La substitution de motifs par l’administration fiscale en cours d’instance : une arme procédurale sous le contrôle du juge

La procédure du contentieux fiscal réserve à l’administration une prérogative singulière, souvent méconnue des contribuables et de leurs conseils : la faculté de substituer, en cours d’instance, un motif nouveau au soutien du bien-fondé de l’imposition contestée. Ni véritablement une compensation, ni une réouverture du contrôle fiscal, ce mécanisme, dont le régime est précisé par la doctrine administrative et encadré par la jurisprudence du Conseil d’État et de la Cour de cassation, constitue un levier procédural décisif pour les deux parties au procès fiscal.

L’arrêt rendu par le Conseil d’État le 12 mars 2025 dans l’affaire Vivendi (n° 491714) a rappelé avec une netteté particulière les conditions auxquelles cette substitution peut prospérer, en distinguant précisément la substitution de base légale de la substitution de motifs et en subordonnant cette dernière au respect des garanties procédurales du contribuable. Dans le même temps, la chambre commerciale de la Cour de cassation, par un arrêt publié au Bulletin du 18 septembre 2024 (n° 21-11.995), a précisé l’office du juge judiciaire de l’impôt confronté à une telle demande.

L’enjeu est considérable : pour l’administration, la substitution permet de « sauver » une imposition dont le fondement initial serait fragile, sans avoir à reprendre la procédure de rectification ; pour le contribuable, elle constitue un risque d’élargissement du débat contentieux en cours d’instance, potentiellement privatif de garanties substantielles.

Ce mécanisme présente une particularité procédurale notable : il s’applique indifféremment devant les deux ordres de juridiction. Que le contentieux fiscal relève du juge administratif (impôts directs, TVA) ou du juge judiciaire (droits d’enregistrement, ISF, impôts locaux), l’administration dispose de la même faculté de substitution, sous le contrôle du juge compétent. Cette dualité juridictionnelle, propre au contentieux fiscal français, impose au praticien de maîtriser les standards de contrôle propres à chaque ordre.

Le présent article propose une analyse doctrinale de ce mécanisme à la lumière des textes du livre des procédures fiscales, de la doctrine BOFiP, des arrêts du Conseil d’État et des décisions de la chambre commerciale de la Cour de cassation, en distinguant ses conditions d’exercice (I) et les garanties qui l’encadrent (II).

I. Le double régime de la substitution : base légale et motifs

A. La substitution de base légale : un changement de fondement juridique encadré par l’identité des procédures

La substitution de base légale permet à l’administration d’invoquer, à tout moment de la procédure contentieuse, un fondement légal différent de celui initialement retenu pour justifier le bien-fondé de l’imposition litigieuse. La doctrine administrative en donne une définition précise :

« Lorsque la même matière imposable est susceptible de demeurer soumise au même impôt ou taxe non pas en vertu de la disposition législative initialement invoquée mais sur le fondement d’une autre disposition législative, et qu’à la différence des cas d’application du droit de compensation, il n’existe pas d’insuffisance ou d’omission à proprement parler, l’Administration peut néanmoins, au cours de la procédure contentieuse, invoquer la nouvelle base légale en vue de justifier le bien-fondé de l’imposition litigieuse. » (BOI-CTX-DG-20-40-10, § 40)

Ce mécanisme se distingue fondamentalement de la compensation, qui suppose l’existence d’une insuffisance ou omission que l’administration oppose au dégrèvement sollicité par le contribuable. La substitution de base légale n’a pas pour objet de réparer une omission, mais de fournir un nouveau fondement juridique à une imposition déjà établie.

La BOFiP limite les possibilités de substitution de base légale à deux cas de figure. En premier lieu, la substitution est admise « lorsque la nature des procédures correspondant à l’ancien fondement légal et au nouveau est identique » (BOI-CTX-DG-20-40-10, § 150). En second lieu, elle est possible « lorsque la procédure contradictoire a été primitivement mise en œuvre, alors que l’Administration entend invoquer un cas d’évaluation ou de taxation d’office ». La procédure contradictoire, qui offre les garanties les plus étendues au contribuable, couvre alors l’imposition d’office.

La jurisprudence administrative a précisé ces conditions avec une rigueur constante. Ainsi, il a été jugé que l’administration peut, après avoir mis à même l’auteur du recours de présenter ses observations sur la substitution sollicitée, faire valoir devant le juge du plein contentieux que la décision dont l’annulation est demandée est légalement justifiée par un motif, de droit ou de fait, autre que celui initialement indiqué, mais également fondé sur la situation existant à la date de cette décision (CAA Bordeaux, 4ème chambre, 10 mai 2022, n° 21BX03734). Le juge doit alors rechercher si le motif substitué est de nature à fonder légalement la décision et apprécier s’il résulte de l’instruction que l’administration aurait pris la même décision si elle s’était fondée initialement sur ce motif, sous réserve toutefois que cette substitution ne prive pas le requérant d’une garantie procédurale attachée au motif substitué.

En revanche, la substitution d’un fondement légal qui supposerait l’application d’une procédure contradictoire à une imposition primitivement établie par voie d’office n’est pas possible après expiration du délai de prescription (BOI-CTX-DG-20-40-10, § 150). La Cour administrative d’appel de Douai a fait application de cette règle en jugeant que « l’administration peut, à tout moment de la procédure, invoquer un nouveau motif de droit propre à justifier l’imposition, à condition qu’une telle substitution n’ait pas pour effet de priver le contribuable des garanties qui lui sont reconnues par les textes » (CAA Douai, 2e chambre, 5 juin 2018, n° 16DA01438-16DA01439).

B. La substitution de motifs : la distinction consacrée par l’arrêt Vivendi du Conseil d’État

L’arrêt Vivendi rendu par le Conseil d’État le 12 mars 2025 (n° 491714) a apporté une clarification décisive sur la distinction entre substitution de base légale et substitution de motifs. Dans cette affaire, la société Vivendi avait initialement comptabilisé les titres de la société NBCU en titres de participation en 2006, avant de corriger cette écriture comptable le 26 juin 2008 pour les porter au compte de titres immobilisés de l’activité de portefeuille. L’administration avait initialement fondé les rectifications sur la remise en cause de cette qualification comptable.

En appel, l’administration a sollicité, à titre subsidiaire, que soit « substitué au motif de rectification initialement retenu celui tiré de ce que le caractère délibéré de l’erreur entachant l’inscription comptable initiale de ces titres comme titres de participation faisait obstacle à ce que la société […] bénéficie des effets d’une telle correction » (CE, 8ème-3ème ch. réunies, 12 mars 2025, n° 491714, Vivendi).

Le Conseil d’État a posé un principe d’une portée générale au point 5 de sa décision :

« Si l’administration peut, à tout moment de la procédure, invoquer un nouveau motif de droit propre à justifier l’imposition, une telle substitution de motif ou de base légale ne saurait avoir pour effet de priver le contribuable des garanties de procédure prévues par la loi compte tenu du motif ou de la base légale substitués et notamment de la faculté, prévue par les articles L. 59 et L. 59 A du livre des procédures fiscales, de demander la saisine de la commission des impôts directs et des taxes sur le chiffre d’affaires, lorsque celle-ci est compétente pour connaître du différend. » (CE, 12 mars 2025, n° 491714, Vivendi)

Le Conseil d’État a ensuite examiné si le désaccord portant sur le caractère délibéré de l’erreur comptable relevait de la compétence de la commission des impôts. Il a jugé que « un désaccord relatif au caractère délibéré d’une erreur comptable ne porte pas, par lui-même, sur le montant du résultat industriel et commercial et n’est par suite pas au nombre des questions relevant de la compétence de la commission ». La demande de substitution n’avait donc pas pour effet de priver la contribuable d’une garantie procédurale.

La même logique a été confirmée par la Cour administrative d’appel de Lyon, qui a jugé que « l’administration est en droit, à tout moment de la procédure contentieuse, de justifier l’imposition en substituant un nouveau motif à celui initialement invoqué, sous réserve qu’elle ne prive pas le contribuable d’une garantie de procédure attachée au motif substitué » (CAA Lyon, 2ème chambre, 2 avril 2019, n° 18LY03223).

La Cour administrative d’appel de Versailles a également rappelé que « l’administration peut, en première instance comme en appel, faire valoir devant le juge de l’excès de pouvoir que la décision dont l’annulation est demandée est légalement justifiée par un motif, de droit ou de fait, autre que celui initialement indiqué » (CAA Versailles, 7ème chambre, 4 mars 2021, n° 18VE02519). Cette jurisprudence constante illustre l’articulation entre le pouvoir de substitution de l’administration et le contrôle du juge.

II. Les garanties du contribuable face à la substitution de motifs

A. Le contrôle juridictionnel de la préservation des garanties procédurales

La substitution de motifs ne peut prospérer que si les garanties procédurales du contribuable sont préservées. Ce principe, rappelé avec force par la doctrine administrative, constitue la clé de voûte du contrôle juridictionnel. Selon la BOFiP, « la substitution ne doit pas, en effet, priver le contribuable des garanties légales attachées aux procédures de redressement correspondant à chaque catégorie de revenus ou d’impositions » (BOI-CTX-DG-20-40-10, § 120).

Concrètement, dès lors que la procédure primitivement mise en œuvre ne correspond pas au nouveau fondement légal envisagé, l’administration ne peut opérer directement la substitution dans le cadre de la procédure contentieuse. Elle doit procéder au dégrèvement de l’imposition initialement établie et engager la procédure appropriée au nouveau fondement, à condition que la prescription ne s’y oppose pas (BOI-CTX-DG-20-40-10, § 120).

La Cour administrative d’appel de Nancy a étendu cette exigence aux cas où la commission départementale des impôts est compétente. Elle a jugé que l’administration ne peut se prévaloir d’une substitution de base légale si le nouveau motif qu’elle invoque relève d’une question de fait pour laquelle le contribuable aurait pu demander la saisine de la commission départementale des impôts directs et des taxes sur le chiffre d’affaires, lorsque celle-ci est compétente pour connaître du différend (CAA Nancy, 2ème chambre, 27 février 2020, n° 18NC02727).

Au titre de l’article L. 199 C du livre des procédures fiscales, le contribuable bénéficie également du droit de faire valoir tout moyen nouveau, dans la limite du dégrèvement ou de la restitution sollicités, tant devant le tribunal administratif ou le tribunal judiciaire que devant la cour d’appel, jusqu’à la clôture de l’instruction (BOI-CTX-JUD-10-30-10, § 20). Ce principe d’égalité des armes tempère l’avantage procédural conféré à l’administration par le mécanisme de la substitution.

La Cour de cassation, dans un arrêt publié au Bulletin du 18 septembre 2024 (n° 21-11.995), a rappelé que « le principe du respect des droits de la défense n’impose pas à l’administration d’apporter une réponse distincte et motivée aux observations du redevable, mais d’en prendre connaissance et d’en tenir compte, ce qu’il incombe au juge de rechercher en cas de contestation » (Cass. com., 18 septembre 2024, n° 21-11.995, Publié au Bulletin). Se référant à la jurisprudence constante de la Cour de justice de l’Union européenne, la Cour de cassation a précisé que « fait partie intégrante du respect des droits de la défense le droit d’être entendu, qui garantit à toute personne la possibilité de faire connaître, de manière utile et effective, son point de vue au cours de la procédure administrative, avant l’adoption de toute décision susceptible d’affecter de manière défavorable ses intérêts ».

La Cour administrative d’appel de Paris a également jugé, dans une affaire récente, que la substitution de motifs par l’administration ne peut être admise que « si les parties ont été mises à même de présenter éventuellement des observations » et qu’il incombe au juge de vérifier que cette condition a été respectée (CAA Paris, 6ème chambre, 7 octobre 2019, n° 18PA01955).

Le Conseil d’État a par ailleurs posé une limite temporelle à ce mécanisme : « l’administration peut, en première instance comme en appel, faire valoir devant le juge du plein contentieux que la décision dont l’annulation est demandée est légalement justifiée par un motif, de droit ou de fait, autre que celui initialement indiqué, mais également fondé sur la situation existant à la date de cette décision » (CE, 12 mars 2025, n° 491714, Vivendi). La substitution ne peut donc être fondée sur des éléments postérieurs à la décision contestée.

B. L’office du juge : entre contrôle de légalité et préservation du contradictoire

La charge de la preuve en matière de substitution incombe à l’administration. La BOFiP le rappelle sans ambiguïté : « Dans tous les cas où il utilise les possibilités de la compensation ou de la substitution de base légale, il appartient au service d’apporter les justifications de nature à établir l’existence et la quotité des omissions ou insuffisances ou le bien-fondé des nouvelles dispositions légales invoquées » (BOI-CTX-DG-20-40-10, § 90).

Cette répartition de la charge probatoire est déterminante : l’administration ne peut se contenter d’invoquer un nouveau fondement, elle doit en démontrer le bien-fondé dans le cadre de la procédure contradictoire juridictionnelle.

Il convient de souligner que le droit de compensation et de substitution de base légale ne relevant pas de l’ordre public, le juge ne peut l’opposer d’office (BOI-CTX-DG-20-40-10, § 60). Il appartient au service de produire subsidiairement des conclusions visant à obtenir la compensation ou la substitution. Le juge ne peut pallier la carence de l’administration sur ce point.

Sur le plan stratégique, le contribuable confronté à une demande de substitution de motifs en cours d’instance doit identifier précisément la nature de la substitution sollicitée. S’agit-il d’une véritable substitution de base légale, ou d’une simple substitution de motifs ? La distinction a des conséquences pratiques considérables, notamment quant à la compétence de la commission des impôts, ainsi que l’a illustré l’arrêt Vivendi du 12 mars 2025.

Lorsque l’administration invoque une substitution de motifs devant le juge judiciaire, le contribuable doit vérifier que la procédure contradictoire a été respectée et que le juge a bien mis les parties en mesure de débattre contradictoirement du nouveau motif. La Cour administrative d’appel de Marseille a, à cet égard, rappelé que « l’administration peut, en première instance comme en appel, faire valoir devant le juge de l’excès de pouvoir que la décision dont l’annulation est demandée est légalement justifiée par un motif, de droit ou de fait, autre que celui initialement indiqué, mais également fondé sur la situation existant à la date de cette décision » (CAA Marseille, 6ème chambre, 17 mai 2021, n° 20MA00249).

En matière de substitutions de motifs devant le juge judiciaire, la Cour de cassation a également jugé que « selon l’article L. 101 du livre des procédures fiscales, dans sa version alors applicable, l’autorité judiciaire doit communiquer à l’administration des finances toute indication qu’elle peut recueillir, de nature à faire présumer une fraude commise en matière fiscale ou une manœuvre quelconque ayant eu pour objet ou ayant eu pour résultat de frauder ou de compromettre un impôt » (Cass. com., 16 décembre 2020, n° 18-16.801, Publié au Bulletin). Ce devoir de communication entre autorités, combiné au droit de substitution de l’administration, doit être articulé avec les droits de la défense.

Il en résulte, pour le praticien, l’impérative nécessité d’examiner minutieusement chaque mémoire en défense de l’administration, en première instance comme en appel, pour y déceler d’éventuelles demandes subsidiaires de substitution de motifs ou de base légale. Une demande non contestée en temps utile pourrait prospérer si le juge estime que les garanties du contribuable ont été respectées.

L’analyse de la jurisprudence récente révèle une tendance du juge administratif à contrôler avec une vigilance accrue la préservation effective des garanties procédurales du contribuable lorsqu’une substitution est sollicitée. La Cour administrative d’appel de Bordeaux a récemment rappelé que le juge doit « rechercher si un tel motif est de nature à fonder légalement la décision, puis d’apprécier s’il résulte de l’instruction que l’administration aurait pris la même décision si elle s’était fondée initialement sur ce motif » (CAA Bordeaux, 5ème chambre, 4 février 2025, n° 23BX00192). Ce double contrôle — légalité du motif substitué et lien causal avec la décision — constitue une garantie substantielle pour le contribuable.

La Cour administrative d’appel de Paris a également précisé que « l’administration peut, en première instance comme en appel, faire valoir devant le juge du plein contentieux que la décision dont l’annulation est demandée est légalement justifiée par un motif, de droit ou de fait, autre que celui initialement indiqué, mais également fondé sur la situation existant à la date de cette décision » (CAA Paris, 4ème chambre, 27 mars 2026, n° 25PA02710). Cette formulation, désormais stabilisée dans la jurisprudence administrative, consacre l’office de plein contentieux du juge de l’impôt confronté à une demande de substitution.

En pratique, la stratégie de défense du contribuable doit s’articuler autour de trois axes. Premièrement, vérifier que la substitution sollicitée ne modifie pas la nature de la procédure de redressement applicable, ce qui emporterait nullité si la prescription est acquise. Deuxièmement, s’assurer que le nouveau motif n’aurait pas justifié la saisine d’une commission administrative dont le contribuable a été privé — un moyen que l’arrêt Vivendi a précisément encadré. Troisièmement, exiger de l’administration qu’elle produise les éléments de calcul et justificatifs nécessaires au débat contradictoire, conformément à l’exigence posée par la BOFiP au paragraphe 90.

Conclusion

Le mécanisme de la substitution de motifs par l’administration fiscale en cours d’instance constitue une prérogative procédurale puissante, dont l’exercice est néanmoins strictement encadré par le respect des garanties du contribuable. La distinction entre substitution de base légale et substitution de motifs, consacrée avec une particulière netteté par l’arrêt Vivendi du Conseil d’État du 12 mars 2025, détermine l’étendue du contrôle juridictionnel et la préservation du droit à la saisine des commissions administratives.

Pour le contribuable comme pour son conseil, l’enjeu est d’identifier précocement ces demandes subsidiaires dans les écritures de l’administration, d’en contester le bien-fondé chaque fois que les garanties procédurales n’ont pas été respectées, et de s’assurer que le débat contradictoire a bien été préservé. La jurisprudence du Conseil d’État et de la Cour de cassation offre des leviers contentieux solides pour s’opposer à une substitution qui porterait atteinte aux droits de la défense ou qui excéderait les limites tracées par la doctrine administrative.

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