Dérogation espèce protégée : travaux, chantier et risque pénal après l’arrêt du 19 mai 2026

Un chantier peut paraître administrativement sécurisé et rester pénalement dangereux. C’est l’alerte pratique donnée par la chambre criminelle de la Cour de cassation le 19 mai 2026, dans un arrêt publié au Bulletin : une autorisation environnementale ou un droit ancien d’usage de l’eau ne suffit pas toujours lorsque les travaux touchent une espèce protégée ou son habitat. Si une dérogation « espèce protégée » devait être demandée, l’absence de démarche peut conduire à une condamnation pénale.

La requête « dérogation espèce protégée » est souvent tapée par un maître d’ouvrage, un propriétaire, une collectivité, un exploitant ou une entreprise de travaux qui découvre un blocage en cours de projet : inventaire écologique tardif, présence d’oiseaux, chauves-souris, amphibiens, reptiles, destruction de haie, entretien d’étang, défrichement, rénovation d’un bâtiment ou terrassement. L’enjeu n’est pas seulement administratif. Il faut vérifier si le projet entre dans les interdictions du code de l’environnement, si une dérogation est nécessaire, et quelles preuves préparer si l’enquête pénale commence.

Ce que l’arrêt du 19 mai 2026 change pour les travaux

Dans l’affaire jugée le 19 mai 2026, un propriétaire avait réalisé des travaux de défrichement pour l’entretien de plusieurs étangs sur lesquels il disposait d’un droit fondé en titre. Il soutenait, en substance, que ce droit et le régime de la police de l’eau sécurisaient les travaux. La Cour de cassation rejette le pourvoi.

La solution est très concrète. La Cour rappelle que les installations fondées en titre sont réputées bénéficier d’une autorisation environnementale au titre de la police de l’eau, mais ajoute que cette présomption ne couvre pas automatiquement le régime des espèces protégées. Selon la Cour, « cette présomption ne s’applique pas de plein droit » aux dispositions relatives aux habitats naturels et aux espèces protégées. La décision est accessible ici : Cass. crim., 19 mai 2026, n° 25-85.311.

Le point décisif est le suivant : si les travaux sont susceptibles d’affecter des espèces protégées ou leur habitat, il faut traiter séparément la question de la dérogation prévue par l’article L. 411-2 du code de l’environnement. La Cour le formule nettement : il appartient au bénéficiaire de solliciter l’extension de son autorisation environnementale dans les conditions prévues par les textes réglementaires, afin que l’administration vérifie le respect des intérêts protégés par l’article L. 411-1.

Autrement dit, le dossier de défense ne peut pas se limiter à dire : « j’avais une autorisation », « j’avais un droit ancien », « les travaux étaient nécessaires » ou « l’administration connaissait le site ». Il faut regarder si l’autorisation couvrait expressément l’atteinte à l’espèce ou à son habitat. Si ce n’est pas le cas, le risque pénal demeure.

Quand faut-il demander une dérogation espèce protégée ?

Le point de départ est l’article L. 411-1 du code de l’environnement. Il protège notamment certaines espèces animales ou végétales et leurs habitats. Selon les espèces et les arrêtés applicables, peuvent être interdits la destruction d’individus, la perturbation intentionnelle, la destruction des oeufs ou des nids, mais aussi la destruction, l’altération ou la dégradation du milieu particulier à ces espèces.

La dérogation prévue à l’article L. 411-2 permet, dans certains cas stricts, de lever ces interdictions. Elle suppose notamment l’absence d’autre solution satisfaisante, une justification recevable et l’absence d’atteinte au maintien des populations concernées dans un état de conservation favorable. La fiche officielle Justice.fr sur les dérogations espèces protégées rappelle aussi qu’une modification substantielle d’une activité ou de travaux ayant bénéficié d’une dérogation peut nécessiter une nouvelle dérogation.

En pratique, il faut se poser la question avant le premier coup de pelle, et pas seulement après un contrôle. Les signaux d’alerte sont fréquents : un écologue mentionne une espèce protégée dans un diagnostic, un voisin ou une association signale la présence de nids ou de chauves-souris, la DREAL ou l’OFB écrit au maître d’ouvrage, le calendrier de chantier coïncide avec une période sensible, ou l’autorisation principale ne mentionne pas clairement la dérogation espèces protégées.

La difficulté vient souvent du chevauchement des procédures. Un projet peut être soumis à déclaration ou autorisation au titre de la loi sur l’eau, à autorisation d’urbanisme, à ICPE, à autorisation de défrichement, ou à autorisation environnementale. Ces procédures ne répondent pas toutes à la même question. L’arrêt du 19 mai 2026 rappelle précisément ce cloisonnement : le fait d’être couvert sur un terrain administratif ne veut pas dire que l’on est couvert sur la protection pénale des espèces.

Quelles peines en cas de destruction d’habitat ou d’espèce protégée ?

Le risque pénal principal figure à l’article L. 415-3 du code de l’environnement. Selon les cas, la violation des interdictions de protection des espèces et de leurs habitats peut exposer à une peine pouvant aller jusqu’à trois ans d’emprisonnement et 150 000 euros d’amende.

Pour une personne morale, le risque financier peut être plus élevé, avec les règles propres à la responsabilité pénale des personnes morales. Pour les dirigeants, conducteurs de travaux, maîtres d’ouvrage ou exploitants, la question devient personnelle : qui savait quoi, à quelle date, qui a décidé de poursuivre, qui avait la maîtrise effective du calendrier, et quelles alertes ont été ignorées ?

Dans l’arrêt du 19 mai 2026, la Cour relève que le prévenu avait été avisé de la nécessité d’engager la démarche avant les travaux et avant leur poursuite. Ce type d’élément est central. Une enquête pénale environnementale se construit souvent sur les courriers, mails, arrêtés, comptes rendus de réunion, rapports écologiques, échanges avec l’administration et constats de terrain.

La défense doit donc travailler sur deux plans. D’abord, la qualification : les travaux ont-ils réellement détruit ou altéré un habitat protégé ? L’espèce était-elle visée par le régime applicable ? Le lien entre les travaux et l’atteinte est-il établi ? Ensuite, l’élément intentionnel : le décideur avait-il connaissance de l’interdiction ou de l’alerte ? A-t-il poursuivi malgré une information claire ? A-t-il pris des mesures d’évitement, de réduction, d’arrêt ou de régularisation ?

Que faire si les travaux ont déjà commencé ?

Si une espèce protégée est découverte en cours de chantier, la priorité n’est pas de « régulariser » en continuant comme si de rien n’était. Il faut d’abord figer les faits et réduire le risque. Cela passe par un arrêt ciblé des travaux sur la zone sensible, un constat technique, la conservation des échanges, et une analyse rapide de l’autorisation déjà obtenue.

Il faut ensuite identifier le bon interlocuteur administratif : DREAL, préfecture, OFB, service instructeur ou autorité compétente selon le projet. L’objectif est de savoir si une demande de dérogation ou une modification du dossier d’autorisation est nécessaire. La page officielle de l’administration sur les dérogations espèces protégées donne le cadre général, mais le contenu concret dépendra du projet, de l’espèce, de l’impact et du calendrier.

Sur le plan pénal, il faut éviter trois erreurs. Première erreur : envoyer des explications approximatives à l’administration ou aux enquêteurs sans avoir relu les autorisations et les rapports. Deuxième erreur : laisser les entreprises de travaux répondre seules alors que la décision venait du maître d’ouvrage. Troisième erreur : croire que l’absence de poursuite immédiate signifie que le risque est éteint. Les contrôles environnementaux peuvent produire des suites différées.

Le bon réflexe consiste à préparer un dossier chronologique : autorisations, diagnostics écologiques, plans, dates de travaux, alertes reçues, mesures prises, photographies, comptes rendus de chantier, identité des intervenants et décisions d’arrêt ou de modification. Ce dossier permettra soit d’organiser la régularisation, soit de répondre à une audition, soit de contester la matérialité de l’infraction.

Propriétaire, promoteur, exploitant : qui peut être poursuivi ?

La responsabilité pénale environnementale ne vise pas seulement celui qui tient la tronçonneuse ou conduit l’engin. Le maître d’ouvrage, le propriétaire, l’exploitant, l’entreprise de travaux, le maître d’oeuvre ou le dirigeant peuvent être exposés selon leur rôle réel dans la décision et l’exécution.

La question clé est celle de la maîtrise. Qui a commandé les travaux ? Qui connaissait l’existence d’une espèce ou d’un habitat protégé ? Qui avait le pouvoir d’arrêter le chantier ? Qui a signé les documents transmis à l’administration ? Qui a choisi de ne pas demander de dérogation ou de poursuivre malgré une alerte ?

Pour les entreprises, un audit pénal doit aussi identifier la personne morale concernée. Le chantier peut impliquer une société porteuse du foncier, une société d’exploitation, une filiale opérationnelle et plusieurs prestataires. Si les rôles ne sont pas clarifiés, la défense devient plus fragile. Il faut donc reconstruire la chaîne de décision et distinguer les obligations de chacun.

À Paris et en Île-de-France, le sujet peut concerner des rénovations de bâtiments abritant des chauves-souris, des travaux en friche, des opérations immobilières, des zones humides, des berges, des haies ou des projets soumis à autorisation environnementale. L’enjeu est souvent d’articuler le calendrier commercial avec le calendrier écologique. Un retard maîtrisé coûte moins cher qu’une condamnation pénale, une suspension de chantier ou une crise avec l’administration.

Comment construire une défense pénale utile ?

La défense commence par une question simple : quelle interdiction exacte aurait été violée ? Il ne suffit pas d’évoquer « la biodiversité » ou « une espèce protégée » de manière générale. Il faut identifier le texte, l’arrêté de protection, l’espèce concernée, l’habitat visé, l’acte reproché et le lien avec les travaux.

Ensuite, il faut relire l’autorisation existante. L’arrêt du 19 mai 2026 montre que l’autorisation environnementale peut ne pas valoir dérogation espèces protégées si l’extension n’a pas été demandée dans les formes utiles. Le débat portera donc sur le périmètre exact de ce qui a été autorisé, sur la connaissance de l’administration, et sur les pièces qui permettaient ou non de vérifier les intérêts protégés.

Enfin, il faut préparer la position d’audition. En matière environnementale, une audition mal préparée peut figer une chronologie défavorable : « nous savions », « nous pensions que cela suffisait », « nous avons continué pour tenir les délais ». Ces phrases peuvent devenir déterminantes. Il est souvent préférable de remettre une chronologie structurée et des pièces, plutôt que de répondre de mémoire à des questions techniques.

Si une mesure d’urgence est nécessaire pour faire cesser une atteinte environnementale ou préserver un projet, l’article sur le référé pénal environnemental peut compléter cette analyse. Pour une approche plus générale de la défense en matière pénale, voir aussi la page avocat pénaliste à Paris.

Les pièces à réunir immédiatement

Le dossier utile doit être concret. Il faut réunir l’autorisation environnementale, les arrêtés préfectoraux, les échanges avec la DREAL, l’OFB ou la préfecture, les diagnostics écologiques, les cartes d’emprise, les comptes rendus de chantier, les ordres de service, les devis, les factures, les photos datées, les rapports d’écologue, les courriers d’associations ou de riverains, et les preuves d’arrêt ou de modification du chantier.

Il faut aussi isoler les alertes. Une alerte reçue avant les travaux n’a pas la même portée qu’une découverte postérieure. Un mail ignoré peut peser lourd. À l’inverse, une décision d’arrêt, une consultation d’écologue ou une demande de régularisation peuvent montrer que le responsable n’a pas cherché à contourner la règle.

La stratégie dépendra ensuite du stade : prévention avant chantier, réaction après contrôle, audition libre, garde à vue, convocation devant le tribunal correctionnel ou discussion avec le parquet. Dans tous les cas, l’arrêt du 19 mai 2026 impose une prudence nouvelle : une autorisation administrative globale n’est pas un bouclier automatique contre le délit d’atteinte aux espèces protégées.

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