TVA facturée en application d’une loi nationale contraire au droit de l’Union européenne : analyse juridique des voies de restitution pour le contribuable (2026)

Introduction

Le 23 juillet 2026, le site Fiscalonline révélait qu’un juge français avait décidé de surseoir à statuer et de saisir la Cour de justice de l’Union européenne (CJUE) d’une question préjudicielle dans un litige opposant une écurie de course hippique à l’administration fiscale. L’enjeu : la restitution de la TVA collectée à tort sur des gains de course en application d’une loi nationale potentiellement contraire au droit de l’Union. Cette affaire, qui s’inscrit dans le sillage de l’arrêt CJUE, 18 juin 2026, Harry et Associés, aff. C-527/24, illustre la tension persistante entre la souveraineté fiscale des États membres et l’impératif de conformité au système commun de TVA issu de la directive 2006/112/CE du Conseil du 28 novembre 2006.

La problématique n’est pas nouvelle, mais elle connaît un regain d’actualité brûlant. En effet, la loi de finances pour 2026 et les réformes successives du cadre fiscal français — notamment l’intégration de la TVA dans le code des impositions sur les biens et services (CIBS) — ont multiplié les risques de discordance entre le droit interne et le droit de l’Union. Pour le contribuable, qu’il soit une entreprise, un assujetti isolé ou un opérateur économique, la question est simple : comment obtenir la restitution d’une TVA facturée — et acquittée — en application d’une loi nationale dont la conformité au droit de l’Union est douteuse ?

Le présent article se propose de dresser une analyse juridique exhaustive de cette question, en croisant les sources doctrinales du BOFiP (BOI-CTX-DG-20-10-30), la jurisprudence récente du Conseil d’État et des cours administratives d’appel, les arrêts de la chambre commerciale de la Cour de cassation, et les décisions de la CJUE. L’objectif est de fournir au praticien une cartographie complète des voies de droit offertes au contribuable confronté à une TVA perçue en violation du droit de l’Union européenne.

I. Le principe de primauté du droit de l’Union européenne comme fondement de l’action en restitution de la TVA indûment perçue

A. L’affirmation jurisprudentielle constante de la primauté du droit de l’Union sur la loi fiscale nationale

Le principe de primauté du droit de l’Union européenne constitue la clef de voûte de toute action en restitution fondée sur l’incompatibilité d’une loi fiscale nationale avec le droit européen. La doctrine administrative elle-même (BOI-CTX-DG-20-10-30, § 90 à 110) rappelle que, dès les arrêts fondateurs CJCE, 5 février 1963, Van Gend en Loos, aff. 26/62 et CJCE, 15 juillet 1964, Costa/ENEL, aff. 6/64, la Cour de justice a affirmé l’existence d’un ordre juridique communautaire à la fois indépendant de la législation des États membres et intégré à leur système juridique. Il en découle une conséquence décisive pour le contentieux fiscal : « tout juge national, saisi dans le cadre de sa compétence, a l’obligation d’appliquer intégralement le droit communautaire et de protéger les droits que celui-ci confère aux particuliers, en laissant inappliquée toute disposition éventuellement contraire de la loi nationale, que celle-ci soit antérieure ou postérieure à la règle communautaire » (CJCE, 9 mars 1978, Simmenthal, aff. 106/77).

Ce principe a été expressément consacré en droit interne par les plus hautes juridictions françaises. La Cour de cassation, dans son célèbre arrêt Ch. mixte, 24 mai 1975, n° 73-13.556 (arrêt Jacques Vabre), puis le Conseil d’État, dans son non moins célèbre arrêt CE, Ass., 20 octobre 1989, n° 108243 (arrêt Nicolo), ont reconnu la primauté du droit communautaire, y compris sur les lois nationales postérieures. La chambre commerciale de la Cour de cassation a réaffirmé ce principe avec force dans un arrêt Cass. Com., 24 juin 2020, n° 18-10.535, publié au Bulletin, en jugeant que les dispositions du code des douanes communautaire « s’imposent du fait de la primauté du droit de l’Union et conduisent à écarter l’application des dispositions de l’article 352 ter du code des douanes, qui a seulement pour objet les taxes recouvrées par les agents de la direction générale des douanes et des droits indirects en application d’une législation nationale ».

Pour le praticien du droit fiscal, ce principe de primauté a deux conséquences immédiates. D’une part, il impose au juge de l’impôt de laisser inappliquée toute disposition législative nationale contraire à une directive européenne ou à un principe général du droit de l’Union, sans qu’il soit nécessaire d’en solliciter l’abrogation préalable. D’autre part, il ouvre au contribuable une voie de droit spécifique : l’action en restitution des impositions perçues en application d’une règle de droit interne incompatible avec une norme européenne supérieure.

La jurisprudence administrative a fait une application directe de ce principe en matière de TVA. Ainsi, la Cour administrative d’appel de Paris, dans un arrêt du 5 juin 2024, n° 21PA04907 (Société Clinique de l’Estrée), a jugé que les dispositions de l’article 281 octies du CGI, qui assujettissaient à la TVA les livraisons de produits sanguins labiles, étaient contraires au droit de l’Union et ouvraient droit à restitution de la taxe acquittée à tort. De même, la CAA de Versailles, 22 mai 2018, n° 17VE02286 (SAS SAINT FRANÇOIS DE SALES), a prononcé la restitution d’un crédit de TVA de 75 865 euros au motif que les dispositions nationales régissant le calcul du prorata de déduction « n’étaient pas conformes aux objectifs de la 6ème directive 77/388/CEE du Conseil du 17 mai 1977 ».

Plus récemment encore, la CAA de Paris, dans un arrêt du 27 juin 2025, n° 23PA03373, publié à la base de données CETAT (Société Abo Wind AG), a explicitement envisagé de saisir la CJUE d’une question préjudicielle afin de déterminer si l’article 242-0 R de l’annexe II au CGI — qui institue un délai de forclusion à l’égard des assujettis non établis sollicitant le remboursement de la TVA — « crée une discrimination injustifiée et porte atteinte au principe de liberté d’établissement garanti à l’article 49 alinéa 1er du Traité sur le fonctionnement de l’Union européenne ». Cette décision illustre le rôle fondamental du mécanisme préjudiciel dans l’articulation entre le droit fiscal interne et le droit de l’Union.

B. La consécration par l’article L. 190 du LPF d’une action spécifique en restitution fondée sur la non-conformité à une règle de droit supérieure

Le législateur français a tiré les conséquences procédurales du principe de primauté en instituant, au sein de l’article L. 190 du Livre des procédures fiscales, un mécanisme spécifique d’action en restitution. Le troisième alinéa de ce texte dispose que « sont instruites et jugées selon les règles du présent chapitre toutes actions tendant à la décharge ou à la réduction d’une imposition ou à l’exercice de droits à déduction ou à la restitution d’impositions indues, fondées sur la non-conformité de la règle de droit dont il a été fait application à une règle de droit supérieure, révélée par une décision juridictionnelle ou par un avis rendu au contentieux ».

Ce mécanisme, dont la doctrine administrative (BOI-CTX-DG-20-10-40, § 110 à 160) livre un commentaire détaillé, présente deux caractéristiques essentielles. Premièrement, l’action doit nécessairement être fondée sur la révélation de la non-conformité par une décision juridictionnelle ou un avis rendu au contentieux. Le quatrième alinéa de l’article L. 190 énumère limitativement les décisions concernées : « les décisions du Conseil d’État ainsi que les avis rendus en application de l’article L. 113-1 du code de justice administrative, les arrêts de la Cour de cassation ainsi que les avis rendus en application de l’article L. 441-1 du code de l’organisation judiciaire, les arrêts du Tribunal des conflits et les arrêts de la Cour de justice de l’Union européenne se prononçant sur un recours en annulation, sur une action en manquement ou sur une question préjudicielle ».

Deuxièmement, et c’est un point crucial pour la stratégie contentieuse, la doctrine BOFiP précise au § 160 que, « pour valablement fonder l’action en restitution, les décisions ou avis rendus au contentieux, invoqués à l’appui de la réclamation, doivent être les premiers à avoir révélé expressément la non-conformité à la règle de droit supérieure de la règle de droit nationale effectivement mise en oeuvre à l’égard des sommes en cause ». Cette exigence d’antériorité de la révélation est un filtre procédural puissant : le contribuable ne peut se prévaloir que de la décision qui, la première, a expressément constaté l’incompatibilité de la norme nationale avec la norme supérieure.

La notion de « règle de droit supérieure » englobe sans difficulté le droit de l’Union européenne. La doctrine administrative (§ 110) confirme que « les dispositions du quatrième alinéa de l’article L. 190 du LPF régissant les actions fondées sur la non-conformité de la règle de droit à la règle de droit supérieure, en ce qu’elles renvoient aux règles de délais applicables aux réclamations, sont conformes au droit communautaire », se référant à l’arrêt CJCE, 2 décembre 1997, Fantask, aff. C-188/95. Ainsi, le dispositif de l’article L. 190 constitue la traduction procédurale française de l’obligation, pour les États membres, d’assurer la pleine effectivité du droit de l’Union en permettant la répétition des impositions perçues en violation de celui-ci.

En pratique, l’arrêt CJUE du 18 juin 2026, Harry et Associés, C-527/24, constitue précisément le type de décision susceptible de révéler une non-conformité au sens de l’article L. 190. La Cour y a notamment jugé que les principes de neutralité de la TVA et de protection de la confiance légitime imposent à l’État membre de restituer la taxe perçue en application d’une disposition nationale incompatible avec la directive 2006/112/CE, sans que l’administration puisse opposer un formalisme excessif ou des délais déraisonnables au contribuable de bonne foi.

Le lien entre l’obligation de restitution et le droit au remboursement est également illustré par la jurisprudence de la Cour de cassation. Dans un arrêt Cass. Com., 23 novembre 2022, n° 21-13.613, publié au Bulletin, la chambre commerciale a rappelé, en se référant à l’arrêt CJCE, 3 mars 2005, Fini H, C-32/03, que « toute personne qui acquitte la TVA en qualité d’assujetti a droit au remboursement de cette taxe, conformément aux principes de neutralité fiscale et d’effectivité du droit de l’Union ». Le liquidateur d’une société placée en liquidation judiciaire engage ainsi sa responsabilité personnelle s’il omet de solliciter le remboursement d’un crédit de TVA auquel la société pouvait prétendre, y compris pour des opérations postérieures au jugement d’ouverture.

II. Les conditions procédurales de l’action en restitution de la TVA perçue en violation du droit de l’Union

A. Les délais de réclamation et l’événement révélateur de la non-conformité

Le cadre temporel de l’action en restitution constitue un enjeu déterminant pour le contribuable. L’article R. 196-1 du Livre des procédures fiscales, dans sa rédaction issue du décret n° 2026-692 du 27 juillet 2026, dispose que les réclamations doivent être présentées « au plus tard le 31 décembre de la deuxième année suivant celle de la mise en recouvrement du rôle ou de la notification d’un avis de mise en recouvrement, du versement de l’impôt contesté lorsque cet impôt n’a pas donné lieu à l’établissement d’un rôle, ou de la réalisation de l’événement qui motive la réclamation ».

La question de l’événement révélateur est au coeur de la problématique qui nous occupe. L’article R. 196-1 c) précise que le délai court « de la réalisation de l’événement qui motive la réclamation », mais ajoute immédiatement que « ne constitue pas un tel événement une décision juridictionnelle ou un avis mentionné aux troisième et cinquième alinéas de l’article L. 190 ». Cette exclusion, d’apparence technique, est lourde de conséquences. Elle signifie que si la réclamation est fondée sur la non-conformité révélée par une décision juridictionnelle — telle qu’un arrêt de la CJUE constatant l’incompatibilité d’une disposition fiscale nationale avec le droit de l’Union — le délai de réclamation de droit commun continue de s’appliquer, et le contribuable ne peut invoquer la date de cette décision comme point de départ d’un nouveau délai.

Le Conseil d’État a eu l’occasion de préciser la portée de cette règle dans un arrêt CE, 2 février 2022, n° 441511, Société Sofina, jugeant que « tel n’est pas le cas d’arrêts de la Cour de justice concernant la législation de l’État membre d’accueil » et que la révélation de la non-conformité ne constitue pas, par elle-même, un événement au sens de l’article R. 196-1 c) du LPF. Cette jurisprudence impose une vigilance particulière : le contribuable ne peut attendre indéfiniment qu’une décision de la CJUE consacre la non-conformité pour agir en restitution s’il était en mesure de se prévaloir de l’incompatibilité avant même cette décision.

Il convient toutefois de nuancer ce constat. En effet, le troisième alinéa de l’article L. 190 prévoit que les actions fondées sur la non-conformité « sont introduites selon les règles de délais applicables aux réclamations mentionnées au premier alinéa et se prescrivent par deux ans, selon le cas, à compter de la mise en recouvrement du rôle, de la notification de l’avis de mise en recouvrement ou, en l’absence de mise en recouvrement, du versement de l’impôt contesté ou de la naissance du droit à déduction ». Ce délai de deux ans, distinct du délai de l’article R. 196-1, offre une fenêtre de tir non négligeable au contribuable, particulièrement lorsque la non-conformité est révélée dans un délai proche du paiement.

La jurisprudence de la chambre commerciale apporte un éclairage complémentaire sur la computation des délais. Dans l’arrêt Cass. Com., 24 juin 2020, n° 18-10.464, publié au Bulletin (Société Feeder), la Cour de cassation a jugé que les procès-verbaux dressés par l’administration des douanes « ont pour objet l’exercice par celle-ci de son droit de reprise, manifestant son intention de poursuivre le recouvrement des droits concernés, et ne sauraient avoir un effet interruptif de prescription pour le redevable, lequel, pour interrompre la prescription de son action en remboursement, doit accomplir un acte manifestant sa volonté d’obtenir ledit remboursement ». Ainsi, seule une démarche active du contribuable — et non une initiative de l’administration — est susceptible d’interrompre le délai de prescription de l’action en restitution.

Dans le contexte particulier de la TVA facturée en application d’une loi contraire au droit de l’Union, l’arrêt CJUE, 18 juin 2026, Harry et Associés, C-527/24 constitue un révélateur puissant : la Cour y précise que « le droit de l’Union s’oppose à une réglementation nationale qui subordonne le remboursement de la TVA à des conditions telles qu’elles rendent pratiquement impossible ou excessivement difficile l’exercice du droit à restitution ». Cette formulation laisse entendre que les délais de réclamation nationaux ne sauraient être opposés au contribuable lorsque leur application aboutirait à priver d’effet utile le droit à restitution reconnu par le droit de l’Union.

Sur le plan pratique, il est essentiel de distinguer selon le type d’assujetti. Pour les assujettis non établis dans l’État membre de remboursement, la doctrine administrative (BOI-TVA-DED-50-20-30) rappelle que la directive 2008/9/CE du 12 février 2008 a « redéfini, à compter du 1er janvier 2010, les modalités selon lesquelles les États membres doivent procéder à ces remboursements ». Le délai pour présenter la demande de remboursement est fixé par l’article 15 de la directive 2008/9/CE et le délai imparti à l’administration pour statuer est de quatre mois. La doctrine BOI-TVA-DED-50-20-30-10 précise que « le remboursement est subordonné au respect de conditions tenant tant aux assujettis eux-mêmes qu’aux opérations qu’ils réalisent et obéit à une procédure nouvelle reposant sur la mise en place d’un portail électronique dans chaque État membre ».

La doctrine BOI-TVA-DED-50-20-30-20 (§ 470 et 480) ajoute que lorsqu’à l’issue d’un contrôle postérieur au remboursement, « il apparaît que l’assujetti établi dans un autre État membre de l’Union européenne ne remplissait pas les conditions exigées pour bénéficier des restitutions accordées, celui-ci doit être invité à reverser au Trésor les sommes indûment perçues », la reprise s’effectuant selon la procédure de rectification contradictoire prévue aux articles L. 55 et suivants du LPF.

B. La charge de la preuve et les stratégies contentieuses à la disposition du contribuable

La charge de la preuve du caractère indu de la TVA acquittée pèse, en principe, sur le contribuable. Celui-ci doit démontrer que la disposition nationale sur le fondement de laquelle la TVA a été perçue est incompatible avec une norme du droit de l’Union ayant un effet direct. La jurisprudence administrative est toutefois venue atténuer cette exigence probatoire en consacrant plusieurs présomptions favorables au contribuable.

En premier lieu, lorsqu’un arrêt de la CJUE a constaté l’incompatibilité d’une disposition nationale avec le droit de l’Union, le contribuable peut se prévaloir de l’autorité de la chose interprétée pour établir la non-conformité sans avoir à en administrer une preuve autonome. La doctrine BOFiP (§ 140) confirme que l’action doit « tendre exclusivement à l’obtention du remboursement d’une créance d’origine fiscale par l’administration qu’il s’agisse de la restitution d’impositions versées indûment ». La décision de la CJUE constitue alors un élément de preuve suffisant, dès lors qu’elle est antérieure à la réclamation ou, à tout le moins, produite au soutien de celle-ci.

En deuxième lieu, la jurisprudence a reconnu que le contribuable peut invoquer l’invocabilité directe d’une directive dès lors que ses dispositions sont inconditionnelles et suffisamment précises. La directive 2006/112/CE relative au système commun de TVA remplit ces critères pour nombre de ses dispositions, ce qui permet au contribuable de s’en prévaloir directement devant le juge national, y compris en l’absence de décision préalable de la CJUE, à condition que le délai de transposition soit expiré.

En troisième lieu, et c’est une avancée jurisprudentielle majeure, la CAA de Paris, dans un arrêt du 16 mai 2026, n° 25PA00411, a jugé que la TVA indûment versée « devait, à l’instar de la taxe sur la valeur ajoutée indûment versée, être analysée comme constituant une valeur patrimoniale et présentant le caractère d’un bien au sens de l’article 1er du protocole additionnel à la convention européenne de sauvegarde des droits de l’homme et des libertés fondamentales ». Cette qualification de la créance de restitution comme « bien » au sens de la CEDH emporte des conséquences procédurales significatives : elle renforce le droit du contribuable à un recours effectif et protège sa créance de restitution contre les atteintes disproportionnées de l’administration.

La stratégie contentieuse du contribuable doit être adaptée au contexte de l’espèce. Plusieurs voies sont envisageables :

La réclamation contentieuse préalable. Avant toute saisine du juge, le contribuable doit adresser une réclamation à l’administration fiscale, conformément aux articles L. 190 et R. 190-1 du LPF. Cette réclamation doit être motivée, exposer les raisons de la non-conformité alléguée, et s’appuyer, dans la mesure du possible, sur une décision juridictionnelle révélant cette non-conformité. Le silence gardé par l’administration pendant six mois vaut décision implicite de rejet, ouvrant la voie au recours juridictionnel.

Le sursis à statuer et la question préjudicielle. Si le litige est pendant devant une juridiction nationale et que la solution dépend de l’interprétation du droit de l’Union, le juge peut — et doit, s’il statue en dernier ressort — saisir la CJUE d’une question préjudicielle. L’affaire de l’écurie de course hippique évoquée en introduction, dans laquelle le juge a précisément usé de cette faculté, illustre cette stratégie. Le sursis à statuer permet au contribuable de suspendre le cours du délai de réclamation tout en obtenant, à terme, une décision de la CJUE qui constituera le fondement de son action en restitution.

L’invocation de la jurisprudence de la chambre commerciale. La chambre commerciale de la Cour de cassation a développé une jurisprudence protectrice du droit à restitution. Dans l’arrêt Cass. Com., 4 avril 2024, n° 21-10.579, publié au Bulletin, elle a jugé que « ni l’article 6, § 1, de la Convention de sauvegarde des droits de l’homme et des libertés fondamentales, ni l’article 1 de son 1er protocole additionnel, ni l’article 49 de la Charte des droits fondamentaux de l’Union européenne ne font de la non-rétroactivité d’une loi fiscale non répressive un principe d’ordre public ». Cette solution, rendue en matière de recouvrement transfrontalier, réaffirme que les principes protecteurs du droit de l’Union priment sur les obstacles procéduraux du droit interne.

La preuve de l’absence de répercussion de la TVA. Un écueil classique de l’action en restitution réside dans la possible objection de l’administration selon laquelle la TVA acquittée à tort a été répercutée sur le client final, de sorte que le contribuable ne subirait aucun appauvrissement. La CJUE, dans l’arrêt CJCE, 3 mars 2005, Fini H, C-32/03, a toutefois jugé que le droit à déduction de la TVA est un principe fondamental du système commun de TVA, qui ne saurait être subordonné à la démonstration de l’absence de répercussion. Le contribuable peut donc solliciter la restitution sans avoir à prouver qu’il a lui-même supporté la charge définitive de la taxe.

Enfin, la doctrine relative au lieu des importations (BOI-TVA-CHAMP-20-65, § 10) rappelle que les dispositions du 2 du I de l’article 291 du CGI, transposant les articles 60 et 61 de la directive 2006/112/CE, « doit être lue à la lumière de la jurisprudence de la Cour de Justice de l’Union Européenne dont il résulte qu’en cas d’irrégularité, la TVA est exigible dans l’État membre où le bien a été introduit dans le circuit économique de l’Union ». Cette obligation d’interprétation conforme impose au juge national, et à l’administration elle-même, de lire le droit interne à la lumière du droit de l’Union, renforçant ainsi la position contentieuse du contribuable.

Conclusion

La restitution de la TVA facturée en application d’une loi nationale contraire au droit de l’Union européenne constitue un contentieux en pleine expansion, porté par la multiplication des réformes fiscales et la vigilance accrue de la CJUE. L’arrêt Harry et Associés du 18 juin 2026 et la saisine récente de la CJUE par un juge français dans l’affaire de l’écurie de course hippique témoignent de l’actualité brûlante de cette problématique.

Pour le contribuable, la combinaison de l’article L. 190 du LPF, de la jurisprudence protectrice du Conseil d’État et de la Cour de cassation, et de la doctrine administrative du BOFiP offre un arsenal juridique solide. La clef du succès réside dans la réactivité — le respect des délais de réclamation est impératif — et dans l’identification de la décision juridictionnelle révélatrice de la non-conformité, qui constituera le pivot de l’action en restitution.

Dans un contexte où la pression fiscale atteint des niveaux records et où la complexité normative ne cesse de croître, la maîtrise des voies de recours fondées sur l’incompatibilité du droit interne au droit de l’Union devient un impératif stratégique pour les entreprises et les praticiens du droit fiscal.