Subrogation IJSS : l’employeur n’a pas reversé vos indemnités journalières

La subrogation IJSS est l’opération par laquelle l’employeur qui maintient le salaire de son salarié en arrêt maladie perçoit directement, à la place de celui-ci, les indemnités journalières que la sécurité sociale lui doit. Le texte de base figure à l’article R. 323-11 du Code de la sécurité sociale.

Code de la sécurité sociale, article R. 323-11, alinéa 3 : « Lorsque le salaire est maintenu en totalité, l’employeur est subrogé de plein droit à l’assuré, quelles que soient les clauses du contrat, dans les droits de celui-ci aux indemnités journalières qui lui sont dues. »

Quand le maintien de salaire n’est pas intégral mais partiel, la subrogation reste possible sous une condition de seuil : le salaire maintenu sur la période doit être au moins égal au montant des IJSS dues pour cette même période. À défaut, l’employeur n’est pas subrogé et la CPAM verse directement au salarié.Art. R. 323-11 CSS

L’article R. 323-11 du Code de la sécurité sociale précise expressément le régime de la subrogation partielle, c’est-à-dire celle qui repose sur un maintien de salaire diminué des IJSS.

Code de la sécurité sociale, article R. 323-11 : « Lorsque, en vertu d’un contrat individuel ou collectif de travail, le salaire est maintenu en totalité ou en partie sous déduction des indemnités journalières, l’employeur qui paie tout ou partie du salaire pendant la période de maladie sans opérer cette déduction est subrogé de plein droit à l’assuré dans ses droits aux indemnités journalières pour la période considérée, à condition que le salaire maintenu au cours de cette période soit au moins égal au montant des indemnités dues pour la même période. Dans les autres cas, l’employeur est seulement fondé à poursuivre auprès de l’assuré le recouvrement de la somme correspondant aux indemnités journalières, dans la limite du salaire maintenu pendant la même période. »

Le texte commande la mécanique économique. Si l’employeur a versé moins que les IJSS perçues, il doit reverser la différence au salarié. Tout enrichissement résiduel à son profit est sans cause.Art. R. 323-11 CSS

Le régime applicable aux arrêts pour accident du travail et maladie professionnelle est calqué sur celui de la maladie de droit commun. La subrogation obéit à l’article R. 433-12 du Code de la sécurité sociale, de rédaction proche, qui ouvre à l’employeur le droit aux IJSS lorsqu’il maintient la rémunération du salarié.

La même condition de seuil s’applique. Le salaire maintenu doit être au moins égal au montant des IJSS dues. Toute différence excédentaire perçue par l’employeur lui impose un reversement au salarié. La cour d’appel de Rouen l’a rappelé avec netteté à propos d’un salarié de la société Paulstra. Elle a condamné l’employeur à payer 1 459 € net au titre de la différence entre les IJSS perçues et le salaire net maintenu sur la période d’arrêt.

CA Rouen, ch. sociale, 6 février 2025, n° 23/04051 : « Lorsque le montant des indemnités journalières que l’employeur a perçues de la sécurité sociale est plus élevé que la rémunération versée par celui-ci au salarié pendant ses arrêts de travail, l’employeur doit reverser la différence à ce dernier. »

Dans l’affaire, l’employeur n’avait reversé que 4 950,20 € net sur 6 409,20 € net d’IJSS effectivement perçues de la CPAM. La condamnation au reversement du delta est de droit.Art. R. 433-12 CSSCA Rouen, 6 févr. 2025, n° 23/04051

La subrogation IJSS s’articule avec l’obligation de maintien de salaire à la charge de l’employeur. L’article L. 1226-1 du Code du travail pose le socle : tout salarié comptant un an d’ancienneté a droit à une indemnité complémentaire à l’IJSS, sous conditions.

Code du travail, article L. 1226-1, alinéa 1er : « Tout salarié ayant une année d’ancienneté dans l’entreprise bénéficie, en cas d’absence au travail justifiée par l’incapacité résultant de maladie ou d’accident constaté par certificat médical et contre-visite s’il y a lieu, d’une indemnité complémentaire à l’allocation journalière prévue à l’article L. 321-1 du code de la sécurité sociale, à condition d’avoir justifié dans les quarante-huit heures de cette incapacité, d’être pris en charge par la sécurité sociale et d’être soigné sur le territoire français ou dans l’un des autres Etats membres de la Communauté européenne ou dans l’un des autres Etats partie à l’accord sur l’Espace économique européen. »

Le taux légal est fixé à l’article D. 1226-1 : 90 % de la rémunération brute pendant les trente premiers jours, puis 66,66 % pendant les trente jours suivants, avec une majoration de la durée selon l’ancienneté. La convention collective applicable peut prévoir un régime plus favorable, et c’est souvent le cas.Art. L. 1226-1 C. trav.Art. D. 1226-1 C. trav.

L’IJSS perçue par l’employeur subrogé doit apparaître expressément sur le bulletin de paie, soit en ligne de gain net (montant maintenu intégrant la part IJSS), soit en double ligne (déduction de l’IJSS brute et reversement net). L’absence de toute mention rend le défaut versement immédiatement détectable.

La cour d’appel de Lyon a sanctionné un employeur qui avait au contraire déduit du bulletin de paie de janvier 2019 un montant d’IJSS qu’il avait pourtant directement perçues de la CPAM via subrogation, sans jamais les reverser au salarié. La condamnation a été prononcée à hauteur de 170,20 € au titre des IJSS indûment déduites.

CA Lyon, ch. sociale A, 24 septembre 2025, n° 22/05218 : l’employeur qui retient ou déduit illégitimement les IJSS sans les reverser commet un manquement aux obligations essentielles du contrat de travail.

La pièce centrale du dossier est l’attestation CPAM listant les sommes effectivement versées à l’employeur. Couplée au bulletin de paie de la période concernée, elle isole le quantum non reversé.CA Lyon, 24 sept. 2025, n° 22/05218

L’article L. 321-1 du Code de la sécurité sociale rappelle que l’assurance maladie assure le versement d’indemnités journalières à l’assuré qui se trouve dans l’incapacité physique constatée par le médecin traitant de continuer ou de reprendre le travail. L’IJSS reste due à l’assuré, c’est-à-dire au salarié, par nature.

La subrogation est un mécanisme procédural d’efficacité qui ne modifie pas la nature de la créance. L’IJSS appartient au salarié. Quand l’employeur l’encaisse à sa place sans la lui reverser, il détient des sommes qui ne lui reviennent pas, au-delà de la quote-part correspondant au salaire qu’il a effectivement maintenu.Art. L. 321-1 CSS

Avant toute saisine du conseil de prud’hommes, une mise en demeure adressée à l’employeur par lettre recommandée avec accusé de réception sert plusieurs objectifs. Elle chiffre la créance, vise les articles R. 323-11 et R. 433-12 du Code de la sécurité sociale, donne un délai de régularisation court (souvent quinze jours) et conserve la preuve du défaut versement.

La mise en demeure interrompt subsidiairement la prescription dans l’hypothèse où le défaut versement résulte d’une erreur de service paie, susceptible d’être régularisée à la marge. Elle prépare aussi le dossier prud’homal en cristallisant le refus ou le silence de l’employeur.Art. 2240 C. civ.

La demande principale est un rappel de salaire ou de rémunération équivalente correspondant aux IJSS perçues par l’employeur et non reversées au salarié. La requête doit lister précisément, mois par mois, les IJSS effectivement encaissées par l’employeur (selon décompte CPAM) et le salaire net maintenu (selon bulletins de paie). La différence forme le quantum.

La compétence appartient au conseil de prud’hommes du lieu d’établissement employeur ou du domicile du salarié au choix de ce dernier. Le bureau de conciliation et d’orientation peut tenter une régularisation rapide. À défaut, l’affaire est renvoyée au bureau de jugement.

Lorsque le défaut versement résulte d’une situation non sérieusement contestable (attestation CPAM produite, bulletins muets sur tout reversement, courriels reconnaissant l’erreur), la voie du référé prud’homal au titre du trouble manifestement illicite ou de l’obligation non sérieusement contestable peut être plus rapide qu’une saisine au fond. Le formé de référé statue en quelques semaines.

Le seuil de la contestation sérieuse est apprécié restrictivement : il suffit que l’employeur produise un argument plausible (erreur sur la période subrogée, demande de régularisation CPAM en cours, contestation du seuil de maintien) pour que le référé soit écarté au profit du fond. La voie du référé reste donc à arbitrer cas par cas.

Le quantum non reversé est une créance de nature salariale. Il suit donc la prescription triennale de l’article L. 3245-1 du Code du travail. Le point de départ est la date d’exigibilité mensuelle, soit la date habituelle de paie pour le mois concerné.

Code du travail, article L. 3245-1 : « L’action en paiement ou en répétition du salaire se prescrit par trois ans à compter du jour où celui qui l’exerce a connu ou aurait dû connaître les faits lui permettant de l’exercer. »

En revanche, la demande de dommages-intérêts pour exécution déloyale, pour préjudice moral ou pour manquement aux obligations essentielles du contrat suit la prescription biennale de l’article L. 1471-1.

Code du travail, article L. 1471-1, alinéa 1er : « Toute action portant sur l’exécution du contrat de travail se prescrit par deux ans à compter du jour où celui qui l’exerce a connu ou aurait dû connaître les faits lui permettant d’exercer son droit. »

L’affaire CA Rouen, 6 février 2025, n° 23/04051 illustre la rigueur de cette ligne de partage. La cour a accueilli le rappel de salaire au titre de la différence IJSS / maintien, mais a déclaré prescrite la demande de dommages-intérêts complémentaires sur la base biennale (requête déposée le 27 janvier 2023 pour des manquements de juillet à octobre 2020).Art. L. 3245-1 C. trav.Art. L. 1471-1 C. trav.

Au-delà de l’IJSS de la sécurité sociale, beaucoup de conventions collectives ou de contrats prévoyance complémentaires ajoutent une indemnité supplémentaire pendant l’arrêt maladie. Quand le contrat prévoit que l’employeur centralise les flux et reverse au salarié, le défaut versement de cette part prévoyance ouvre les mêmes recours que pour les IJSS. Pour aller plus loin sur ce volet, voir la page dédiée au complément de salaire de prévoyance en arrêt maladie.

Le cumul des manquements (défaut versement IJSS et défaut versement prévoyance) est souvent dirimant en cas de prise d’acte de la rupture. Plusieurs cours d’appel l’ont retenu comme manquement grave faisant produire à la rupture les effets d’un licenciement sans cause réelle et sérieuse.

Quand le défaut versement IJSS s’inscrit dans un ensemble plus large de manquements (heures supplémentaires impayées, reliquats de salaire, primes non versées), le salarié peut envisager la prise d’acte de la rupture aux torts de l’employeur. L’affaire CA Lyon, 24 septembre 2025, n° 22/05218 en fournit l’illustration : la prise d’acte du chauffeur livreur a produit les effets d’un licenciement sans cause réelle et sérieuse, avec à la clé une indemnité de 6 063 €, un préavis de 2 020,99 € et une indemnité légale de 1 642,05 €, en plus de la condamnation au reversement des IJSS indûment déduites.

La prise d’acte est un acte unilatéral qui rompt immédiatement le contrat. Si le juge écarte la qualification de manquement suffisamment grave, la rupture produit les effets d’une démission. L’arbitrage est donc à anticiper avec précision. La stratégie consiste souvent à privilégier la saisine au fond du conseil de prud’hommes pour le rappel salarial et à réserver la prise d’acte aux situations où la gravité cumulée est démontrable.CA Lyon, 24 sept. 2025, n° 22/05218

Récupérez d’abord le décompte CPAM des sommes effectivement versées à votre employeur, puis confrontez-le aux bulletins de paie de la période d’arrêt. La différence chiffrée constitue votre créance. Envoyez une mise en demeure recommandée visant les articles R. 323-11 ou R. 433-12 du Code de la sécurité sociale. À défaut de régularisation, saisissez le conseil de prud’hommes.

Uniquement à hauteur du salaire qu’il a effectivement maintenu. Si l’IJSS perçue est supérieure au salaire net maintenu, la différence doit être reversée au salarié (CA Rouen, 6 février 2025, n° 23/04051). L’enrichissement résiduel est sans cause.

Trois années glissantes au titre de la prescription triennale de l’article L. 3245-1 du Code du travail, applicable à toute action en paiement du salaire. Le point de départ est la date d’exigibilité mensuelle. Si le contrat est rompu, la demande peut porter sur les trois années précédant la rupture.

Oui, à condition que l’obligation soit non sérieusement contestable : décompte CPAM produit, bulletins muets sur tout reversement, courriels reconnaissant la dette. À défaut, la voie du fond est plus prudente. L’arbitrage se fait dossier par dossier.

Le risque est élevé. La prise d’acte exige un manquement d’une gravité suffisante pour empêcher la poursuite du contrat. Un défaut isolé sera rarement retenu seul. En revanche, lorsqu’il se cumule à d’autres manquements (heures supplémentaires impayées, reliquats), la prise d’acte peut produire les effets d’un licenciement sans cause réelle et sérieuse (CA Lyon, 24 septembre 2025, n° 22/05218).

Le décompte CPAM est accessible à l’employeur via son compte employeur sur ameli.fr. Le délai de régularisation raisonnable est court, le plus souvent inférieur au mois suivant l’encaissement. Un retard prolongé non justifié constitue un manquement aux obligations essentielles du contrat et fonde le recours prud’homal.