terrain de la pratique professionnelle, l’arrêt du Conseil d’État invite les conseils des PME à intégrer désormais, dans leurs recommandations, un véritable arbitrage stratégique au moment du dépôt de la déclaration spéciale n°2069-A-1-SD. Le choix entre la voie du I et celle du II doit être documenté par une projection de trésorerie à trois ans, prenant en compte les prévisions de résultat imposable et les autres crédits d’impôt dont l’entreprise est titulaire. La formalisation de ce choix dans les documents internes de l’entreprise (procès-verbal de décision de gestion, note au comité de direction) constitue une précaution utile en cas de contrôle fiscal ultérieur.

Il convient toutefois de nuancer la portée de cette décision au regard de la jurisprudence relative aux intérêts moratoires. Le Conseil d’État a jugé, dans une décision antérieure (CE 11 mai 2021, n° 442936, Association Groupe ESA), que les intérêts moratoires prévus par l’article L. 208 du livre des procédures fiscales sont dus en cas de remboursement d’une créance de CIR, le point de départ du calcul étant fixé à la date de la demande de restitution. La PME qui opte pour la voie du droit commun ne perd donc pas le bénéfice des intérêts moratoires, mais en diffère simplement le fait générateur.

Cette construction jurisprudentielle s’inscrit dans une tendance plus large de protection du contribuable, qui trouve également à s’exprimer dans le contentieux de l’abus de droit fiscal. Dans un arrêt récent (Cass. com., 28 mai 2025, n° 23-18.760, publié au Bulletin), la chambre commerciale a rappelé que « seul un fait de nature à exercer une influence sur le bien-fondé de l’imposition peut constituer l’événement susceptible de faire courir un nouveau délai de réclamation ». La découverte d’une fraude ne constitue pas, en soi, un tel événement. Cette rigueur dans la définition du point de départ du délai participe de la même philosophie que l’arrêt du 2 juin 2026 : ne pas faire peser sur le contribuable les conséquences d’une complexité procédurale dont l’administration est, pour partie, responsable.

Par ailleurs, la cour administrative d’appel de Marseille, dans un arrêt plus récent (CAA Marseille, 19 octobre 2025, n° 23MA03037, SA Scaleo Chip), a précisé que « il est loisible à une société de se placer dans le cas prévu par les dispositions du II de l’article 199 ter B du CGI et de demander le remboursement immédiat de sa créance ou dans le cas du I de cet article de n’en solliciter le remboursement qu’à l’expiration d’une période d’imputation de trois années ». Cette décision, antérieure à l’arrêt du Conseil d’État, témoigne de l’émergence progressive d’un consensus jurisprudentiel sur le caractère facultatif du remboursement immédiat, que la Haute juridiction est venue consacrer.

Conclusion

L’arrêt du Conseil d’État du 2 juin 2026, n° 506731, constitue une décision de principe dont la portée pratique est immédiate pour les PME françaises. En consacrant le caractère optionnel du remboursement immédiat de la créance de CIR, le juge administratif offre aux entreprises innovantes une souplesse de gestion de trésorerie que l’administration fiscale leur contestait. La décision sécurise également les stratégies d’imputation adoptées par les PME qui, pour des raisons légitimes, n’avaient pas sollicité le remboursement immédiat.

Il est recommandé aux PME éligibles de formaliser leur choix de manière explicite dans leur déclaration spéciale et sur le relevé de solde n° 2572-SD, afin d’éviter toute ambiguïté sur la voie empruntée. Pour les entreprises ayant déjà opté pour l’imputation sans demander le remboursement immédiat, la décision du Conseil d’État constitue une garantie solide contre le risque de forclusion de leurs demandes de restitution ultérieures. La dualité des voies, désormais pleinement consacrée, permet de conjuguer innovation et optimisation fiscale dans un cadre juridique sécurisé.

Sur le plan contentieux, une PME confrontée à un refus de remboursement fondé sur la tardiveté de sa réclamation dispose désormais d’un cadre juridique clair pour contester cette décision. L’arrêt du 2 juin 2026 étant intervenu en formation de chambres réunies (8ème et 3ème chambres), il revêt une autorité particulière dans la hiérarchie des décisions du Conseil d’État. La circonstance que le ministre ait formé un pourvoi en cassation témoigne de l’importance que l’administration fiscale attachait à la solution inverse, désormais écartée par la Haute juridiction.

Cette décision complète utilement le dispositif de sécurisation du CIR mis en place par le législateur, notamment à travers le rescrit spécifique prévu au 3° de l’article L. 80 B du livre des procédures fiscales qui permet aux PME d’obtenir une prise de position formelle de l’administration sur l’éligibilité de leurs dépenses de recherche. La conjugaison de ce rescrit, qui sécurise l’assiette du crédit d’impôt, et de l’arrêt du Conseil d’État, qui sécurise les modalités de sa restitution, offre aux PME innovantes un environnement juridique nettement plus protecteur qu’il y a seulement quelques mois.

Pour toute question relative au crédit d’impôt recherche, à la fiscalité de l’innovation ou à un contrôle fiscal portant sur ces dispositifs, le cabinet Kohen Avocats se tient à votre disposition. Vous pouvez contacter Maître Hassan KOHEN par téléphone au 06 89 11 34 45 ou par courriel à l’adresse [email protected], ou encore via le formulaire de contact en ligne.