La proratisation du seuil de déclenchement des heures supplémentaires en cas d’absence maladie : la chambre sociale du 3 juin 2026 impose une méthode de calcul en trois étapes

Le contentieux des heures supplémentaires connaît, depuis les réformes successives du temps de travail, une technicité croissante que l’annualisation n’a cessé d’amplifier. L’arrêt rendu par la chambre sociale de la Cour de cassation le 3 juin 2026 (n° 24-19.545, publié au Bulletin) vient préciser, par un attendu de principe à la portée systématique, la méthode de détermination du seuil de déclenchement des heures supplémentaires lorsqu’un salarié dont le temps de travail est aménagé sur une période de référence de plusieurs semaines se trouve absent pour maladie en cours de période de haute activité. Cette décision s’inscrit dans une ligne jurisprudentielle que la chambre sociale avait déjà esquissée le 14 février 2025 à l’occasion d’une question prioritaire de constitutionnalité (n° 24-40.032, publié au Bulletin), par laquelle elle avait jugé que le seuil de 1 607 heures annuelles, posé par l’article L. 3122-4 du code du travail dans sa rédaction issue de la loi n° 2008-789 du 20 août 2008, ne portait pas d’atteinte disproportionnée au principe d’égalité, y compris lorsque le salarié n’a pas exercé l’intégralité de ses droits à congés payés. L’arrêt du 3 juin 2026 en constitue le prolongement contentieux direct : il ne s’agit plus seulement de valider le seuil de 1 607 heures, mais d’imposer au juge du fond une méthode précise et contraignante pour adapter ce seuil à la situation particulière du salarié malade.

L’arrêt commenté a été immédiatement relayé par la presse juridique spécialisée, de Lemag Juridique à la revue en ligne Asfelia, en passant par les analyses d’Anav-Arlaud Avocats et de la fédération UTPF Mobilités, signe de l’importance pratique de la solution dégagée pour l’ensemble des entreprises ayant mis en place un dispositif d’annualisation ou de modulation du temps de travail. La question du calcul des heures supplémentaires en cas d’arrêt maladie dans un tel cadre n’avait, jusqu’à présent, fait l’objet que de solutions éparses des juges du fond, sans qu’un principe directeur n’émerge de la Cour de cassation. L’arrêt du 3 juin 2026 comble ce vide en énonçant une règle de portée générale, applicable à tous les accords d’aménagement du temps de travail, sous réserve de dispositions conventionnelles plus favorables. Il convient dès lors d’examiner le contenu précis de cette méthode (I) avant d’en mesurer les conséquences pratiques pour les entreprises et les perspectives contentieuses qu’elle ouvre (II).

I. La consécration d’une méthode de calcul protectrice du salarié absent pour maladie

A. Une règle prétorienne fondée sur la réduction du seuil de déclenchement à due proportion de l’absence

Le principe dégagé par la chambre sociale dans l’arrêt du 3 juin 2026 est formulé en ces termes : « En l’absence de dispositions conventionnelles plus favorables, en cas d’aménagement du temps de travail sur une période de référence de plusieurs semaines, le seuil de déclenchement des heures supplémentaires doit, lorsque le salarié est absent pour maladie en cours de période de haute activité, être réduit de la durée de cette absence, évaluée sur la base de la durée hebdomadaire moyenne de travail applicable dans l’entreprise pendant la période de référence » (Cass. soc., 3 juin 2026, n° 24-19.545, publié au Bulletin, lien officiel).

Cette formule consacre une règle prétorienne qui n’était jusqu’alors qu’implicite dans les solutions rendues par certaines cours d’appel. La cour d’appel de Bordeaux, dans un arrêt du 26 mai 2026 (n° 24/00348, lien officiel), avait déjà énoncé que « sauf dispositions conventionnelles plus favorables, le seuil de déclenchement des heures supplémentaires applicable en cas de modulation annuelle du travail doit, lorsque le salarié est absent pour maladie en cours de période haute, être réduit de la durée de cette absence, évaluée sur la base de la durée hebdomadaire moyenne de modulation applicable dans l’entreprise ». La cour d’appel de Bordeaux avait fait application de ce principe à un salarié maçon absent pour maladie au mois de décembre 2020, mais sans que la Cour de cassation n’ait encore eu à se prononcer sur la question. L’arrêt du 3 juin 2026 confère à cette solution la portée normative d’un attendu de principe, applicable à l’ensemble des contentieux de l’annualisation.

Le fondement légal de cette construction repose sur l’article L. 3122-4 du code du travail, dans sa rédaction issue de la loi n° 2008-789 du 20 août 2008, qui dispose que constituent des heures supplémentaires, dans le cadre d’un aménagement du temps de travail sur l’année, « les heures effectuées au-delà de 1 607 heures annuelles ou de la limite annuelle inférieure fixée par l’accord » ainsi que « les heures effectuées au-delà de la moyenne de trente-cinq heures calculée sur la période de référence fixée par l’accord ou par le décret ». La chambre sociale avait déjà jugé, dans un arrêt du 11 mai 2016 (n° 14-29.512, Bull. 2016, V, n° 96), que « le seuil de déclenchement des heures supplémentaires ne peut être supérieur au plafond de 1 607 heures de travail par an, quand bien même le salarié n’aurait pas acquis l’intégralité de ses droits à congé payé au titre de la période de référence prévue par l’accord ». Cette solution avait été confirmée à l’occasion de la question prioritaire de constitutionnalité du 14 février 2025 (n° 24-40.032, publié au Bulletin, lien officiel), qui avait jugé que cette interprétation ne portait pas d’atteinte disproportionnée à la liberté d’entreprendre, à la liberté contractuelle ni au principe d’égalité.

En énonçant que ce seuil de 1 607 heures doit être réduit à proportion de la durée de l’absence maladie, la chambre sociale du 3 juin 2026 procède à une lecture finalisée de l’article L. 3122-4 : le dispositif d’annualisation ne saurait avoir pour effet de priver le salarié malade du bénéfice des heures supplémentaires qu’il aurait accomplies s’il avait été présent pendant les périodes de haute activité. La règle ainsi posée s’analyse comme une déclinaison du principe d’égalité de traitement, le salarié absent pour maladie ne devant pas se trouver dans une situation moins favorable que celle qui aurait été la sienne en l’absence d’un tel dispositif.

Par ailleurs, la cour d’appel de Bordeaux, dans un arrêt du 2 juin 2026 (n° 25/03364, lien officiel), a fait une application rigoureuse de ce principe s’agissant d’un conducteur-receveur dont l’accord d’entreprise prévoyait une modulation annuelle sur une période courant du 1er septembre de l’année N au 31 août de l’année N+1, en retenant que « les périodes d’arrêt de travail pour maladie, à défaut de dispositions légales ou conventionnelles ou d’un usage contraires en vigueur dans l’entreprise, ne peuvent être assimilées à du temps de travail effectif », de sorte que le seuil de déclenchement devait être réduit de la durée de l’absence du salarié. Cette décision confirme que la solution dégagée par la chambre sociale trouve un écho immédiat dans la pratique des juridictions du fond.

B. Une méthode en trois étapes contraignante pour l’office du juge

L’apport le plus significatif de l’arrêt du 3 juin 2026 réside dans la formulation d’une méthode de calcul en trois étapes, destinée à guider l’office du juge saisi d’une demande de rappel d’heures supplémentaires dans le cadre d’une annualisation. La Cour énonce en effet, au paragraphe 14 de ses motifs, que « pour calculer la somme due au titre des heures supplémentaires, il incombe aux juges du fond, d’abord d’évaluer la durée de l’absence du salarié lors des périodes de haute activité, sur la base de la durée hebdomadaire moyenne de travail sur la période de référence, ensuite de retrancher cette durée du seuil de déclenchement des heures supplémentaires applicable dans l’entreprise, afin de déterminer le seuil de déclenchement spécifique au salarié absent pour maladie, enfin, de décompter le nombre d’heures de travail effectivement travaillées par le salarié, seules les heures accomplies au-delà de ce seuil de déclenchement spécifique constituant des heures supplémentaires ».

Cette méthode présente un caractère systématique et contraignant. Elle impose au juge du fond de ne pas se contenter d’une simple proratisation mathématique du seuil en fonction du nombre de jours d’absence, mais d’évaluer précisément la durée de l’absence en fonction de la durée hebdomadaire moyenne de travail. En l’espèce, la cour d’appel de Nîmes avait procédé à une proratisation indifférenciée du seuil de 1 607 heures, retenant pour l’année 2017 que les 93,33 heures d’absence pour maladie devaient être déduites pour aboutir à un seuil de 1 512,67 heures, et pour l’année 2018 que les 1 277,03 heures d’absence devaient être déduites pour aboutir à un seuil de 329,97 heures. La chambre sociale censure cette approche au motif que la cour d’appel aurait dû évaluer la durée de l’absence « au cours des périodes de haute activité » et non sur l’ensemble de la période de référence, la distinction entre périodes hautes et basses étant inhérente au mécanisme même de la modulation.

L’innovation contentieuse est double. D’une part, la Cour impose désormais une distinction entre les absences survenues en période de haute activité et celles survenues en période de basse activité, les premières seules ayant vocation à être retranchées du seuil de déclenchement. D’autre part, elle substitue à la méthode uniforme de la proratisation arithmétique une méthode différenciée fondée sur la durée hebdomadaire moyenne, laquelle varie selon la période de référence et selon les stipulations de l’accord collectif applicable. Cette double exigence technique renforce substantiellement la charge probatoire pesant sur l’employeur, qui devra être en mesure de documenter avec précision la répartition des périodes hautes et basses et la durée moyenne hebdomadaire de référence.

Cette solution s’inscrit dans le prolongement d’une jurisprudence plus ancienne de la chambre sociale, qui avait déjà eu l’occasion de préciser que les jours de congés payés et d’absence, « à défaut de dispositions légales ou conventionnelles ou d’un usage contraires en vigueur dans l’entreprise, ne peuvent être assimilés à du temps de travail effectif » (Cass. soc., 11 mai 2016, n° 14-29.512, Bull. 2016, V, n° 96). La cour d’appel d’Orléans, dans un arrêt du 26 juin 2025 (n° 22/02345, lien officiel), avait fait application d’une méthode analogue à celle consacrée par la chambre sociale, en retenant que pour un conducteur absent pour maladie du 1er septembre au 31 décembre 2012, « le seuil de déclenchement des heures supplémentaires doit par conséquent être fixé en considération de cette absence », confirmant ainsi l’ancrage de cette approche dans la pratique judiciaire antérieure à l’arrêt commenté.

II. Les conséquences pratiques pour les entreprises et les perspectives contentieuses ouvertes par l’arrêt du 3 juin 2026

A. Un rééquilibrage des droits du salarié face aux dispositifs d’annualisation

L’arrêt du 3 juin 2026 ne se limite pas à fixer une méthode de calcul : il opère un rééquilibrage substantiel des droits du salarié confronté à un dispositif d’annualisation du temps de travail. Dans le régime antérieur à cette décision, le salarié absent pour maladie au cours d’une période de haute activité se trouvait dans une situation paradoxale : son absence réduisait mécaniquement son temps de travail effectif sur l’année, de sorte qu’il lui devenait objectivement plus difficile d’atteindre le seuil de 1 607 heures, alors même que les périodes pendant lesquelles il avait effectivement travaillé étaient précisément celles où la charge de travail était la plus élevée. La règle de la réduction du seuil, en abaissant le plafond de déclenchement à due concurrence de l’absence, corrige cette asymétrie structurelle.

La logique protectrice qui sous-tend cette solution est analogue à celle qui a présidé, dans d’autres domaines du droit du travail, à la neutralisation des effets défavorables de l’absence pour maladie. On songe notamment à la jurisprudence de la chambre sociale relative aux droits à congés payés pendant l’arrêt maladie, dont la refonte postérieure aux arrêts du 13 septembre 2023 a conduit à la consécration législative du principe d’acquisition des congés payés durant les périodes de suspension du contrat. L’arrêt du 3 juin 2026 participe de la même dynamique : il s’agit de faire en sorte que la maladie, événement personnel du salarié, ne devienne pas un facteur de réduction de ses droits salariaux au seul motif que l’entreprise a choisi un mode d’aménagement du temps de travail qui lui est propre.

Cette construction jurisprudentielle s’appuie également sur l’obligation de sécurité qui pèse sur l’employeur en vertu de l’article L. 4121-1 du code du travail. Un avocat spécialisé en droit du travail à Paris pourra utilement conseiller les entreprises sur l’articulation entre cette obligation et la mise en place des dispositifs d’annualisation, dans la mesure où un salarié dont les droits à heures supplémentaires seraient artificiellement réduits du fait d’une absence pour maladie pourrait, selon les circonstances de l’espèce, invoquer un manquement de l’employeur à son obligation de prévention des risques professionnels. La surcharge de travail en période de haute activité constitue en effet un facteur de risque psychosocial que l’employeur doit prendre en compte dans l’évaluation des risques prévue à l’article L. 4121-3 du même code, et la jurisprudence récente de la chambre sociale en matière de harcèlement moral et de méthodes de gestion vient renforcer l’exigence d’une prise en compte globale de la charge de travail, y compris dans ses dimensions indemnitaires.

En pratique, les entreprises soumises à un accord d’annualisation devront désormais intégrer dans leurs systèmes de paie et de décompte du temps de travail un mécanisme d’ajustement du seuil de déclenchement des heures supplémentaires tenant compte des absences pour maladie survenues en période de haute activité. Cette obligation est d’autant plus prégnante que l’annualisation concerne des secteurs entiers de l’économie, notamment la sécurité privée, le bâtiment, le transport, l’industrie agroalimentaire ou encore la logistique, dans lesquels les périodes de haute activité correspondent fréquemment à des pics saisonniers pendant lesquels le risque d’accident du travail et de maladie professionnelle est statistiquement plus élevé.

B. Les incertitudes persistantes et les risques de contentieux à venir

Si l’arrêt du 3 juin 2026 fixe une méthode, il laisse subsister des zones d’incertitude qui seront autant de foyers contentieux dans les années à venir. La première difficulté concerne la qualification même des périodes de haute activité, notion que la chambre sociale n’a pas définie de manière abstraite et dont la détermination relève, en l’état de la jurisprudence, des stipulations de chaque accord collectif. Dans les entreprises où l’accord d’annualisation ne distingue pas explicitement entre périodes hautes et basses, la méthode imposée par la Cour de cassation risque de se heurter à une difficulté d’application que les juges du fond devront résoudre au cas par cas.

La seconde incertitude porte sur le sort des absences autres que la maladie. La chambre sociale a expressément limité son attendu de principe au cas du « salarié absent pour maladie en cours de période de haute activité ». Quid des absences pour accident du travail, pour maternité, pour exercice d’un mandat syndical ou pour formation ? La même solution devrait-elle leur être étendue, dès lors que ces absences présentent le même caractère de suspension légale du contrat de travail sans que le salarié en soit responsable ? La prudence commande d’attendre que la Cour de cassation ait à connaître de ces situations avant d’étendre mécaniquement la solution du 3 juin 2026 à l’ensemble des hypothèses de suspension du contrat. Il demeure néanmoins que la logique protectrice qui anime l’arrêt commenté milite en faveur d’une extension progressive du principe à toutes les absences légalement protégées.

La troisième zone d’ombre concerne l’articulation entre cette règle prétorienne et les dispositifs conventionnels de régularisation. De nombreux accords d’annualisation comportent déjà des clauses prévoyant une régularisation de la rémunération en cas d’embauche ou de départ en cours de période. La chambre sociale a pris soin de réserver le cas où l’accord collectif comporte des « dispositions conventionnelles plus favorables ». Il appartiendra aux juges du fond d’apprécier, accord par accord, si les clauses conventionnelles existantes sont effectivement plus favorables que la méthode de calcul imposée par la Cour de cassation, ce qui ne manquera pas de générer un contentieux d’interprétation des conventions collectives dont les conseils de prud’hommes et les cours d’appel seront les premiers saisis.

Enfin, l’arrêt du 3 juin 2026 soulève une question de prescription. S’agissant d’une décision de la Cour de cassation qui ne constitue pas un revirement de jurisprudence mais la consécration d’une solution implicite, les salariés pourraient être tentés de solliciter des rappels d’heures supplémentaires sur la base de la nouvelle méthode de calcul pour des périodes antérieures à l’arrêt. La chambre sociale a déjà eu l’occasion de préciser les conditions dans lesquelles une évolution jurisprudentielle peut constituer un fait nouveau au sens de la régularité des demandes, et il conviendra de suivre avec attention les premières décisions qui appliqueront l’arrêt du 3 juin 2026 à des situations antérieures pour mesurer l’ampleur du contentieux rétrospectif qui pourrait en résulter.

La cour d’appel de Bordeaux, dans son arrêt du 26 mai 2026 précité, a d’ores et déjà fait application de la méthode de réduction du seuil à des périodes d’absence maladie remontant à 2019 et 2020, ce qui donne une indication de la manière dont les juridictions du fond pourraient mobiliser la solution de la chambre sociale pour des situations antérieures à l’arrêt. La cohérence de la solution avec la jurisprudence antérieure, notamment l’arrêt du 11 mai 2016 sur le plafonnement du seuil à 1 607 heures, plaide en faveur d’une application rétroactive de la méthode, dans la limite de la prescription triennale prévue à l’article L. 3245-1 du code du travail.

Conclusion

L’arrêt rendu par la chambre sociale le 3 juin 2026 constitue une décision d’une portée pratique considérable pour l’ensemble des entreprises ayant recours à un dispositif d’annualisation ou de modulation du temps de travail. En imposant une méthode de calcul en trois étapes, la Cour de cassation sécurise les droits du salarié absent pour maladie en période de haute activité tout en fixant un cadre contentieux qui guidera l’office du juge saisi des demandes de rappel d’heures supplémentaires. Il appartient désormais aux employeurs d’intégrer cette méthode dans leurs processus de paie et de décompte du temps de travail, et aux praticiens du droit social d’en anticiper les prolongements contentieux, notamment s’agissant de l’extension de la solution à d’autres types d’absence, de l’interprétation des clauses conventionnelles de régularisation et de l’application de la méthode aux périodes antérieures à l’arrêt.