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Arrêt maladie de plus de 31 jours à partir du 1er septembre 2026 : CPAM, IJSS et employeur

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A partir du 1er septembre 2026, un arret maladie ne pourra plus etre prescrit pour une duree initiale superieure a 31 jours. Une prolongation ne pourra pas non plus depasser 62 jours. Cette nouvelle limite ne signifie pas qu’un salarie ne pourra jamais etre arrete plus longtemps. Elle oblige surtout le medecin a revoir plus regulierement la situation, a renouveler l’arret par etapes et a securiser les justificatifs transmis a la CPAM et a l’employeur.

La difficulte pratique sera immediate pour les salaries en arret long : pathologie lourde, burn-out, depression, accident non professionnel, grossesse pathologique hors regime specifique, operation chirurgicale, rechute ou maladie chronique. Si le formulaire est mal etabli, trop long, transmis hors delai ou prescrit dans un cadre contestable, la CPAM peut suspendre les indemnites journalieres. L’employeur peut aussi refuser le maintien de salaire, demander des explications ou organiser une contre-visite.

Voici les points a verifier avant et apres le 1er septembre 2026.

Ce qui change vraiment le 1er septembre 2026

Le decret n° 2026-498 du 12 juin 2026 cree une limite de duree pour les prescriptions d’arret de travail ouvrant droit aux indemnites journalieres de securite sociale. Le texte prevoit deux plafonds :

  • 31 jours maximum pour une premiere prescription d’arret maladie ;
  • 62 jours maximum pour chaque prolongation.

Ces plafonds s’appliquent aux prescriptions et prolongations etablies a compter du 1er septembre 2026. Les informations officielles publiees par Service-Public rappellent que cette limite ne correspond pas a une duree totale maximale d’arret. Si l’etat de sante le justifie, l’arret peut etre prolonge, mais il devra l’etre par nouvelles prescriptions successives respectant le plafond applicable.

En pratique, un arret de trois mois etabli en une seule fois ne devra plus etre traite comme un simple arret long ordinaire. Il faudra verifier si le medecin a respecte le nouveau cadre, si la prolongation a ete faite a temps et si les volets ont ete transmis correctement.

Premier arret, prolongation : la distinction devient decisive

Avant le 1er septembre 2026, beaucoup de litiges portaient deja sur la transmission de l’arret dans les 48 heures, la qualite du medecin prescripteur ou la coherence entre les dates. Avec les nouveaux plafonds, une autre question devient centrale : s’agit-il d’une premiere prescription ou d’une prolongation ?

La premiere prescription est l’arret initial. Elle ouvre la periode d’indemnisation, sous reserve des conditions habituelles. A partir du 1er septembre 2026, elle ne devra pas depasser 31 jours.

La prolongation intervient quand l’arret initial arrive a son terme et que l’etat de sante impose de continuer l’interruption. Elle pourra aller jusqu’a 62 jours, mais elle devra respecter les regles propres aux prolongations. En particulier, la CPAM regarde habituellement si la prolongation a ete prescrite par un medecin autorise a le faire et si les dates s’enchainent correctement.

Un salarie doit donc conserver une chronologie claire :

  • date du premier arret ;
  • date de fin indiquee sur le volet transmis a l’employeur ;
  • date du rendez-vous medical de prolongation ;
  • date d’envoi a la CPAM et a l’employeur ;
  • justificatif d’envoi ou de depot numerique.

Cette chronologie devient une piece centrale en cas de suspension des IJSS ou de contestation du maintien de salaire.

Teleconsultation : attention a la limite de 3 jours

La reforme des arrets longs ne supprime pas la regle deja applicable aux arrets prescrits en teleconsultation. Le Code de la sante publique encadre strictement l’arret de travail prescrit ou renouvele a distance.

En principe, un arret etabli par teleconsultation ne peut pas depasser 3 jours. Il existe des exceptions, notamment lorsque l’arret est prescrit ou renouvele par le medecin traitant, par la sage-femme referent, ou lorsque le patient justifie qu’il etait impossible de consulter physiquement un professionnel competent.

Il ne faut donc pas confondre les deux plafonds :

  • le plafond de 31 jours ou 62 jours concerne la duree maximale de prescription ou de prolongation a partir du 1er septembre 2026 ;
  • la limite de 3 jours concerne le mode de consultation lorsque l’arret est etabli par teleconsultation, sauf exception.

Un arret de 31 jours prescrit en teleconsultation par un medecin qui ne connait pas le patient peut donc poser probleme. A l’inverse, une prolongation longue peut etre plus defendable si elle est etablie par le medecin traitant dans un parcours coherent, avec un dossier medical suivi et des rendez-vous documentes.

Le cabinet a deja consacre un article specifique a la question des arrets de travail en teleconsultation, de la limite de 3 jours et des recours en cas de refus d’IJSS. Pour un arret long, les deux sujets doivent maintenant etre lus ensemble.

Que risque le salarie si la CPAM refuse les IJSS ?

Lorsque la CPAM estime que l’arret n’ouvre pas droit aux indemnites journalieres, la consequence peut etre brutale : interruption ou refus de paiement des IJSS, demande de regularisation, controle medical, voire notification d’un indu si des sommes ont deja ete versees.

Le refus peut venir de plusieurs causes :

  • arret transmis hors delai ;
  • formulaire incomplet ou non securise ;
  • incoherence entre les dates ;
  • prolongation prescrite trop tard ;
  • teleconsultation ne respectant pas les conditions legales ;
  • duree indiquee superieure aux nouveaux plafonds ;
  • doute sur la realite de l’incapacite de travail.

La premiere reaction ne doit pas etre de se contenter d’appeler la caisse. Il faut demander ou conserver la decision ecrite, identifier le motif exact, puis reunir les pieces medicales et administratives qui permettent de repondre.

Selon la nature du refus, le recours peut passer par une contestation amiable devant la commission de recours amiable de la caisse, par une expertise medicale ou par une procedure devant le pole social du tribunal judiciaire. Les delais dependent de la decision recue et doivent etre verifies des sa notification.

L’employeur peut-il refuser le maintien de salaire ?

Oui, dans certaines situations. L’employeur n’est pas tenu de maintenir le salaire sans condition. L’article L. 1226-1 du Code du travail prevoit notamment que le salarie doit justifier son absence dans un delai de 48 heures, etre pris en charge par la securite sociale et remplir les conditions applicables, sous reserve des dispositions conventionnelles plus favorables.

En pratique, l’employeur peut contester le maintien de salaire si :

  • il n’a pas recu le volet employeur ;
  • l’arret est arrive trop tard sans justification ;
  • la CPAM refuse les IJSS ;
  • une contre-visite conclut a l’aptitude du salarie ;
  • les sorties autorisees ou les restrictions medicales ne sont pas respectees ;
  • l’arret parait incoherent avec une activite constatee pendant la periode d’absence.

Mais un refus automatique est dangereux. L’employeur doit distinguer l’absence injustifiee, la difficulte administrative et le debat medical. Un salarie en arret regulierement prescrit ne doit pas etre sanctionne simplement parce que l’entreprise conteste l’opportunite de son absence.

Si l’employeur suspend le complement de salaire, le salarie doit demander par ecrit le motif precis, joindre les justificatifs deja transmis et verifier la convention collective. Certaines conventions prevoient un maintien plus favorable que la loi ou des modalites particulieres de controle.

Les pieces a preparer en cas de contestation

Un dossier d’arret maladie se gagne rarement avec une seule attestation. Il faut pouvoir reconstituer le parcours complet.

Les pieces utiles sont notamment :

  • les volets d’arret de travail et de prolongation ;
  • les accusés d’envoi a la CPAM et a l’employeur ;
  • les messages Ameli ou courriers de la caisse ;
  • la decision de refus ou de suspension des IJSS ;
  • les bulletins de salaire avant, pendant et apres l’arret ;
  • le contrat de travail et la convention collective ;
  • les courriels de l’employeur sur l’absence ou le maintien de salaire ;
  • les convocations a controle medical ou contre-visite ;
  • les certificats medicaux complementaires lorsque leur communication est juridiquement possible et utile ;
  • la chronologie des consultations, notamment en cas de teleconsultation.

Il faut eviter d’envoyer a l’employeur des informations medicales detaillees qui ne le concernent pas. L’employeur a droit aux elements administratifs justifiant l’absence. Il n’a pas vocation a connaitre le diagnostic, sauf situation particuliere encadree.

Que faire si l’arret depasse 31 jours ?

Si un arret initial depasse 31 jours apres le 1er septembre 2026, il faut agir rapidement.

La premiere etape consiste a verifier la date de prescription. Les nouveaux plafonds s’appliquent aux prescriptions etablies a compter du 1er septembre 2026. Un document anterieur ne se traite pas de la meme maniere qu’un arret etabli apres l’entree en vigueur.

La deuxieme etape consiste a demander au medecin si une rectification ou une nouvelle prescription conforme est possible. Il ne s’agit pas de modifier artificiellement un document, mais de securiser le parcours si l’etat de sante justifie l’arret et si le probleme vient de la duree indiquee.

La troisieme etape consiste a informer l’employeur avec prudence. Le salarie doit justifier son absence, mais il doit eviter les explications medicales excessives. Une phrase simple peut suffire : l’arret est en cours de regularisation avec le professionnel de sante et les justificatifs administratifs seront transmis des reception.

La quatrieme etape consiste a surveiller le paiement des IJSS et du complement employeur. Si un paiement est interrompu, il faut demander la decision ecrite et ne pas laisser le dossier s’enliser.

Paris et Ile-de-France : quel juge saisir en cas de blocage ?

Pour un salarie travaillant a Paris ou en Ile-de-France, deux contentieux peuvent se croiser.

Le litige avec la CPAM sur les indemnites journalieres releve en principe du contentieux de la securite sociale, avec une phase amiable puis, si necessaire, une saisine du pole social du tribunal judiciaire competent.

Le litige avec l’employeur sur le maintien de salaire, la sanction, la rupture du contrat ou les consequences de l’absence releve du conseil de prud’hommes. Le conseil competent depend notamment du lieu de travail, de l’etablissement auquel le salarie est rattache ou du domicile dans certains cas.

Dans les dossiers longs, il faut souvent traiter les deux fronts en meme temps : securiser le recours contre la CPAM pour les IJSS, et contester la position de l’employeur si elle entraine une perte de salaire, un avertissement, une mise a pied ou un licenciement.

Sources officielles a consulter

Les principaux textes et pages utiles sont :

Pour les salaries et employeurs concernes, l’enjeu n’est pas seulement de connaitre la nouvelle limite. Il faut anticiper les dates, choisir le bon canal medical, garder les preuves d’envoi et reagir vite si la CPAM ou l’employeur bloque le paiement.

Pour une analyse plus large de vos droits au travail, vous pouvez aussi consulter notre page dediee aux avocats en droit social a Paris.

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