Un salarié licencié après plusieurs mois d’arrêt maladie, un temps partiel thérapeutique ou une inaptitude se retrouve souvent avec un solde de tout compte trop bas. La raison est simple : l’employeur calcule parfois l’indemnité de licenciement sur les derniers bulletins de paie, alors que ces bulletins ont été réduits par l’arrêt, les IJSS, le maintien partiel de salaire ou le temps partiel thérapeutique.
L’actualité juridique est récente. La Cour de cassation a encore rappelé en 2024, puis dans plusieurs décisions de 2026, que le calcul ne se limite pas à reprendre mécaniquement les derniers mois payés. Le 1er avril 2026, elle a censuré un calcul d’indemnité conventionnelle qui intégrait mal des primes dans le salaire de référence. Le 11 mars 2026, elle a aussi précisé l’effet d’un accident de trajet sur l’ancienneté retenue pour l’indemnité légale.
La demande est forte. Google Ads remonte notamment « calcul indemnite licenciement inaptitude » à 1 000 recherches mensuelles en France, concurrence faible, et « simulateur licenciement pour inaptitude » à 480 recherches mensuelles avec un CPC haut autour de 1 euro. Le besoin du lecteur n’est pas théorique : il veut savoir si son employeur a pris le bon salaire, la bonne ancienneté et la bonne formule.
Cette question relève du droit du travail. Elle complète nos contenus sur le salaire après arrêt maladie et visite de reprise, sur la procédure d’inaptitude après arrêt maladie et sur le licenciement pour inaptitude.
La règle de départ : 12 mois ou 3 mois, au plus favorable
L’article L. 1234-9 du Code du travail ouvre droit à l’indemnité légale de licenciement au salarié en CDI qui compte au moins 8 mois d’ancienneté ininterrompus, sauf faute grave.
L’article R. 1234-4 du Code du travail fixe ensuite le salaire de référence. Il faut retenir la formule la plus avantageuse pour le salarié :
- soit la moyenne mensuelle des 12 derniers mois précédant le licenciement ;
- soit le tiers des 3 derniers mois ;
- si une prime annuelle ou exceptionnelle a été versée sur les 3 derniers mois, elle n’est retenue qu’au prorata.
Cette règle paraît simple. Elle devient litigieuse lorsque les derniers mois ne reflètent plus la rémunération normale du salarié. C’est précisément le cas après un arrêt maladie long, un temps partiel thérapeutique ou une reprise incomplète avant le licenciement.
Arrêt maladie : il ne faut pas retenir un salaire réduit par l’absence
Lorsqu’un salarié est licencié après un arrêt maladie, l’employeur ne doit pas utiliser un salaire artificiellement diminué par l’absence pour maladie si ce calcul défavorise le salarié.
La Cour de cassation avait posé le principe dans un arrêt publié du 23 mai 2017, n° 15-22.223 : lorsque le licenciement intervient après une absence pour maladie, le salaire de référence doit être recherché, selon la formule la plus favorable, sur les 12 ou les 3 derniers mois précédant l’arrêt maladie.
La logique est concrète. L’arrêt maladie suspend l’exécution du contrat. Le salarié peut recevoir des IJSS, un complément employeur, ou une rémunération partielle. Ces sommes ne représentent pas toujours son salaire normal. Si l’employeur calcule l’indemnité sur ces mois réduits, il fait supporter au salarié une seconde conséquence financière de son état de santé.
Le salarié doit donc comparer deux périodes :
- les 12 mois ou 3 mois précédant le licenciement ;
- les 12 mois ou 3 mois précédant l’arrêt maladie, lorsque les derniers bulletins ont été diminués par l’arrêt.
Si la seconde période est plus favorable, elle doit être discutée. Cela vaut pour l’indemnité légale. Cela peut aussi concerner une indemnité conventionnelle si la convention collective ne prévoit pas une règle plus favorable ou plus précise.
Temps partiel thérapeutique : le salaire de référence doit être reconstitué
Le temps partiel thérapeutique pose une difficulté supplémentaire. Le salarié travaille, mais sur une durée réduite pour raison de santé. Ses bulletins de paie peuvent donc montrer un salaire divisé par deux, alors que son contrat et sa qualification correspondent à une rémunération plus élevée.
Dans son arrêt du 12 juin 2024, n° 23-13.975, publié au Bulletin, la Cour de cassation a jugé que, lorsque le salarié travaille en temps partiel thérapeutique au moment du licenciement, il faut retenir le salaire antérieur au temps partiel thérapeutique et à l’arrêt maladie qui l’a précédé, le cas échéant, pour calculer notamment l’indemnité compensatrice de préavis et l’indemnité pour licenciement sans cause réelle et sérieuse. Pour l’indemnité légale ou conventionnelle, l’assiette doit être recherchée sur les 12 ou 3 mois précédant le temps partiel thérapeutique et l’arrêt maladie qui l’a précédé, selon la formule la plus favorable.
La décision est accessible sur le site de la Cour de cassation : Cass. soc., 12 juin 2024, n° 23-13.975.
En pratique, cela veut dire qu’un salarié passé à mi-temps thérapeutique ne doit pas voir son indemnité de licenciement calculée sur un demi-salaire si ce demi-salaire résulte uniquement de l’aménagement de santé. Il faut revenir à la rémunération antérieure pertinente.
Inaptitude professionnelle : indemnité spéciale, préavis et base de calcul
En cas d’inaptitude d’origine professionnelle, le régime change. L’article L. 1226-14 du Code du travail prévoit une indemnité compensatrice d’un montant égal à l’indemnité compensatrice de préavis, ainsi qu’une indemnité spéciale de licenciement égale, sauf disposition plus favorable, au double de l’indemnité légale.
L’article L. 1226-16 du Code du travail fixe la base de calcul : les indemnités liées à l’inaptitude professionnelle sont calculées sur le salaire moyen que le salarié aurait perçu au cours des 3 derniers mois s’il avait continué à travailler au poste occupé avant la suspension du contrat provoquée par l’accident du travail ou la maladie professionnelle.
Cette règle est essentielle. Elle évite que l’arrêt lié à l’accident du travail ou à la maladie professionnelle fasse baisser la base de calcul. Il faut raisonner comme si le salarié avait continué à travailler sur son poste, avec son taux personnel, ses primes, ses avantages, indemnités et gratifications.
Le litige porte souvent sur l’origine professionnelle de l’inaptitude. L’employeur peut soutenir qu’il s’agit d’une inaptitude non professionnelle. Le salarié peut, au contraire, produire les arrêts, certificats, avis du médecin du travail, déclaration d’accident du travail ou de maladie professionnelle, échanges CPAM, restrictions médicales et pièces de poste pour établir le lien.
Accident de trajet : attention à l’ancienneté retenue
Tous les arrêts liés au travail ne produisent pas les mêmes effets. L’accident de trajet est traité différemment de l’accident du travail pour certaines règles d’ancienneté.
Dans un arrêt publié du 11 mars 2026, n° 24-13.123, la Cour de cassation a jugé que la période de suspension du contrat résultant d’un arrêt de travail consécutif à un accident de trajet ne peut pas être prise en compte pour calculer l’ancienneté propre à déterminer le droit à l’indemnité légale de licenciement et son montant.
La décision est accessible ici : Cass. soc., 11 mars 2026, n° 24-13.123.
L’article L. 1226-7 du Code du travail vise l’accident du travail autre qu’un accident de trajet, ainsi que la maladie professionnelle. Il faut donc vérifier la qualification exacte de l’arrêt : maladie simple, accident du travail, accident de trajet, maladie professionnelle, rechute, ou inaptitude reconnue comme ayant une origine professionnelle.
Les primes doivent être traitées avec précision
Le salaire de référence ne se limite pas toujours au salaire de base. Les primes, bonus, commissions, treizième mois, avantages en nature ou gratifications peuvent entrer dans le calcul selon leur nature et leur périodicité.
Mais il ne faut pas les compter deux fois. C’est l’un des enseignements pratiques de l’arrêt du 1er avril 2026, n° 24-19.994. Dans cette affaire, la Cour de cassation a censuré le calcul d’un solde d’indemnité conventionnelle de licenciement parce que la cour d’appel n’avait pas répondu à l’argument de l’employeur sur l’inclusion de primes versées sur 13 mois et non sur 12. La Cour a ensuite statué au fond et réduit fortement le solde dû.
La décision est disponible ici : Cass. soc., 1er avril 2026, n° 24-19.994.
Pour le salarié, ce point est utile dans les deux sens. Une prime régulière ne doit pas disparaître du calcul sous prétexte qu’elle n’est pas du salaire de base. À l’inverse, une prime annuelle déjà prise en compte ne doit pas être ajoutée une seconde fois dans une moyenne mensuelle.
Exemple simple de vérification
Un salarié gagnait 3 000 euros bruts par mois avant son arrêt maladie. Il a ensuite été en arrêt pendant 8 mois avec maintien partiel. Ses derniers bulletins affichent 1 600 euros bruts en moyenne. Il est licencié pour inaptitude non professionnelle.
Si l’employeur calcule l’indemnité sur 1 600 euros, le salarié doit contester. Il faut comparer avec la période antérieure à l’arrêt maladie. Si les 12 ou 3 mois précédant l’arrêt montrent une rémunération normale de 3 000 euros, cette base doit être examinée.
Autre exemple : un salarié reprend en temps partiel thérapeutique à 50 %, avec 1 800 euros bruts au lieu de 3 600 euros. Il est licencié trois mois plus tard. Le calcul ne doit pas se limiter au salaire à 50 % si cette réduction est liée à son état de santé. Il faut rechercher la rémunération antérieure au temps partiel thérapeutique et, le cas échéant, à l’arrêt maladie qui l’a précédé.
Dernier exemple : le salarié est déclaré inapte après une maladie professionnelle. L’employeur doit vérifier l’indemnité spéciale, l’indemnité équivalente au préavis et la base de calcul prévue par l’article L. 1226-16. Le solde de tout compte doit refléter le salaire que le salarié aurait perçu s’il avait continué à travailler sur son poste avant la suspension.
Que vérifier sur le solde de tout compte ?
Le salarié doit demander le détail du calcul. Il ne suffit pas d’avoir une ligne « indemnité de licenciement » sur le bulletin ou le reçu pour solde de tout compte.
Il faut contrôler :
- la date d’entrée dans l’entreprise ;
- la date de notification du licenciement ;
- l’ancienneté retenue, préavis inclus lorsque la règle l’impose ;
- la qualification de l’arrêt : maladie, accident du travail, accident de trajet, maladie professionnelle ;
- les 12 derniers mois et les 3 derniers mois retenus par l’employeur ;
- les bulletins précédant l’arrêt maladie ou le temps partiel thérapeutique ;
- les primes annuelles, variables, commissions et avantages ;
- la convention collective ;
- le caractère professionnel ou non professionnel de l’inaptitude ;
- l’existence d’une indemnité conventionnelle plus favorable.
Le reçu pour solde de tout compte peut être dénoncé dans un délai de 6 mois. Mais certaines actions salariales ou indemnitaires obéissent à d’autres délais. Il ne faut donc pas attendre si l’erreur est importante.
Comment réclamer sans se tromper ?
La première étape consiste à demander le détail du calcul par écrit. Le message peut rester simple :
« Je vous remercie de me communiquer le détail du calcul de mon indemnité de licenciement, notamment le salaire de référence retenu, la période utilisée, les primes prises en compte, l’ancienneté retenue et la règle conventionnelle appliquée. »
La deuxième étape consiste à refaire le calcul sur les périodes pertinentes. Il faut comparer la moyenne des 12 mois, le tiers des 3 derniers mois, et la période antérieure à l’arrêt ou au temps partiel thérapeutique lorsque l’état de santé a réduit la rémunération.
La troisième étape consiste à chiffrer l’écart. Une contestation vague a peu d’effet. Une réclamation utile indique le salaire de référence exact, l’indemnité payée, l’indemnité attendue et le solde demandé.
Si l’employeur refuse, le dossier peut être porté devant le conseil de prud’hommes. Le débat portera alors sur les bulletins, la convention collective, la nature de l’arrêt, la période de référence et les pièces médicales ou administratives utiles à la qualification de l’inaptitude.
Paris et Île-de-France : les points pratiques
À Paris et en Île-de-France, ces litiges concernent souvent des salariés cadres, commerciaux, consultants, salariés de sièges sociaux, travailleurs en forfait jours, ou salariés ayant une rémunération variable. Les erreurs viennent alors des bonus, commissions, primes annuelles ou objectifs non neutralisés pendant l’arrêt.
Le conseil de prud’hommes compétent dépend notamment du lieu de travail, du siège de l’employeur ou du lieu où l’engagement a été contracté. Pour un salarié travaillant à Paris, La Défense, Boulogne-Billancourt, Saint-Denis, Créteil, Nanterre, Bobigny ou Versailles, il faut vérifier le ressort avant de saisir.
Avant toute action, il faut réunir les 18 à 24 derniers bulletins de paie, le contrat, les avenants, la convention collective, les arrêts de travail, l’avis d’inaptitude, les courriers CPAM, la lettre de licenciement et le solde de tout compte.
Besoin d’un avis rapide sur votre dossier
Vous pouvez obtenir une consultation téléphonique en 48 heures avec un avocat du cabinet.
Nous vérifions le calcul de l’indemnité de licenciement, le salaire de référence, l’arrêt maladie, le temps partiel thérapeutique, l’inaptitude, les primes, l’ancienneté et le solde de tout compte.
Téléphone : 06 89 11 34 45
Contact : prendre rendez-vous avec le cabinet Kohen Avocats
Le cabinet intervient à Paris et en Île-de-France pour les litiges de licenciement, d’inaptitude, d’arrêt maladie, de solde de tout compte et d’indemnités prud’homales.
