L’annualisation du temps de travail à l’épreuve de l’absence pour maladie : la chambre sociale du 3 juin 2026 et la méthode de proratisation du seuil de déclenchement des heures supplémentaires

I. Le cadre normatif de l’annualisation confronté à la suspension du contrat de travail pour maladie

A. La construction légale et conventionnelle du seuil de déclenchement des heures supplémentaires

L’annualisation du temps de travail constitue l’un des mécanismes d’aménagement du temps de travail les plus répandus dans les entreprises françaises. Prévue par les articles L. 3121-41 et suivants du code du travail, elle permet de faire varier la durée hebdomadaire de travail sur une période de référence pouvant atteindre un an, en alternant des semaines de forte activité et des semaines de moindre activité, sans que les heures effectuées au-delà de trente-cinq heures par semaine ne soient systématiquement qualifiées d’heures supplémentaires. Aux termes de l’article L. 3121-44 du code du travail, dans sa rédaction issue de la loi n° 2016-1088 du 8 août 2016 (Legifrance), un accord d’entreprise ou d’établissement ou, à défaut, une convention ou un accord de branche peut définir les modalités d’aménagement du temps de travail et organiser la répartition de la durée du travail sur une période supérieure à la semaine. Cet accord prévoit la période de référence, qui ne peut excéder un an, les conditions et délais de prévenance des changements de durée ou d’horaires de travail, et les conditions de prise en compte, pour la rémunération des salariés, des absences ainsi que des arrivées et des départs en cours de période de référence. Lorsque l’accord s’applique aux salariés à temps partiel, il prévoit également les modalités de communication et de modification de la répartition de la durée et des horaires de travail.

Le seuil de déclenchement des heures supplémentaires dans ce cadre est traditionnellement fixé à 1 607 heures annuelles pour un salarié à temps complet ayant acquis des droits complets à congés payés. La chambre sociale de la Cour de cassation a eu l’occasion de préciser que ce plafond de 1 607 heures de travail par an s’applique « quand bien même le salarié n’aurait pas acquis l’intégralité de ses droits à congé payé au titre de la période de référence prévue par l’accord » (Cass. soc., 11 mai 2016, n° 14-29.512, Bull. 2016, V, n° 96, courdecassation.fr). Cette position a été confirmée dans le cadre d’une question prioritaire de constitutionnalité par un arrêt du 14 février 2025 par lequel la chambre sociale a dit n’y avoir lieu de renvoyer au Conseil constitutionnel les questions relatives à la conformité de ce mécanisme aux principes constitutionnels d’égalité des citoyens devant la loi et de proportionnalité des peines (Cass. soc., 14 fév. 2025, n° 24-40.032, Publié au Bulletin, courdecassation.fr).

La période d’annualisation produit ainsi un effet de lissage qui profite à l’économie générale du contrat de travail : les heures effectuées au-delà de trente-cinq heures pendant les semaines de pic ne sont pas immédiatement majorées, tandis que la rémunération mensuelle demeure constante indépendamment des variations de l’horaire réel. L’article L. 3121-44 dispose à cet égard que l’accord peut prévoir que la rémunération mensuelle des salariés est indépendante de l’horaire réel et détermine alors les conditions dans lesquelles cette rémunération est calculée. En contrepartie, les heures supplémentaires ne sont décomptées qu’à l’issue de la période de référence, par comparaison entre le volume horaire effectivement accompli et le seuil conventionnel de déclenchement. L’accord peut également prévoir une limite hebdomadaire, supérieure à trente-cinq heures, au-delà de laquelle les heures de travail effectuées au cours d’une même semaine constituent en tout état de cause des heures supplémentaires dont la rémunération est payée avec le salaire du mois considéré, sans attendre le terme de la période de référence.

B. La perturbation du mécanisme d’annualisation par la suspension du contrat de travail pour maladie

L’absence du salarié pour maladie, qui emporte suspension du contrat de travail, introduit une difficulté de taille dans ce schéma. La période de suspension ne constitue pas du temps de travail effectif au sens de l’article L. 3121-1 du code du travail. Or le mécanisme d’annualisation est tout entier fondé sur une logique de comparaison entre un volume horaire de référence et un volume horaire effectivement accompli. L’absence pour maladie fausse nécessairement cette comparaison, en réduisant artificiellement le nombre d’heures travaillées sur la période, sans que cette réduction ne soit imputable à une sous-activité de l’entreprise.

La question est d’une importance pratique considérable. Lorsque le salarié est absent pour maladie au cours de semaines de haute activité programmée, les heures qu’il aurait dû accomplir pendant ces périodes de pic ne sont pas réalisées, ce qui diminue son compteur annuel et réduit corrélativement la probabilité de franchir le seuil de déclenchement des heures supplémentaires. À l’inverse, si l’absence intervient en période de basse activité, l’impact sur le décompte des heures supplémentaires est moindre. Le traitement de l’absence pour maladie dans le calcul des heures supplémentaires annualisées soulevait donc une question centrale : le seuil de 1 607 heures doit-il être maintenu intégralement ou doit-il être ajusté pour tenir compte de la suspension du contrat de travail ?

La jurisprudence antérieure à l’arrêt du 3 juin 2026 ne fournissait pas de réponse uniforme. Certaines cours d’appel appliquaient une proratisation arithmétique simple du seuil annuel, consistant à retrancher du seuil de 1 607 heures le nombre d’heures correspondant aux absences pour maladie, quelle que soit la période à laquelle ces absences étaient intervenues. La cour d’appel de Bordeaux, dans un arrêt du 26 mai 2026, avait énoncé que « sauf dispositions conventionnelles plus favorables, le seuil de déclenchement des heures supplémentaires applicable en cas de modulation annuelle du travail doit, lorsque le salarié est absent pour maladie en cours de période haute, être réduit de la durée de cette absence » (CA Bordeaux, 26 mai 2026, n° 24/00348, courdecassation.fr). Par ailleurs, la chambre sociale de la Cour de cassation, saisie d’une question prioritaire de constitutionnalité, avait relevé que la disposition légale contestée « concerne le seuil de déclenchement des heures supplémentaires pour des salariés soumis à un accord d’annualisation » (Cass. soc., 14 fév. 2025, n° 24-40.032, Publié au Bulletin, courdecassation.fr), confirmant l’enjeu constitutionnel sous-jacent à la détermination de ce seuil.

II. L’arrêt du 3 juin 2026 : la consécration d’une méthode en trois temps et la censure de la proratisation arithmétique

A. Le rejet de la proratisation indifférenciée du seuil annuel de 1 607 heures

L’arrêt rendu par la chambre sociale le 3 juin 2026 (Cass. soc., 3 juin 2026, n° 24-19.545, Publié au Bulletin, courdecassation.fr) constitue un apport méthodologique décisif. En l’espèce, une salariée engagée en qualité d’agent de sécurité, soumise à un accord collectif d’annualisation du temps de travail fixant le seuil de 1 607 heures, avait été absente pour maladie à deux reprises : du 27 septembre au 15 octobre 2017, puis du 19 avril au 31 décembre 2018. La cour d’appel de Nîmes, dans son arrêt du 2 juillet 2024, avait procédé à une proratisation arithmétique du seuil annuel de 1 607 heures en déduisant purement et simplement les heures d’absence pour maladie du seuil de déclenchement, sans distinguer selon que ces absences étaient intervenues en période de haute ou de basse activité. Elle avait ainsi retenu, pour l’année 2017, un seuil proratisé de 1 512,67 heures (1 607 heures moins 93,33 heures d’absence), et pour l’année 2018, un seuil proratisé de 329,97 heures (1 607 heures moins 1 277,03 heures d’absence). La cour d’appel avait en conséquence considéré comme heures supplémentaires toutes les heures effectuées au-delà de ces seuils proratisés et avait condamné l’employeur au paiement de 4 429,15 euros brut à ce titre, outre 442,91 euros brut de congés payés afférents.

La chambre sociale censure cette méthode. Elle énonce, dans un attendu de principe, que « en l’absence de dispositions conventionnelles plus favorables, en cas d’aménagement du temps de travail sur une période de référence de plusieurs semaines, le seuil de déclenchement des heures supplémentaires doit, lorsque le salarié est absent pour maladie en cours de période de haute activité, être réduit de la durée de cette absence, évaluée sur la base de la durée hebdomadaire moyenne de travail applicable dans l’entreprise pendant la période de référence » (Cass. soc., 3 juin 2026, n° 24-19.545, Publié au Bulletin). La Cour énonce ensuite la méthode que les juges du fond auraient dû suivre : « il lui appartenait d’abord, d’évaluer la durée de l’absence de la salariée au cours des périodes de haute activité, sur la base de la durée hebdomadaire moyenne de travail sur la période de référence, en l’espèce 35 heures, ensuite de retrancher cette durée du seuil de déclenchement des heures supplémentaires applicable dans l’entreprise, en l’espèce 1 607 heures, afin de déterminer le seuil de déclenchement spécifique à la salariée absente pour maladie, enfin, de décompter le nombre d’heures de travail effectivement travaillées par la salariée, seules les heures accomplies au-delà de ce seuil de déclenchement spécifique constituant des heures supplémentaires ».

La portée de cet arrêt est double. D’une part, il prohibe la proratisation automatique et indifférenciée du seuil annuel qui consiste à déduire mécaniquement du seuil de 1 607 heures l’intégralité des heures d’absence, sans considération du calendrier de l’annualisation. D’autre part, il impose une méthode en trois temps qui ancre le calcul des heures supplémentaires dans la réalité de la répartition de la charge de travail sur la période de référence. La chambre sociale ne dit pas que l’absence pour maladie est sans effet sur le seuil de déclenchement ; elle dit que cet effet doit être mesuré à l’aune de la période à laquelle l’absence est intervenue, et non de sa seule durée quantitative.

B. L’office du juge et l’articulation avec la charge de la preuve

La méthode prescrite par l’arrêt du 3 juin 2026 s’inscrit dans le cadre plus large de l’office du juge prud’homal en matière de décompte de la durée du travail. Aux termes de l’article L. 3171-4 du code du travail, en cas de litige relatif à l’existence ou au nombre d’heures de travail accomplies, l’employeur fournit au juge les éléments de nature à justifier les horaires effectivement réalisés par le salarié ; au vu de ces éléments et de ceux fournis par le salarié à l’appui de sa demande, le juge forme sa conviction après avoir ordonné, en cas de besoin, toutes les mesures d’instruction qu’il estime utiles (Legifrance). Ce partage probatoire, qui fait peser sur l’employeur la charge de justifier les horaires effectués, s’applique pleinement au contentieux des heures supplémentaires dans le cadre de l’annualisation.

La cour d’appel de Bordeaux, dans un arrêt du 2 juin 2026, a fait application de cette méthode en relevant que, l’accord d’entreprise ne contenant pas de dispositions relatives à la prise en compte des absences, « les périodes d’arrêt de travail pour maladie, à défaut de dispositions légales ou conventionnelles ou d’un usage contraires en vigueur dans l’entreprise, ne peuvent être assimilées à du temps de travail effectif » et que « le seuil de déclenchement des heures supplémentaires applicable en cas de modulation annuelle du travail doit, lorsque le salarié est absent pour maladie en cours de période haute, être réduit de la durée de cette absence » (CA Bordeaux, 2 juin 2026, n° 25/03364, courdecassation.fr). La cour d’appel de Chambéry, dans un arrêt du 6 novembre 2025, a également eu l’occasion de se prononcer sur un accord de modulation dans lequel l’employeur contestait le décompte du salarié en exposant que « le décompte des heures supplémentaires ne peut être fait à la semaine dans le cadre d’un accord de modulation » (CA Chambéry, 6 nov. 2025, n° 24/00549, courdecassation.fr).

L’arrêt du 3 juin 2026 clarifie également le rôle respectif de l’accord collectif et du juge. Lorsque l’accord collectif ne comporte pas de disposition particulière régissant le décompte des heures supplémentaires en cas d’absence du salarié pour maladie, il appartient au juge de suppléer cette lacune en appliquant la méthode des trois temps. En revanche, si l’accord prévoit des dispositions plus favorables, celles-ci s’imposent au juge en vertu du principe de faveur. La cour d’appel de Versailles, dans un arrêt du 28 mai 2025, a rappelé que l’accord de modulation prévoyant un calcul des heures supplémentaires sur une période annuelle doit être examiné au regard de son opposabilité au salarié et de sa conformité aux dispositions légales (CA Versailles, 28 mai 2025, n° 23/01358, courdecassation.fr).

Par ailleurs, la méthode de l’arrêt du 3 juin 2026 impose une rigueur nouvelle dans l’administration de la preuve. La détermination du seuil de déclenchement spécifique au salarié absent pour maladie suppose, de la part de l’employeur, de produire non seulement le décompte des heures travaillées mais également la programmation indicative de l’annualisation, afin de permettre au juge d’identifier les périodes de haute activité au cours desquelles l’absence est intervenue. Un employeur qui ne serait pas en mesure de justifier de cette programmation s’expose à voir le juge retenir une méthode de calcul plus favorable au salarié, sur le fondement des éléments que celui-ci aura produits conformément à l’article L. 3171-4 du code du travail. La chambre sociale rappelle ainsi, par cet arrêt publié au Bulletin, que la technicité du mécanisme d’annualisation ne saurait exonérer l’employeur de son obligation de justifier précisément les éléments de calcul des heures supplémentaires.

La solution retenue s’inscrit dans une ligne jurisprudentielle plus large relative à la différenciation des périodes d’absence selon leur nature. La cour d’appel de Lyon a, dans un arrêt du 11 juin 2025, rappelé que l’employeur qui conteste l’existence d’heures supplémentaires en faisant valoir « que le salarié réclame le paiement d’heures de travail correspondant à des jours où il était absent » doit apporter les éléments de nature à justifier les horaires effectivement réalisés (CA Lyon, 11 juin 2025, n° 21/08317, courdecassation.fr). La cour d’appel de Versailles a également eu à connaître d’un litige dans lequel un accord de modulation prévoyait un seuil de 1 600 heures et où le salarié, absent pour maladie, contestait le décompte de l’employeur ; la cour a relevé que « les périodes d’arrêt de travail pour maladie, à défaut de dispositions légales ou conventionnelles ou d’un usage contraires en vigueur dans l’entreprise, ne peuvent être assimilées à du temps de travail effectif » (CA Versailles, 6 nov. 2025, n° 22/00205, courdecassation.fr).

La cour d’appel de Chambéry, dans un arrêt du 6 novembre 2025, a également eu l’occasion de se prononcer sur un accord de modulation dans lequel l’employeur contestait le décompte du salarié en exposant que « le décompte des heures supplémentaires ne peut être fait à la semaine dans le cadre d’un accord de modulation » (CA Chambéry, 6 nov. 2025, n° 24/00549, courdecassation.fr). Ces décisions, lues à la lumière de l’arrêt du 3 juin 2026, confirment que le juge ne saurait se contenter d’une approche globalisante du seuil de déclenchement des heures supplémentaires et doit, au contraire, procéder à une analyse différenciée selon les périodes de l’annualisation. La cohérence de ces décisions révèle une volonté de la chambre sociale et des juridictions du fond d’encadrer rigoureusement le contentieux des heures supplémentaires annualisées, dans un souci de sécurité juridique pour les salariés comme pour les employeurs.

En définitive, lorsque le calcul des heures supplémentaires dans le cadre d’une annualisation est en cause, la vérification par notre cabinet d’avocats en droit social à Paris de la régularité du décompte opéré par l’employeur suppose de contrôler successivement la conformité de l’accord collectif aux articles L. 3121-41 et suivants du code du travail, l’existence de dispositions conventionnelles régissant la prise en compte des absences pour maladie, et, à défaut, l’application correcte de la méthode en trois temps dégagée par la chambre sociale le 3 juin 2026. L’omission d’une seule de ces étapes expose l’employeur à une condamnation pour heures supplémentaires dont le quantum peut être substantiel, comme l’illustrent les sommes en jeu dans l’espèce ayant donné lieu à l’arrêt commenté.

La distinction entre période de haute activité et période de basse activité, que l’arrêt du 3 juin 2026 érige en critère central de la proratisation du seuil, renvoie à la programmation indicative prévue par l’accord collectif ou, à défaut, aux données concrètes de l’activité de l’entreprise sur la période de référence. La chambre sociale ne définit pas elle-même ce qu’il faut entendre par période de haute activité, mais elle impose au juge du fond de l’identifier à partir des éléments du dossier. La détermination de cette qualification constitue un enjeu contentieux en soi, car elle conditionne directement le quantum des heures supplémentaires auxquelles le salarié peut prétendre. Un salarié dont l’absence pour maladie serait survenue exclusivement en période de basse activité ne pourrait se prévaloir d’une réduction du seuil de déclenchement ; à l’inverse, une absence concentrée sur les semaines de pic justifie un ajustement du seuil, à proportion de la durée hebdomadaire moyenne de travail. Cette approche est cohérente avec la finalité même de l’annualisation, qui est de répartir la charge de travail sur l’année en concentrant les heures sur les périodes de forte activité, et avec le principe d’égalité de traitement entre les salariés, dont la chambre sociale a rappelé la portée dans l’arrêt du 14 février 2025 précité.

Conclusion

L’arrêt rendu par la chambre sociale le 3 juin 2026 constitue une décision de principe dont la publication au Bulletin atteste la portée normative. En prohibant la proratisation arithmétique indifférenciée du seuil de 1 607 heures et en imposant une méthode en trois temps fondée sur l’évaluation de l’absence au cours des seules périodes de haute activité, la Cour de cassation offre une grille de lecture précise et exigeante. La décision s’inscrit dans un mouvement plus large de rationalisation du contentieux de la durée du travail, où la qualité de la preuve produite par l’employeur conditionne directement l’issue du litige. La rigueur de la méthode imposée invite les entreprises pratiquant l’annualisation à documenter avec précision la programmation indicative de leurs périodes de haute et de basse activité, sous peine de ne pouvoir justifier le calcul du seuil de déclenchement spécifique en cas d’absence pour maladie.

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