Un arrêt de travail peut désormais poser deux problèmes différents au salarié : le contenu médical de l’arrêt et le support administratif utilisé pour le transmettre.
Depuis la généralisation du formulaire papier sécurisé, l’Assurance Maladie peut rejeter un avis papier qui ne respecte pas le bon format. Le sujet est devenu plus sensible avec le décret du 12 juin 2026, qui plafonne, à compter du 1er septembre 2026, certaines prescriptions d’arrêts de travail à 31 jours pour un arrêt initial et à 62 jours pour un renouvellement.
Pour un salarié, la difficulté n’est pas théorique. Un formulaire rejeté, un volet employeur transmis trop tard, une prolongation mal comprise ou une paie amputée peuvent déclencher une chaîne rapide : indemnités journalières retardées, maintien de salaire bloqué, demande d’explications par les ressources humaines, contre-visite, puis parfois sanction disciplinaire.
La bonne réponse consiste à séparer les questions. L’arrêt a-t-il été prescrit par un professionnel de santé ? Le bon formulaire a-t-il été utilisé ? Les volets ont-ils été envoyés dans les délais ? L’employeur a-t-il été informé sans accéder au diagnostic ? La paie a-t-elle été corrigée après régularisation ?
Nouveau formulaire d’arrêt de travail : ce qui peut être refusé
Lorsque l’arrêt est télétransmis par le médecin, la sage-femme ou le prescripteur habilité, le risque de rejet du formulaire est limité. Les volets destinés à l’Assurance Maladie partent directement vers la caisse. Le salarié doit surtout transmettre à son employeur le document qui justifie son absence.
La difficulté concerne les arrêts papier. L’Assurance Maladie a mis en place un Cerfa sécurisé, destiné à limiter les faux arrêts et les photocopies frauduleuses. Les anciens formulaires, les scans ou les copies peuvent être rejetés lorsqu’ils ne répondent pas au format attendu.
Le rejet ne signifie pas automatiquement que le salarié a fraudé. Il peut simplement révéler que le support utilisé par le cabinet médical n’est pas le bon, que la télétransmission a échoué ou qu’une copie a été envoyée alors qu’un original sécurisé était attendu.
En pratique, le salarié doit demander rapidement au prescripteur une régularisation. Il doit aussi conserver le document initial, le message de rejet, les échanges avec le cabinet médical et les preuves d’envoi.
Arrêt initial de 31 jours et prolongation de 62 jours : ce qui change au 1er septembre 2026
Le décret du 12 juin 2026 ajoute une nouvelle difficulté de calendrier.
À compter du 1er septembre 2026, certaines prescriptions d’arrêt de travail sont encadrées par des plafonds : 31 jours pour un arrêt initial et 62 jours pour un renouvellement. L’objectif affiché est de renforcer le contrôle de la prescription et de limiter les arrêts très longs sans réexamen.
Pour le salarié, cela signifie qu’un arrêt long devra être suivi plus attentivement. Une prolongation oubliée, transmise en retard ou rédigée sur un support non conforme peut créer une rupture dans l’indemnisation.
Pour l’employeur, cela ne donne pas un droit de connaître le diagnostic. L’entreprise peut demander le justificatif d’absence, contrôler les conséquences sur la paie et, si les conditions sont réunies, solliciter une contre-visite médicale. Elle ne peut pas transformer une règle administrative nouvelle en accès au dossier médical du salarié.
La question pratique devient donc : comment éviter qu’un problème de formulaire ou de durée ne se transforme en litige disciplinaire ou salarial ?
Que faire si la CPAM rejette l’arrêt de travail ?
Le premier réflexe est de contacter le professionnel de santé qui a prescrit l’arrêt. Il faut demander un formulaire conforme, une télétransmission si elle est possible, ou une attestation expliquant la régularisation.
Le deuxième réflexe est d’écrire à l’employeur. Le message doit être sobre. Il suffit d’indiquer qu’un arrêt a été prescrit, que la CPAM a demandé une régularisation du support, que le prescripteur a été sollicité et que le volet employeur conforme sera transmis dès réception.
Il ne faut pas expliquer la pathologie. L’employeur n’a pas à connaître le diagnostic.
Le troisième réflexe est de conserver une chronologie. Date de consultation, date de prescription, remise du formulaire, envoi à la CPAM, transmission au service RH, rejet éventuel, demande de régularisation, réception du nouveau document, correction de la paie.
Cette chronologie sera utile si l’employeur retient le salaire, reproche une absence injustifiée ou convoque le salarié à un entretien disciplinaire.
Le volet employeur doit être traité à part
Le salarié doit distinguer les volets destinés à l’Assurance Maladie et le volet transmis à l’employeur.
L’employeur n’a pas besoin des volets médicaux envoyés à la CPAM. Il doit recevoir le justificatif d’absence qui lui permet d’organiser le travail, de traiter la paie et, le cas échéant, d’appliquer le maintien de salaire prévu par le Code du travail ou la convention collective.
Si le salarié ne transmet rien, l’employeur peut demander des explications. Si le salarié transmet un volet employeur mais que la CPAM rejette un autre volet pour une question de formulaire, la situation est différente. L’absence peut être médicalement justifiée, même si la caisse réclame une régularisation administrative.
La Cour de cassation a déjà admis, dans un contexte conventionnel précis, que l’absence du formulaire prévu par l’article L. 321-2 du Code de la sécurité sociale « ne pouvait faire obstacle au maintien de la rémunération » lorsque les conditions conventionnelles étaient remplies.
Cette décision ne règle pas tous les dossiers. Elle montre toutefois qu’il faut regarder la convention collective, les preuves transmises et la chronologie avant de conclure trop vite à une absence injustifiée.
Maintien de salaire, IJSS et subrogation : pourquoi la paie se bloque
Le salarié malade peut percevoir des indemnités journalières de sécurité sociale si les conditions sont réunies. Il peut aussi bénéficier d’un complément de salaire versé par l’employeur, notamment en application de l’article L. 1226-1 du Code du travail ou d’une convention collective plus favorable.
Le blocage vient souvent de la subrogation. Lorsque l’employeur avance les sommes et récupère ensuite les indemnités auprès de la CPAM, un rejet du formulaire peut perturber toute la chaîne de paie.
Trois situations doivent être distinguées.
Première situation : l’employeur n’a pas reçu le volet employeur. Il peut demander le justificatif et attendre les éléments nécessaires pour traiter la paie.
Deuxième situation : l’employeur a reçu le volet employeur, mais la CPAM bloque les IJSS à cause du formulaire papier. Le salarié doit régulariser auprès du prescripteur et demander une correction de paie dès que la situation est débloquée.
Troisième situation : l’employeur accuse le salarié d’avoir transmis un faux arrêt. Dans ce cas, la réponse doit être plus structurée. Il faut produire les preuves de consultation, les échanges avec le cabinet médical, le rejet CPAM, le formulaire régularisé et toute preuve d’envoi.
L’employeur peut-il sanctionner le salarié ?
Un employeur peut sanctionner une absence injustifiée. Il peut aussi sanctionner une fraude établie, par exemple un faux document, une falsification de dates ou un arrêt acheté sur internet.
En revanche, il doit être prudent lorsqu’il s’agit d’un rejet de formulaire ou d’une régularisation administrative. Un ancien Cerfa, une impossibilité temporaire de télétransmission ou une erreur du cabinet médical ne démontrent pas, à eux seuls, une faute disciplinaire du salarié.
Le salarié doit répondre par écrit dès les premiers reproches.
La réponse doit contenir quatre éléments : l’arrêt a été prescrit, le prescripteur est identifiable, la difficulté porte sur le support ou la transmission, et une régularisation est demandée ou déjà obtenue.
Si l’employeur maintient une retenue sur salaire ou prononce une sanction, le salarié peut contester. Selon le cas, il peut demander un rappel de salaire, l’annulation d’une sanction, des dommages-intérêts, ou contester un licenciement devant le conseil de prud’hommes.
Les pièces à réunir avant de contester
Le dossier doit être complet avant d’écrire une mise en demeure ou de saisir le conseil de prud’hommes.
Il faut conserver l’arrêt initial, même s’il a été rejeté par la CPAM. Il peut prouver que le salarié a consulté un professionnel de santé.
Il faut conserver la preuve d’envoi à la CPAM et à l’employeur : dépôt en ligne, courrier, courriel, portail RH, accusé de réception, capture d’écran ou message du manager.
Il faut conserver le message de rejet de la CPAM, puis les échanges avec le cabinet médical pour obtenir le formulaire sécurisé ou la télétransmission.
Il faut enfin conserver les bulletins de paie, les retenues, les courriels RH, les convocations éventuelles et les réponses écrites déjà envoyées.
Une contestation solide repose rarement sur une phrase générale. Elle repose sur des dates et des pièces.
Paris et Île-de-France : agir vite en cas de paie amputée ou de convocation
À Paris et en Île-de-France, ces litiges surgissent souvent dans des entreprises avec des services RH structurés : sièges sociaux, cabinets de conseil, commerce, hôtellerie-restauration, sécurité, santé, transport ou plateformes de services.
Les délais sont courts. Une absence mal documentée peut déclencher une retenue de salaire dès la paie suivante. Une suspicion de faux arrêt peut conduire à une convocation disciplinaire en quelques jours.
Le salarié doit donc agir en trois temps.
D’abord, il sécurise l’administratif : formulaire conforme, volet employeur, preuve d’envoi.
Ensuite, il sécurise la paie : demande de maintien de salaire, régularisation IJSS, correction du bulletin.
Enfin, il sécurise le contentieux si l’employeur persiste : réponse écrite, pièces classées, contestation de la sanction ou saisine prud’homale.
Le conseil de prud’hommes compétent dépend notamment du lieu de travail, du domicile lorsque le travail s’exécute hors établissement, ou du siège de l’employeur selon les cas.
Sources utiles
Les règles administratives sur l’arrêt maladie sont expliquées par Service-Public dans sa fiche sur l’arrêt maladie d’un salarié du secteur privé.
L’Assurance Maladie présente le nouveau formulaire papier sécurisé et la page destinée aux entreprises rappelle que le Cerfa sécurisé est obligatoire.
Le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 est disponible sur Legifrance.
La décision de la Cour de cassation du 24 juin 2020, n° 18-23.869, est consultable sur le site officiel de la Cour de cassation.
Pour replacer ce sujet dans un contentieux social plus large, consultez aussi notre page avocat en droit du travail à Paris, notre article sur le formulaire d’arrêt de travail sécurisé et notre analyse du maintien de salaire en arrêt maladie.
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