L’encadrement de l’arrêt de travail pour maladie dans la relation de travail : du contrôle patronal à la limitation réglementaire de la durée de prescription

I. Le contrôle de l’arrêt de travail par l’employeur : fondement, mise en œuvre et conséquences contentieuses

A. Le fondement légal de la contre-visite médicale patronale et ses modalités d’exercice

L’article L. 1226-1 du code du travail dispose que tout salarié ayant une année d’ancienneté dans l’entreprise bénéficie, en cas d’absence au travail justifiée par l’incapacité résultant de maladie ou d’accident constaté par certificat médical et contre-visite s’il y a lieu, d’une indemnité complémentaire à l’allocation journalière prévue à l’article L. 321-1 du code de la sécurité sociale, à condition d’avoir justifié dans les quarante-huit heures de cette incapacité, d’être pris en charge par la sécurité sociale et d’être soigné sur le territoire français ou dans l’un des États membres de la Communauté européenne. Ce texte fonde le droit pour l’employeur de diligenter une contre-visite médicale destinée à vérifier le bien-fondé de l’arrêt de travail présenté par le salarié (C. trav., art. L. 1226-1). La contre-visite constitue un instrument du pouvoir de direction et de contrôle de l’employeur, qui peut y recourir sans que le salarié en soit informé au préalable.

La cour d’appel de Grenoble a rappelé, dans un arrêt du 15 avril 2025, que « l’employeur peut faire procéder à une contre-visite médicale sans que le salarié ne soit informé au préalable d’un tel contrôle et le salarié est dans l’obligation de s’y soumettre », ajoutant que « le salarié doit informer l’employeur des horaires et de l’adresse où celui-ci peut avoir lieu, notamment s’il bénéficie d’un arrêt de travail avec sorties libres » (CA Grenoble, 15 avr. 2025, n° 22/04374). Cette obligation de se soumettre à la contre-visite trouve sa contrepartie dans l’obligation corrélative de l’employeur de respecter les heures de présence fixées par le certificat médical.

Par ailleurs, le cadre légal du contrôle médical à l’initiative de l’employeur se double d’un dispositif relevant du code de la sécurité sociale. L’article L. 315-1, II, de ce code prévoit que lorsqu’un contrôle effectué par un médecin à la demande de l’employeur conclut à l’absence de justification d’un arrêt de travail ou fait état de l’impossibilité de procéder à l’examen de l’assuré, ce médecin transmet son rapport au service de contrôle médical de la caisse dans le délai maximal de quarante-huit heures. Au vu de ce rapport, le service du contrôle médical soit demande à la caisse de suspendre les indemnités journalières, soit procède à un nouvel examen de la situation de l’assuré (CSS, art. L. 315-1, II). Ce nouvel examen est de droit si le rapport a fait état de l’impossibilité de procéder à l’examen médical de l’assuré.

La cour d’appel de Lyon a apporté une précision déterminante sur l’articulation de ce dispositif dans un arrêt du 10 juin 2025, en jugeant que « l’employeur doit être en mesure de justifier de cette transmission dans le délai requis », la cour constatant que l’employeur « ne verse en l’occurrence aucun élément de nature à rapporter cette preuve » et que « bien qu’un accusé de réception tamponné du 28 novembre 2019 soit produit, il n’est pas démontré une transmission effective dans le délai maximal de 48 heures spécifiquement au service du contrôle médical » (CA Lyon, 10 juin 2025, n° 24/05324). La cour en déduit que « l’article L. 315-1 II du code de la sécurité sociale ne prévoit pas, à titre de sanction, l’inopposabilité des soins et arrêts de travail mais la suspension du versement des indemnités journalières ». Cette décision souligne le formalisme rigoureux qui encadre la contre-visite et l’impératif de célérité dans la transmission de ses résultats.

Dès lors, le contrôle médical de l’arrêt de travail ne saurait être exercé de manière discrétionnaire par l’employeur et se trouve doublement encadré : par le droit du travail, qui fixe les conditions de la contre-visite et ses conséquences sur le versement des indemnités complémentaires, et par le droit de la sécurité sociale, qui enserre dans des délais stricts la transmission des conclusions du médecin contrôleur et n’attache à leur méconnaissance qu’une sanction de suspension, non d’inopposabilité.

B. Les conséquences de la soustraction au contrôle et le contentieux de la loyauté contractuelle

La soustraction du salarié à la contre-visite médicale n’est pas sans conséquence sur ses droits. La cour d’appel de Versailles, dans un arrêt du 24 juin 2024, a énoncé un principe essentiel : « le salarié perdrait effectivement le bénéfice des indemnités complémentaires si, absent de son domicile, il n’a pu se soumettre à la contre-visite et n’a pas été en mesure, à la demande de son employeur, de justifier des motifs de son absence », tout en précisant immédiatement que « il appartient cependant à l’employeur qui a pris l’initiative du contrôle, d’établir qu’il n’a pu faire procéder à la contre-visite en raison de la carence ou de l’opposition du salarié » (CA Versailles, 24 juin 2024, n° 22/00295). La charge de la preuve pèse ainsi sur l’employeur, qui doit démontrer que l’absence de réalisation effective du contrôle résulte exclusivement du comportement du salarié.

La cour de Versailles ajoute une précision importante quant à la portée temporelle des conclusions du médecin contrôleur : « l’avis du médecin-contrôleur n’étant valable qu’à la date où il est émis et ne pouvant disposer pour l’avenir ». En conséquence, la perte des indemnités complémentaires ne s’étend pas au-delà de la date de renouvellement de l’arrêt maladie ; le salarié recouvre son droit au bénéfice de ces indemnités dès lors qu’un nouvel arrêt est prescrit par son médecin traitant, « son droit à indemnisation complémentaire est rétabli à la date de renouvellement de ses arrêts ». Cette solution tempère les effets de la défaillance du salarié et évite que la perte des indemnités ne revête un caractère définitif disproportionné.

À cet égard, la question du caractère abusif ou vexatoire du contrôle est régulièrement soulevée dans le contentieux social. La cour d’appel de Besançon, dans un arrêt du 2 juin 2026, a eu à connaître d’une situation dans laquelle un salarié invoquait le harcèlement moral à raison de contre-visites répétées diligentées par l’employeur. La cour a relevé que « ces contre-visites, légalement permises, ne sont pas constitutives de harcèlement, dès lors que le médecin a conclu à trois reprises à l’absence de justification d’un motif médical à l’arrêt de travail », tout en observant que « la contre-visite a conduit à seulement deux reprises le 06 et 28 septembre 2022 à une conclusion défavorable au salarié » (CA Besançon, 2 juin 2026, n° 25/00477). Il en résulte que la multiplication des contrôles, lorsqu’elle repose sur des éléments objectifs de suspicion et qu’elle s’inscrit dans les prévisions légales, ne saurait caractériser un harcèlement moral, la régularité formelle et la justification matérielle des contrôles faisant écran à la qualification d’agissements fautifs.

Par ailleurs, la jurisprudence distingue soigneusement la soustraction à la contre-visite du manquement à l’obligation de loyauté durant la période de suspension du contrat de travail. La cour d’appel de Montpellier, le 30 avril 2025, a jugé que « l’exercice d’une activité, pour le compte d’une société non concurrente de celle de l’employeur, pendant un arrêt de travail provoqué par la maladie ne constitue pas en lui-même un manquement à l’obligation de loyauté qui subsiste pendant la durée de cet arrêt » (CA Montpellier, 30 avr. 2025, n° 22/02813). Cette solution, qui opère une distinction entre le contrôle médical de l’arrêt et l’appréciation du comportement du salarié, illustre la dualité des régimes applicables : le respect des heures de présence relève de la contre-visite et conditionne le versement des indemnités complémentaires ; l’obligation de loyauté, quant à elle, est appréciée de manière autonome et n’est méconnue que si l’activité exercée pendant l’arrêt caractérise un acte de concurrence déloyale ou une fraude aux droits de l’employeur.

De même, la cour d’appel de Reims, dans un arrêt du 27 mars 2025, a eu à connaître d’un licenciement prononcé pendant la suspension du contrat de travail consécutive à un arrêt maladie, au motif que le salarié protégé avait commis des manquements antérieurs à la suspension. La cour a fait application de l’article L. 1226-9 du code du travail en rappelant que ce texte « ne précise nullement que la faute grave doit constituer un manquement à l’obligation de loyauté, puisqu’il suffit que les manquements reprochés soient antérieurs à la suspension du contrat » (CA Reims, 27 mars 2025, n° 24/00234). Cette décision rappelle utilement que la qualification de faute grave durant l’arrêt de travail n’est pas subordonnée à la caractérisation préalable d’un manquement à l’obligation de loyauté, tout fait antérieur à la suspension pouvant justifier la rupture dès lors qu’il rend impossible le maintien du salarié dans l’entreprise.

En tout état de cause, la suspension du contrat de travail pour maladie n’emporte pas extinction de l’obligation de loyauté qui pèse sur le salarié. La cour d’appel de Pau a rappelé, le 17 février 2026, que « le manquement du salarié à son obligation de loyauté » peut fonder un licenciement, même durant la période de suspension du contrat de travail consécutive à un accident du travail, pourvu que les faits reprochés soient antérieurs à cette suspension ou constituent une faute grave d’une importance telle qu’elle rend impossible le maintien du salarié dans l’entreprise (CA Pau, 17 fév. 2026, n° 23/01070). Cette solution s’inscrit dans le prolongement de la jurisprudence de la chambre sociale de la Cour de cassation qui, au visa de l’article L. 1226-9 du code du travail, admet le licenciement pendant la suspension du contrat de travail en cas de faute grave du salarié, la circonstance que l’intéressé se trouve en arrêt de travail ne constituant pas une immunité disciplinaire.

II. La limitation réglementaire de la durée de prescription de l’arrêt de travail et ses implications contentieuses

A. Le nouveau dispositif des décrets du 12 juin 2026 et l’encadrement inédit de la durée des arrêts de travail

Pris en application de la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026, deux décrets du 12 juin 2026 introduisent un encadrement inédit de la durée des arrêts de travail pour maladie. Le premier de ces textes instaure une limitation de la durée de prescription en première intention et en cas de renouvellement. Le second précise les modalités de contrôle par le service médical de l’assurance maladie, notamment s’agissant des arrêts de travail successifs ou de longue durée. Leur entrée en vigueur diffère selon les dispositions concernées, une partie du dispositif prenant effet dès le 1er septembre 2026.

Ces décrets constituent l’aboutissement d’un mouvement législatif amorcé par la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026, qui a entendu renforcer la lutte contre les arrêts de travail injustifiés et responsabiliser l’ensemble des acteurs de la chaîne de prescription. Selon les données publiées par l’assurance maladie, le nombre d’indemnités journalières versées au titre de la maladie a connu une augmentation constante au cours des dernières années, justifiant aux yeux du législateur un renforcement des mécanismes de contrôle et de limitation.

Le dispositif instauré s’articule autour de deux axes principaux. D’une part, la durée maximale de prescription initiale est désormais plafonnée, le médecin prescripteur ne pouvant délivrer un arrêt de travail dont la durée excéderait un certain seuil sans justifier de circonstances médicales particulières. D’autre part, le renouvellement des arrêts de travail est soumis à des conditions plus strictes, impliquant une évaluation médicale renforcée lorsque le salarié a déjà bénéficié d’une période d’arrêt prolongée. Ces limitations visent à prévenir les situations d’absence de longue durée dont la justification médicale ne serait pas suffisamment établie, tout en préservant la liberté de prescription du médecin traitant.

En outre, les décrets renforcent les prérogatives du service du contrôle médical de l’assurance maladie. L’article L. 323-6 du code de la sécurité sociale, qui subordonne le service de l’indemnité journalière à l’obligation pour le bénéficiaire d’observer les prescriptions du praticien, de se soumettre aux contrôles organisés par le service du contrôle médical et de respecter les heures de sorties autorisées, voit son application renforcée par les nouvelles dispositions réglementaires (CSS, art. L. 323-6). La cour d’appel de Nîmes, dans un arrêt du 6 février 2025, avait déjà rappelé que « le service de l’indemnité journalière est subordonné à l’obligation pour le bénéficiaire d’observer les prescriptions du praticien, de se soumettre aux contrôles organisés par le service du contrôle médical prévus à l’article L. 315-2 et de respecter les heures de sorties autorisées par le praticien » (CA Nîmes, 6 fév. 2025, n° 24/00535), le non-respect de ces obligations exposant le salarié à la suspension du versement des indemnités journalières et, le cas échéant, à une demande de remboursement des sommes indûment perçues.

La portée de cette réforme dépasse le seul cadre du droit de la sécurité sociale. Elle affecte directement la relation de travail, dans la mesure où la durée de la suspension du contrat de travail pour maladie conditionne les obligations respectives des parties. L’employeur, tenu de maintenir le salaire du salarié absent pour maladie dans les conditions prévues par la convention collective applicable ou, à défaut, par les dispositions légales, se trouve directement intéressé par la limitation de la durée des arrêts de travail. La réduction du temps de suspension du contrat de travail qu’implique, en pratique, le plafonnement réglementaire de la durée de prescription, modifie l’équilibre de la relation contractuelle pendant la période de maladie.

B. L’articulation entre le contrôle réglementaire de la durée de l’arrêt et le pouvoir disciplinaire de l’employeur

La question de l’articulation entre le nouveau dispositif réglementaire et le pouvoir disciplinaire de l’employeur se pose avec une acuité particulière. Si les décrets du 12 juin 2026 renforcent le contrôle administratif et médical de la durée des arrêts de travail, ils n’ont pas pour objet ni pour effet de modifier le régime de la contre-visite médicale patronale prévu par l’article L. 1226-1 du code du travail. Les deux dispositifs coexistent et se complètent, le contrôle médical de l’assurance maladie visant à sauvegarder les finances sociales, tandis que la contre-visite patronale demeure l’instrument de vérification du bien-fondé de l’absence au regard de la relation contractuelle.

Par ailleurs, la limitation réglementaire de la durée des arrêts de travail pourrait produire des effets indirects dans le contentieux disciplinaire. Un salarié dont l’arrêt de travail ne serait pas renouvelé au-delà du plafond réglementaire et qui ne reprendrait pas son poste à l’issue de la période d’arrêt s’exposerait à une sanction disciplinaire pour absence injustifiée. La cour d’appel de Nîmes, dans un arrêt du 9 juin 2026, a rappelé que « le contrôle médical diligenté par l’employeur découle du pouvoir de contrôle et de direction de l’employeur » (CA Nîmes, 9 juin 2026, n° 24/03414), confirmant ainsi que le pouvoir disciplinaire trouve sa source dans le pouvoir de direction, dont le contrôle médical n’est qu’une modalité d’exercice.

À cet égard, il convient de distinguer deux hypothèses. Dans la première, l’arrêt de travail est interrompu par le service du contrôle médical de l’assurance maladie, qui estime que l’état de santé du salarié ne justifie plus la suspension du contrat de travail. Dans ce cas, l’employeur peut légitimement attendre du salarié qu’il reprenne son poste, l’absence de reprise caractérisant une faute susceptible de sanction disciplinaire. Dans la seconde hypothèse, l’arrêt de travail n’est pas renouvelé au-delà du plafond réglementaire, mais le salarié produit un nouveau certificat médical émanant d’un autre praticien. La validité de ce nouveau certificat devra être appréciée au regard des circonstances médicales propres à l’espèce, le juge prud’homal disposant d’un pouvoir souverain d’appréciation pour déterminer si l’absence est ou non justifiée.

En outre, la question se pose de savoir si les décrets du 12 juin 2026 sont de nature à influer sur l’appréciation du caractère réel et sérieux du licenciement prononcé en raison des absences répétées ou prolongées du salarié. La chambre sociale de la Cour de cassation juge de manière constante que les absences pour maladie ne constituent pas en elles-mêmes une cause de licenciement, mais qu’elles peuvent justifier une rupture du contrat de travail lorsqu’elles perturbent le fonctionnement de l’entreprise et rendent nécessaire le remplacement définitif du salarié. Or, le plafonnement réglementaire de la durée des arrêts de travail tend mécaniquement à réduire la durée des absences et, partant, à limiter les hypothèses dans lesquelles l’employeur peut se prévaloir d’une désorganisation suffisante de l’entreprise pour justifier le licenciement.

La dualité des régimes de contrôle, l’un relevant de l’assurance maladie et s’exerçant dans l’intérêt des finances publiques, l’autre relevant du pouvoir patronal et s’inscrivant dans la relation contractuelle, n’exclut pas des interactions significatives. Les conclusions du service du contrôle médical de l’assurance maladie, notamment lorsqu’elles concluent à l’absence de justification médicale d’un arrêt de travail, peuvent constituer des éléments de preuve dans le cadre d’une procédure disciplinaire engagée par l’employeur. La cour d’appel de Besançon, dans l’arrêt précité du 2 juin 2026, a constaté que « le médecin a conclu à trois reprises à l’absence de justification d’un motif médical à l’arrêt de travail », ce qui légitimait le contrôle renforcé exercé par l’employeur sans pour autant caractériser un harcèlement.

En définitive, les décrets du 12 juin 2026 ne bouleversent pas l’architecture du contrôle de l’arrêt de travail pour maladie, mais en accentuent la dimension réglementaire et préventive. Ils invitent les praticiens du droit du travail, et notamment l’avocat aux prud’hommes de Paris saisi d’un litige portant sur la régularité ou les conséquences d’un arrêt de travail, à intégrer ce nouveau paramètre réglementaire dans l’analyse de la situation du salarié, qu’il s’agisse de contester une suspension d’indemnités journalières, de s’opposer à une sanction disciplinaire fondée sur l’absence de renouvellement de l’arrêt, ou d’apprécier la régularité d’un licenciement prononcé en raison d’absences prolongées.

Conclusion

L’encadrement de l’arrêt de travail pour maladie procède d’une double logique, contractuelle et réglementaire, dont les développements récents confirment la vitalité et la complexité. Le contrôle médical patronal, fondé sur l’article L. 1226-1 du code du travail et encadré par une jurisprudence qui en précise tant les conditions de mise en œuvre que les conséquences contentieuses, constitue le versant contractuel de cet encadrement. La limitation de la durée de prescription instaurée par les décrets du 12 juin 2026 en représente le versant réglementaire, orienté vers la maîtrise des finances sociales. L’articulation de ces deux régimes, distincts dans leurs finalités mais convergents dans leurs effets sur la situation du salarié, sera sans nul doute au cœur du contentieux social des prochaines années.