La charge de la preuve en matière d’infection nosocomiale : entre présomption de responsabilité et renversement probatoire (2024-2026)

Introduction

La charge de la preuve constitue, en droit de la responsabilité médicale, le pivot autour duquel s’articule l’ensemble du contentieux de l’indemnisation des victimes d’infections nosocomiales. L’article L. 1142-1, I, alinéa 2, du code de la santé publique dispose que « les établissements, services et organismes susmentionnés sont responsables des dommages résultant d’infections nosocomiales, sauf s’ils rapportent la preuve d’une cause étrangère ». Ce régime de responsabilité de plein droit, introduit par la loi du 4 mars 2002 relative aux droits des malades et à la qualité du système de santé, a connu entre 2024 et 2026 des précisions jurisprudentielles majeures qui en redessinent les contours probatoires et renforcent substantiellement les droits des victimes.

La première chambre civile de la Cour de cassation, par une série d’arrêts dont plusieurs publiés au Bulletin, a précisé la définition de l’infection nosocomiale en écartant le critère du caractère endogène du germe, réaffirmé avec force que la charge de la preuve de la cause étrangère pèse exclusivement sur l’établissement de santé, et consacré la possibilité d’un complément d’indemnisation au titre de la solidarité nationale même en présence d’une faute ayant accru les risques de l’accident médical. Parallèlement, le juge administratif continue de préciser les contours de la faute dans l’organisation du service hospitalier comme fondement autonome de responsabilité.

Le présent article analyse, en deux parties distinctes, les conditions d’engagement de la responsabilité de plein droit des établissements de santé du fait des infections nosocomiales (I) et l’articulation entre cette responsabilité et l’indemnisation au titre de la solidarité nationale assurée par l’Office national d’indemnisation des accidents médicaux, des affections iatrogènes et des infections nosocomiales, l’ONIAM (II).

I. Les conditions d’engagement de la responsabilité de plein droit des établissements de santé

A. La définition extensive de l’infection nosocomiale écartant le critère du caractère endogène du germe

L’arrêt rendu par la première chambre civile le 4 septembre 2024 (n° 23-14.684, Publié au Bulletin) constitue une décision de principe sur la définition même de l’infection nosocomiale. La Cour y énonce une formule désormais canonique : « Doit être regardée, au sens de ces dispositions, comme présentant un caractère nosocomial, une infection qui survient au cours ou au décours de la prise en charge d’un patient et qui n’était ni présente, ni en incubation au début de celle-ci, sauf s’il est établi qu’elle a une autre origine que la prise en charge. » Elle en déduit immédiatement un corollaire essentiel : « Il s’en déduit que l’infection causée par la survenue d’une affection iatrogène présente un caractère nosocomial comme demeurant liée à la prise en charge. »

Les faits de l’espèce méritent d’être rappelés car ils illustrent parfaitement la portée de cette définition extensive. Un patient, pris en charge à l’Institut Curie pour une leucémie aiguë de type 2, avait subi en mai 2013 une allogreffe de moelle osseuse. Il avait présenté à la suite de cette greffe une maladie du greffon contre l’hôte sévère, traitée par de fortes doses de corticoïdes, lesquelles avaient renforcé son immunodépression. De nombreux épisodes infectieux étaient survenus, conduisant au décès du patient le 15 mai 2015 au sein du service de réanimation de l’établissement.

La cour d’appel de Paris, dans son arrêt du 16 février 2023, avait écarté le caractère nosocomial des infections au motif que « les experts ont imputé l’origine des infections à la maladie du greffon contre l’hôte qui altérait de manière profonde la barrière cutanéomuqueuse et au traitement de cette maladie par de fortes doses de corticoïdes qui ont renforcé l’immunodépression et que les infections ont été vraisemblablement causées par des bactéries dont le malade était porteur ». Autrement dit, la cour d’appel avait fondé sa décision sur le caractère endogène du germe à l’origine de l’infection et sur l’existence de prédispositions pathologiques du patient.

La Cour de cassation casse cette décision avec une netteté remarquable, en jugeant que la cour d’appel avait statué « par des motifs tirés du caractère endogène du germe à l’origine de l’infection, alors qu’elle avait constaté que la maladie du greffon contre l’hôte était elle-même consécutive à l’allogreffe de la moelle osseuse réalisée lors de la prise en charge du patient atteint d’une leucémie aiguë ». La cassation est prononcée au visa des articles L. 1142-1, I, alinéa 2, et L. 1142-1-1 du code de la santé publique.

La portée de cette décision est considérable : ni le caractère endogène du germe à l’origine de l’infection, ni les prédispositions pathologiques du patient, ni le caractère indispensable des traitements à l’origine de l’immunodépression ne permettent d’écarter le caractère nosocomial d’une infection, dès lors que celle-ci demeure liée à la prise en charge. La définition retenue par la Cour de cassation repose sur un critère strictement temporel et fonctionnel : l’infection est nosocomiale si elle survient au cours ou au décours de la prise en charge et n’était ni présente ni en incubation au début de celle-ci, l’établissement de santé conservant la faculté de démontrer qu’elle a une autre origine que la prise en charge.

Cette solution s’inscrit dans le prolongement de la jurisprudence antérieure et trouve un écho immédiat dans l’arrêt du 7 janvier 2026 (n° 24-20.829, Publié au Bulletin), qui réaffirme la même définition en des termes identiques. Dans cette seconde affaire, un patient avait présenté, quatorze jours après la pose d’une prothèse du genou, une infection du site opératoire par un staphylocoque doré méthi-S. La Cour de cassation y ajoute une précision procédurale déterminante sur la charge de la preuve.

B. Le renversement de la charge de la preuve au profit de la victime : une présomption irréfragable de lien causal

L’arrêt du 7 janvier 2026 constitue l’apport le plus significatif de la période récente en matière de charge de la preuve. La Cour de cassation y énonce de manière explicite et solennelle le principe directeur gouvernant le contentieux des infections nosocomiales : « Il s’en déduit que, dans le cas d’une infection considérée comme nosocomiale, c’est à l’établissement de santé qu’il incombe d’apporter la preuve que la contamination ne s’est pas produite lors des soins qu’il a prodigués au patient et procède ainsi d’une cause étrangère. »

Les faits de l’espèce illustrent de manière topique l’enjeu de ce principe probatoire. Après la pose d’une prothèse du genou le 3 septembre 2013 dans une clinique, le patient avait présenté une infection du site opératoire le 17 septembre suivant. L’expert judiciaire avait conclu qu’il ne pouvait être exclu que la contamination du site opératoire ait pu se produire après la sortie de la clinique, à la suite des soins infirmiers prodigués à domicile. La cour d’appel de Paris, dans son arrêt du 22 août 2024, avait rejeté les demandes indemnitaires en retenant que « plusieurs hypothèses ont été émises par l’expert et son sapiteur quant à l’origine de la contamination du site opératoire et notamment celle d’une contamination en post-opératoire après la sortie de la clinique lors des soins infirmiers à domicile, de sorte que M. et Mme [W] n’apportent pas la preuve, dont ils ont la charge, que l’infection est en lien de causalité direct et certain avec les soins prodigués par la clinique ».

La Cour de cassation sanctionne ce raisonnement avec une fermeté particulière, comme procédant d’une inversion de la charge de la preuve prohibée par l’article 1353 du code civil. Elle juge que la cour d’appel « n’a pas tiré les conséquences légales qui s’évinçaient de ses propres constatations » et qu’elle a violé l’article L. 1142-1, I, alinéa 2, du code de la santé publique en « reprochant aux demandeurs de ne pas apporter la preuve que l’infection est en lien de causalité direct et certain avec les soins prodigués par la Clinique », alors même qu’elle avait constaté que l’infection n’était ni présente ni en incubation au moment de la prise en charge et qu’elle était survenue dans les quatorze jours suivants l’intervention chirurgicale.

La solution est limpide : dès lors que l’infection présente les caractères d’une infection nosocomiale, c’est à l’établissement de santé qu’il incombe de démontrer l’existence d’une cause étrangère, c’est-à-dire une cause totalement extérieure à la prise en charge. La simple émission d’hypothèses alternatives par l’expert — telle une contamination lors de soins infirmiers à domicile — ne saurait suffire à renverser la présomption de responsabilité pesant sur l’établissement. Il appartient à ce dernier d’apporter la preuve certaine que la contamination ne s’est pas produite à l’occasion des soins qu’il a prodigués.

Cette solution s’inscrit dans un mouvement jurisprudentiel plus large de renforcement des droits probatoires des victimes, dont témoigne également l’arrêt de la première chambre civile du 3 juin 2026 (n° 24-14.444). Dans cette décision, la Cour de cassation censure une cour d’appel qui avait refusé de réparer le dommage « dont il a constaté l’existence en son principe, motif pris de l’insuffisance de preuves concernant l’évaluation des préjudices ». Elle impose au juge, lorsqu’il constate l’existence d’un préjudice en son principe, d’en évaluer le montant sans pouvoir se retrancher derrière une prétendue insuffisance probatoire, quitte à recourir à une appréciation en équité.

II. L’articulation entre la responsabilité pour faute et la solidarité nationale

A. Le complément d’indemnisation par l’ONIAM en présence d’une faute ayant accru les risques de l’accident médical

L’arrêt rendu par la première chambre civile le 24 avril 2024 (n° 23-11.059, Publié au Bulletin) constitue un revirement jurisprudentiel majeur dans l’articulation entre la responsabilité pour faute et l’indemnisation au titre de la solidarité nationale, dont la portée dépasse le seul contentieux des infections nosocomiales pour embrasser l’ensemble du droit de la responsabilité médicale.

La Cour rappelle d’abord les principes antérieurs qui gouvernaient la matière. D’une part, elle réaffirme que « l’indemnisation au titre de la solidarité nationale présente un caractère subsidiaire et est exclue lorsqu’une faute est la cause du dommage corporel subi par le patient dont la réparation incombe alors au seul responsable ». D’autre part, elle rappelle que la jurisprudence antérieure de la Cour de cassation avait certes admis un complément d’indemnisation par l’ONIAM dans deux hypothèses : en cas de défaut d’information sur les risques d’une intervention au cours de laquelle est survenu un accident médical (1re Civ., 11 mars 2010, n° 09-11.270, Bull. 2010, I, n° 63) et en cas de prise en charge fautive des conséquences d’un accident médical ayant fait perdre une chance d’en limiter les conséquences (1re Civ., 22 novembre 2017, n° 16-24.769). Mais elle rappelle également qu’elle avait, en revanche, « exclu la possibilité d’un tel complément, fondé sur les risques que comportait l’acte médical, lorsque la faute a été commise lors de la réalisation de l’acte médical qui est à l’origine du dommage (1re Civ., 16 novembre 2016, pourvoi n° 15-20.611, Bull. 2016, I, n° 222) ».

Opérant un revirement de jurisprudence expressément assumé, la Cour juge « qu’il y a donc lieu de juger désormais que, dans l’hypothèse où un accident médical non fautif est à l’origine de conséquences dommageables mais où une faute a augmenté les risques de sa survenue et fait perdre une chance à la victime d’y échapper, un tel accident ouvre droit à réparation au titre de la solidarité nationale si ses conséquences remplissent les conditions posées au II de l’article L. 1142-1 du même code, l’indemnité due par l’ONIAM étant réduite du montant de celle mise, le cas échéant, à la charge du responsable de la perte de chance ».

Ce revirement est justifié par un double impératif, explicitement énoncé par la Cour. D’abord, un impératif d’indemnisation intégrale : « L’admission d’un complément d’indemnisation par la solidarité nationale lorsque la faute commise n’est à l’origine que d’une perte de chance d’échapper à l’accident médical, y compris dans le cas d’une faute ayant accru les risques de survenue d’un accident médical, permet au patient d’obtenir une indemnisation intégrale de son dommage corporel. » Ensuite, un impératif d’égalité de traitement : cette solution « permet aussi d’éviter que la victime d’un accident médical soit moins bien indemnisée lorsqu’une faute aggravant les risques de sa réalisation a, en outre, été commise et d’assurer une égalité de traitement entre les victimes quelle que soit la nature de l’établissement, public ou privé, dans lequel les actes ont été réalisés ».

Les faits de l’espèce illustrent le mécanisme. Une patiente avait subi deux interventions chirurgicales pour une hernie inguinale, au cours desquelles le chirurgien avait commis des fautes ayant augmenté le risque d’atteinte du nerf génito-fémoral inhérent à l’intervention et fait perdre à la patiente une chance de 50 % d’échapper à sa réalisation. La cour d’appel de Lyon avait retenu que l’atteinte nerveuse constituait un accident médical directement imputable à l’intervention, que cet accident avait eu pour la patiente des conséquences anormales au regard de son état de santé et présentait le caractère de gravité prévu par les textes, et avait en conséquence condamné l’ONIAM à indemniser les préjudices, déduction faite de l’indemnité mise à la charge du centre hospitalier et de son assureur. La Cour de cassation approuve intégralement ce raisonnement et rejette le pourvoi de l’ONIAM.

B. La faute dans l’organisation du service comme fait générateur autonome de responsabilité

Au-delà de la responsabilité de plein droit du fait des infections nosocomiales, la jurisprudence récente a précisé les contours de la faute dans l’organisation du service comme fondement autonome de la responsabilité des établissements de santé, en particulier lorsque cette faute d’organisation est à l’origine d’une perte de chance pour le patient.

L’arrêt de la première chambre civile du 14 mai 2025 (n° 23-23.884) illustre de manière éclairante cette articulation. Dans cette affaire, un patient avait subi le 23 mai 2013 une cystectomie au sein d’une polyclinique. Après l’intervention, il avait présenté un syndrome fébrile justifiant une antibiothérapie. Après sa sortie le 7 juin 2013, son état de santé s’était aggravé, conduisant à sa réadmission du 2 au 6 juillet 2013 puis à des prises en charge aux urgences les 17 et 30 juillet 2013. Le 31 juillet 2013, il avait été conduit aux urgences du CHU où une compression médullaire sur spondylodiscite avait été diagnostiquée, justifiant une laminectomie à la suite de laquelle il avait conservé une paraplégie.

La cour d’appel de Bordeaux avait retenu que l’organisation des soins entre les services de la polyclinique n’avait pas permis une information complète des praticiens s’étant succédé dans la prise en charge du patient quant à ses précédents séjours, et notamment quant au diagnostic le 5 juillet 2013 d’une infection bactérienne multi-résistante (SARM). Ce défaut d’information avait été préjudiciable au patient en conduisant à une prise en compte insuffisante de la gravité de son état de santé et en retardant le diagnostic, à l’origine d’une perte de chance pour le patient d’échapper à la paraplégie, souverainement évaluée à 75 %. La Cour de cassation rejette le pourvoi de la polyclinique, approuvant la qualification de faute dans l’organisation du service.

Parallèlement, la décision rappelle une règle procédurale importante concernant le recours de l’ONIAM contre les responsables. La Cour de cassation casse partiellement l’arrêt d’appel en ce qu’il avait condamné l’ONIAM à rembourser les débours de la CPAM puis les responsables à garantir l’ONIAM de cette condamnation. La Cour rappelle que « lorsque l’ONIAM indemnise au titre de la solidarité nationale la victime d’un dommage, il n’a pas la qualité d’auteur responsable, de sorte qu’aucun recours subrogatoire ne peut être exercé contre lui par les caisses de sécurité sociale ayant versé des prestations à la victime ». Cette règle, fondée sur les articles L. 1142-22 et L. 1142-1-1 du code de la santé publique et L. 376-1 du code de la sécurité sociale, protège l’ONIAM des recours des tiers payeurs.

Enfin, le Conseil d’État a, pour sa part, adopté une position partiellement convergente avec celle de la Cour de cassation sur la question du complément d’indemnisation. Comme le rappelle expressément l’arrêt du 24 avril 2024, « si le Conseil d’État a adopté la même jurisprudence dans le cas d’un défaut d’information ou d’une prise en charge fautive des conséquences d’un acte médical (CE, 30 mars 2011, n° 327669, publié au Recueil Lebon ; CE, 12 décembre 2014, ONIAM c. [N], n° 355052, publié au Recueil Lebon), il n’a, en revanche, écarté la possibilité d’un complément d’indemnisation au titre de la solidarité nationale que dans l’hypothèse où un acte fautif ou le défaut d’un produit de santé est la cause directe de l’accident médical (CE, 15 octobre 2021, n° 431291, publié au Recueil Lebon) ». Cette convergence renforcée des jurisprudences administrative et judiciaire sur le terrain de l’indemnisation participe à l’harmonisation progressive du droit de la responsabilité médicale, dans le sens d’une protection toujours accrue des droits des victimes.

Conclusion

Les arrêts rendus par la première chambre civile de la Cour de cassation entre 2024 et 2026 témoignent d’un mouvement continu de renforcement de la protection des victimes d’infections nosocomiales et, plus largement, d’accidents médicaux. La Cour a successivement élargi la définition de l’infection nosocomiale en écartant définitivement le critère du caractère endogène du germe (4 septembre 2024), clarifié avec une netteté inédite la répartition de la charge de la preuve en imposant à l’établissement de santé de démontrer l’existence d’une cause étrangère sans pouvoir se contenter d’émettre des hypothèses alternatives (7 janvier 2026), consacré la possibilité d’un complément d’indemnisation par la solidarité nationale même en présence d’une faute ayant accru les risques de l’accident médical, rompant ainsi avec sa jurisprudence antérieure (24 avril 2024), précisé les contours de la faute d’organisation du service comme fondement autonome de responsabilité (14 mai 2025), et rappelé l’office du juge face à l’insuffisance probatoire alléguée (3 juin 2026).

Ces décisions, dont la plupart sont publiées au Bulletin, constituent autant de jalons dans la construction d’un droit de la responsabilité médicale toujours plus protecteur des droits des patients, sans pour autant méconnaître les spécificités de l’exercice médical et les contraintes pesant sur les établissements de santé. Le cabinet Kohen Avocats, fort de son expertise en droit du dommage corporel, accompagne les victimes d’infections nosocomiales et d’accidents médicaux dans toutes les étapes de la procédure d’indemnisation, de la saisine de la Commission de Conciliation et d’Indemnisation (CCI) à l’action juridictionnelle devant les tribunaux judiciaires et les juridictions administratives.

Article rédigé par le cabinet Kohen Avocats, dédié à la défense des victimes de dommages corporels et à l’indemnisation des préjudices résultant d’accidents médicaux. Pour toute question relative à une infection nosocomiale, contactez le cabinet au 06 89 11 34 45.