Heures supplémentaires sous annualisation : pourquoi un arrêt maladie abaisse votre seuil de déclenchement, et comment réclamer ce qui vous est dû

Un salarié soumis à l’annualisation du temps de travail croit souvent ne déclencher d’heures supplémentaires qu’au-delà de 1 607 heures par an. La réalité est plus favorable, surtout lorsqu’il a été malade. Par un arrêt promis au Bulletin, la chambre sociale de la Cour de cassation juge que, lorsque le salarié est absent pour maladie pendant une période de haute activité, le seuil de déclenchement des heures supplémentaires doit être réduit de la durée de cette absence. La Cour impose même aux juges du fond une méthode de calcul en trois temps (Cass. soc., 3 juin 2026, n° 24-19.545, FS-B, disponible ici : courdecassation.fr).

La portée pratique est considérable. Des millions de salariés relèvent d’un dispositif d’aménagement du temps de travail sur plusieurs semaines : sécurité privée, transport, propreté, santé, distribution, hôtellerie. Pour chacun, le moindre arrêt maladie placé en période de pic d’activité modifie le calcul de ses droits. Pour l’employeur, l’erreur de méthode expose à un rappel de salaire, à des congés payés afférents et, le cas échéant, à une indemnité pour travail dissimulé.

Cet article décode l’arrêt, mais ne s’y arrête pas. Il reconstitue la mécanique réelle du seuil de déclenchement sous annualisation, puis explique comment passer de la règle au paiement effectif : ce que le salarié doit prouver et ce que l’employeur ne peut plus retrancher. L’analyse s’appuie exclusivement sur des décisions vérifiées de la chambre sociale et sur le texte en vigueur du code du travail.

I. Le seuil de déclenchement des heures supplémentaires : un calcul que l’aménagement du temps de travail rend contre-intuitif

L’annualisation déplace le moment du décompte. Les heures supplémentaires ne se mesurent plus chaque semaine, mais à l’issue de la période de référence. Cette logique change la place du seuil et, avec elle, l’incidence des absences.

A. La règle de base : 1 607 heures, un plafond que rien ne peut relever

Le cadre est posé par le code du travail. Lorsqu’un dispositif d’aménagement du temps de travail est mis en place sur une période supérieure à la semaine, « les heures supplémentaires sont décomptées à l’issue de cette période de référence ». Et « si la période de référence est annuelle, constituent des heures supplémentaires les heures effectuées au-delà de 1 607 heures » (article L. 3121-41 du code du travail, disponible ici : legifrance.gouv.fr). L’accord collectif organise les modalités et fixe, le cas échéant, une limite annuelle inférieure à 1 607 heures, ainsi que les conditions de prise en compte des absences et des départs en cours de période (article L. 3121-44 du code du travail, disponible ici : legifrance.gouv.fr).

Ce plafond de 1 607 heures n’est pas un objectif que l’employeur pourrait relever au gré de la situation individuelle du salarié. La chambre sociale l’a jugé sans détour : le seuil de déclenchement des heures supplémentaires « ne peut être supérieur au plafond de 1607 heures de travail par an, quand bien même le salarié n’aurait pas acquis l’intégralité de ses droits à congés payés au titre de la période de référence prévue par l’accord » (Cass. soc., 11 mai 2016, n° 14-29.512, FS-P+B, disponible ici : courdecassation.fr). Autrement dit, un salarié entré en cours d’année, ou n’ayant pas pu prendre tous ses congés, ne peut se voir opposer un seuil rehaussé : toute heure accomplie au-delà de 1 607 heures est une heure supplémentaire.

Cette stabilité du plafond a été éprouvée jusque sur le terrain constitutionnel. Saisie d’une question prioritaire de constitutionnalité visant l’article qui fonde ce calcul, la chambre sociale a refusé le renvoi au Conseil constitutionnel, jugeant que la disposition « ne porte pas atteinte au principe d’égalité » et qu’elle se borne à adapter les règles relatives à la durée légale et au seuil de déclenchement à un décompte de la durée du travail sur l’année (Cass. soc., 14 février 2025, n° 24-40.032, disponible ici : courdecassation.fr). Le régime de l’annualisation est donc verrouillé : le seuil est un repère objectif, non un curseur ajustable.

Il faut mesurer ce que ce verrou implique pour le salarié. L’accord collectif peut fixer une limite annuelle inférieure à 1 607 heures, jamais une limite supérieure que la situation individuelle viendrait justifier. Lorsque la période de référence n’est pas l’année civile pleine mais une durée différente, le seuil s’apprécie à partir d’une durée hebdomadaire moyenne de trente-cinq heures calculée sur la période retenue par l’accord (article L. 3121-41 précité). La conséquence est que l’employeur ne peut, par un jeu de calcul, déplacer le repère au-delà de ce que la loi autorise. Le contentieux porte alors moins sur le principe du seuil que sur la manière de le déterminer dans la situation concrète du salarié, en particulier lorsqu’il a été absent.

B. L’apport du 3 juin 2026 : l’absence pour maladie en période haute abaisse le seuil

Restait une question que les juges du fond traitaient de manière hésitante : que devient ce seuil quand le salarié a été absent pour maladie pendant une semaine de forte activité, prévue par l’accord pour comporter davantage d’heures que la moyenne ? Si l’on raisonne grossièrement, l’absence « consomme » du temps qui aurait été travaillé au-delà de la moyenne, et le salarié perd mécaniquement la chance de franchir le seuil. La chambre sociale corrige ce biais.

La Cour pose le principe suivant : « En l’absence de dispositions conventionnelles plus favorables, en cas d’aménagement du temps de travail sur une période de référence de plusieurs semaines, le seuil de déclenchement des heures supplémentaires doit, lorsque le salarié est absent pour maladie en cours de période de haute activité, être réduit de la durée de cette absence, évaluée sur la base de la durée hebdomadaire moyenne de travail applicable dans l’entreprise pendant la période de référence » (Cass. soc., 3 juin 2026, n° 24-19.545, FS-B, disponible ici : courdecassation.fr).

L’arrêt ne se contente pas d’un principe. Il dicte la méthode de calcul que les juges du fond doivent appliquer. Selon la Cour, il leur incombe « d’abord d’évaluer la durée de l’absence du salarié lors des périodes de haute activité, sur la base de la durée hebdomadaire moyenne de travail sur la période de référence, ensuite de retrancher cette durée du seuil de déclenchement des heures supplémentaires applicable dans l’entreprise, afin de déterminer le seuil de déclenchement spécifique au salarié absent pour maladie, enfin, de décompter le nombre d’heures de travail effectivement travaillées par le salarié, seules les heures accomplies au-delà de ce seuil de déclenchement spécifique constituant des heures supplémentaires ».

La mécanique se laisse traduire concrètement. Prenons un seuil annuel de 1 607 heures et une durée hebdomadaire moyenne de 35 heures. Un salarié absent trois semaines pour maladie en période de haute activité voit son seuil personnel abaissé de 3 × 35 = 105 heures. Son seuil de déclenchement n’est plus de 1 607 heures mais de 1 502 heures. Toute heure effectivement travaillée au-delà de 1 502 heures devient supplémentaire. L’absence, parce qu’elle n’est pas du temps de travail effectif, ne doit pas pénaliser deux fois le salarié : elle réduit le temps de présence attendu, donc le seuil. La solution est cohérente avec l’idée que le plafond de 1 607 heures correspond à une année complète de travail effectif, et qu’il doit être proratisé lorsque cette année n’a pas été pleinement travaillée du fait de la maladie.

Deux précisions encadrent la portée de la règle. D’une part, elle ne joue qu’« en l’absence de dispositions conventionnelles plus favorables » : un accord d’entreprise ou de branche peut prévoir un traitement des absences encore plus avantageux pour le salarié, qui s’appliquera alors par préférence. D’autre part, l’évaluation de l’absence se fait sur la base de la durée hebdomadaire moyenne, et non sur celle des heures fortes effectivement programmées en période haute. Ce choix protège le salarié contre une réduction trop brutale du seuil : on ne lui retranche pas l’intégralité des heures qu’il aurait pu accomplir en pic d’activité, mais une moyenne lissée sur la période de référence.

Pour l’employeur, l’enseignement est opérationnel : tout logiciel de paie ou compteur d’annualisation qui ignore cette réduction du seuil produit un décompte erroné, défavorable au salarié, et donc juridiquement fragile. Pour le salarié, c’est l’inverse : un arrêt maladie placé en pleine saison haute peut, contre l’intuition, faire apparaître des heures supplémentaires là où le compteur de l’entreprise n’en voyait aucune. La vigilance s’impose particulièrement dans les secteurs à forte saisonnalité, où les périodes de haute activité concentrent une part importante du volume annuel d’heures.

II. De la règle au paiement : ce que le salarié doit prouver et ce que l’employeur ne peut retrancher

Connaître le bon seuil ne suffit pas. Encore faut-il identifier ce qui compte comme temps de travail effectif dans le décompte, puis savoir comment se règle, devant le conseil de prud’hommes, la preuve des heures réclamées.

A. La frontière du temps de travail effectif

Le décompte des heures supplémentaires se fait à partir du travail effectif, défini par le code du travail comme « le temps pendant lequel le salarié est à la disposition de l’employeur et se conforme à ses directives sans pouvoir vaquer librement à des occupations personnelles » (article L. 3121-1 du code du travail, disponible ici : legifrance.gouv.fr). La qualification de cette frontière commande directement le franchissement du seuil : chaque heure mal qualifiée déplace le résultat.

La chambre sociale tient cette frontière avec rigueur, et plutôt dans un sens favorable au salarié. Elle a récemment rappelé que « le temps de trajet pour se rendre d’un lieu de travail à un autre lieu de travail dans la même journée constitue un temps de travail effectif », et censuré une cour d’appel qui avait retranché ces trajets du décompte sans vérifier s’ils étaient effectués entre deux chantiers (Cass. soc., 26 novembre 2025, n° 24-18.422, disponible ici : courdecassation.fr). De même, dans les régimes d’équivalence, la rémunération suit la durée du travail effectif telle qu’elle est décomptée par l’accord applicable, sans qu’un droit spécifique puisse être ajouté à côté (Cass. soc., 27 juin 2018, n° 17-15.180, FS-P+B, disponible ici : courdecassation.fr).

La maladie elle-même n’efface pas tous les droits attachés à la période d’absence. Réunie en formation plénière, la chambre sociale a jugé que le salarié acquiert des congés payés pendant la suspension de son contrat pour maladie non professionnelle. Elle a décidé qu’il fallait « écarter partiellement l’application des dispositions de l’article L. 3141-3 du code du travail en ce qu’elles subordonnent à l’exécution d’un travail effectif l’acquisition de droits à congé payé par un salarié dont le contrat de travail est suspendu par l’effet d’un arrêt de travail pour cause de maladie non professionnelle », au visa de l’article 31, paragraphe 2, de la Charte des droits fondamentaux de l’Union européenne (Cass. soc., 13 septembre 2023, n° 22-17.340, FP-B+R, disponible ici : courdecassation.fr). On mesure la cohérence d’ensemble : l’absence pour maladie réduit le seuil de déclenchement des heures supplémentaires, mais continue d’ouvrir des droits à congés payés. Le salarié ne doit pas être doublement pénalisé par sa maladie.

Ces principes se combinent dans la pratique. Un salarié annualisé, malade en période haute, devra à la fois bénéficier d’un seuil de déclenchement abaissé et voir préservés ses droits à congés payés acquis durant l’arrêt. L’employeur qui raisonne en bloc, en traitant l’absence comme une simple soustraction d’heures sans effet sur le seuil ni sur les congés, expose son décompte à la censure.

B. Le contentieux prud’homal : une charge de la preuve partagée

Le droit ne vaut que par sa mise en œuvre. Or les litiges relatifs aux heures supplémentaires reposent sur un régime probatoire particulier, que le salarié et l’employeur ont tout intérêt à connaître avant de saisir le conseil de prud’hommes. Le texte fondateur est l’article L. 3171-4 du code du travail : « En cas de litige relatif à l’existence ou au nombre d’heures de travail accomplies, l’employeur fournit au juge les éléments de nature à justifier les horaires effectivement réalisés par le salarié. Au vu de ces éléments et de ceux fournis par le salarié à l’appui de sa demande, le juge forme sa conviction » (disponible ici : legifrance.gouv.fr).

La charge de la preuve n’est donc ni sur le seul salarié, ni sur le seul employeur : elle est partagée. La chambre sociale rappelle qu’il appartient au salarié de présenter des éléments suffisamment précis quant aux heures qu’il prétend avoir accomplies, afin de permettre à l’employeur, qui assure le contrôle du temps de travail, d’y répondre. Elle exige aussi de l’employeur qu’il établisse les documents nécessaires au décompte de la durée de travail lorsque les salariés ne suivent pas le même horaire collectif (Cass. soc., 25 octobre 2023, n° 21-25.809, disponible ici : courdecassation.fr).

La Cour sanctionne les décisions qui rompent cet équilibre. Elle a cassé un arrêt qui s’était fondé exclusivement sur la quantification préalable des missions confiées, alors que le salarié avait produit des éléments précis sur les heures réalisées (Cass. soc., 15 juin 2016, n° 15-10.273, disponible ici : courdecassation.fr). Elle a, dans le même esprit, censuré une cour d’appel qui avait accordé des sommes au titre des heures accomplies sans respecter le mécanisme probatoire partagé (Cass. soc., 19 juin 2019, n° 17-31.716, disponible ici : courdecassation.fr).

L’exigence vaut même lorsque les pièces du salarié paraissent imparfaites. La chambre sociale a cassé, au visa de l’article L. 3171-4, un arrêt qui avait écarté des documents manuscrits sommaires et non datés produits par le salarié, en jugeant que, dès lors que celui-ci « produisait des documents multiples auxquels l’employeur pouvait répondre », la cour d’appel ne pouvait les déclarer insuffisants pour étayer la demande (Cass. soc., 13 mars 2013, n° 11-22.285, disponible ici : courdecassation.fr). Le seuil d’exigence pesant sur le salarié reste donc mesuré : il doit étayer, non démontrer à lui seul l’intégralité des heures.

Pour le salarié, la stratégie est claire : produire un décompte personnel détaillé, semaine par semaine, étayé par tout élément vérifiable (plannings, courriels, relevés, badgeages). Un tel décompte suffit à activer l’obligation de réponse de l’employeur ; il n’a pas à être d’une précision comptable parfaite. Pour l’employeur, le réflexe est symétrique : tenir un système de décompte fiable et conserver les éléments d’horaire, faute de quoi le juge formera sa conviction au vu des seules pièces du salarié. Dans le contentieux de l’annualisation, cette discipline probatoire se double d’une exigence de méthode : c’est en appliquant correctement le seuil de déclenchement, réduit le cas échéant de la durée de l’absence maladie, que se chiffre la créance.

Deux enjeux financiers complètent le tableau. D’abord, la prescription : l’action en paiement des heures supplémentaires est soumise à un délai de trois ans, qui court à compter du jour où le salarié a connu ou aurait dû connaître les faits permettant d’exercer son action, ce qui invite à agir sans attendre la fin de la relation de travail. Ensuite, les accessoires : un décompte exact d’heures supplémentaires emporte non seulement la majoration de salaire, mais aussi les congés payés afférents et, le cas échéant, la contrepartie obligatoire en repos. L’enjeu n’est donc jamais limité au seul rappel principal, ce qui justifie, de part et d’autre, une approche rigoureuse du calcul comme de la preuve.

Conclusion

L’arrêt du 3 juin 2026 n’est pas une curiosité technique. Il fixe une règle de calcul d’application générale : sous annualisation, l’absence pour maladie en période de haute activité abaisse le seuil de déclenchement des heures supplémentaires, selon une méthode en trois temps désormais imposée aux juges. Replacé dans son contexte, il s’inscrit dans une ligne cohérente où le plafond de 1 607 heures reste intangible, où le temps de travail effectif est tenu avec rigueur, où la maladie n’éteint pas les droits acquis, et où la preuve des heures se règle de manière partagée.

Pour le salarié soumis à un dispositif d’aménagement du temps de travail, trois recommandations concrètes. Vérifier, après tout arrêt maladie tombé en période haute, si le seuil personnel n’a pas été abaissé. Constituer, sans attendre la rupture, un décompte précis et daté de ses horaires. Agir dans les délais de prescription des créances salariales, qui se comptent en années mais courent vite. Pour l’employeur, la prudence commande d’auditer les paramètres du compteur d’annualisation, d’intégrer la réduction du seuil en cas d’absence maladie, et de conserver des éléments d’horaire fiables. Chaque arrêt de la chambre sociale cité ici rappelle qu’un décompte mal construit se paie ensuite, majorations et congés payés afférents compris.

Au-delà du cas individuel, l’arrêt du 3 juin 2026 envoie un signal aux entreprises qui pratiquent l’annualisation ou la modulation. La gestion des absences ne peut plus être traitée comme un simple paramètre de paie laissé au logiciel. Elle relève d’une règle de droit précise, à la portée générale, que le juge contrôle. Les directions des ressources humaines ont intérêt à documenter leurs compteurs, à former leurs gestionnaires et, le cas échéant, à négocier des dispositions conventionnelles claires sur le traitement des absences en période haute. À défaut, le standard supplétif posé par la Cour s’appliquera, et il est favorable au salarié. Ce mouvement confirme une tendance de fond de la chambre sociale : sécuriser le calcul du temps de travail au bénéfice de la partie qui en supporte la charge probatoire la plus lourde, le salarié.

Pour aller plus loin : congés payés et heures supplémentaires lorsque l’employeur refuse la majoration ; le droit au silence du salarié lors de l’entretien préalable ; notre cabinet d’avocats en droit social à Paris. Voir aussi Kohen Avocats pour nos analyses en droit des affaires.